三角帆蚌（Hyriopsiscumingii）是我國(guó)重要的淡水育珠蚌,其生產(chǎn)的珍珠占世界總淡水珍珠的98%以上。珍珠是一種天然的有機(jī)寶石,既可作為藥物和飾品使用,又可應(yīng)用于化妝品領(lǐng)域,珍珠的生物學(xué)特性使得其在仿生學(xué)材料方面的研究逐漸引起研究者的興趣。顏色對(duì)于珍珠來說是影響價(jià)值和的質(zhì)量的重要指標(biāo)。研究三角帆蚌珍珠顏色的分子調(diào)控機(jī)制,將有助于實(shí)現(xiàn)培育特定顏色珍珠。三角帆蚌珍珠顏色分子機(jī)制的分子生物學(xué)研究較少,因此,大量挖掘三角帆蚌珍珠顏色相關(guān)基因具有重要的理論和實(shí)踐意義。為篩選影響三角帆蚌珍珠顏色的候選基因,本研究采用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)Illumina HiSeqTM 2500對(duì)蚌殼珍珠層顏色為紫色和白色的三角帆蚌的中央膜組織進(jìn)行高通量測(cè)序,獲得了大量的Unigene序列,篩選出大量SSR分子標(biāo)記,為三角帆蚌親緣關(guān)系分析、群體遺傳學(xué)、分子標(biāo)記輔助育種等相關(guān)研究提供參考。主要研究結(jié)果如下:1.三角帆蚌轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析利用Illumina高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)蚌殼珍珠層顏色為白色和紫色的三角帆蚌的中央膜組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,所得序列經(jīng)質(zhì)量控制、拼接組裝后注釋至NR、Swiss-Prot、COG、KOG、K... 

【文章來源】：浙江師范大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 珍珠顏色致色因素研究進(jìn)展
        1.1 金屬離子致色
        1.2 有機(jī)物致色
            1.2.1 卟啉致色
            1.2.2 類胡蘿卜素致色
            1.2.3 多烯類物質(zhì)致色
        1.3 結(jié)構(gòu)致色
    2 高通量測(cè)序在軟體貝類中的應(yīng)用
    3 珍珠顏色相關(guān)基因研究
    4 本研究的目的方法及意義
第二章 三角帆蚌轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析
    1 引言
    2 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的采集
        2.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        2.3 試劑
    3 實(shí)驗(yàn)方法
        3.1 RNA提取及檢測(cè)
        3.2 文庫構(gòu)建與高通量測(cè)序
        3.3 轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序數(shù)據(jù)處理及生物信息學(xué)分析
            3.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制
            3.3.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)組裝
            3.3.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫質(zhì)量評(píng)估
            3.3.4 基因的功能注釋
            3.3.5 三角帆蚌轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因分析
            3.3.6 單核苷酸多態(tài)性和微衛(wèi)星的篩查
    4 結(jié)果與分析
        4.1 RNA提取與檢測(cè)
        4.2 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量情況
        4.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)組裝結(jié)果
        4.4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫質(zhì)量評(píng)估
        4.5 Unigene功能注釋
        4.6 三角帆蚌轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因
        4.7 單核苷酸多態(tài)性和微衛(wèi)星的篩查
    5 討論
        5.1 三角帆蚌轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析
        5.2 轉(zhuǎn)錄組文庫注釋分析
        5.3 不同內(nèi)殼色三角帆蚌中央膜差異表達(dá)基因的分析
            5.3.1 差異表達(dá)基因的GO注釋
            5.3.2 差異表達(dá)基因的KEGG注釋
            5.3.3 差異表達(dá)基因的Pfam注釋
第三章 利用三角帆蚌轉(zhuǎn)錄組文庫開發(fā)微衛(wèi)星標(biāo)記
    1 引言
    2 材料和方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        2.3 實(shí)驗(yàn)試劑
        2.4 實(shí)驗(yàn)方法
            2.4.1 基因組DNA的提取
            2.4.2 微衛(wèi)星標(biāo)記的查找
            2.4.3 引物設(shè)計(jì)與合成
            2.4.4 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè)
            2.4.5 三角帆蚌SSR引物的篩選及遺傳多樣性分析
            2.4.6 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與分析
    3 結(jié)果
        3.1 轉(zhuǎn)錄組中SSR標(biāo)記分析
        3.2 三角帆蚌SSR引物篩選結(jié)果
        3.3 三角帆蚌養(yǎng)殖群體遺傳多樣性分析
    4 討論
第四章 珍珠顏色相關(guān)差異表達(dá)基因分析
    1 引言
    2 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        2.3 實(shí)驗(yàn)試劑及耗材
        2.4 實(shí)驗(yàn)方法
            2.4.1 RNA提取與純化
            2.4.2 cDNA合成
            2.4.3 引物合成
            2.4.4 PCR擴(kuò)增
            2.4.5 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
            2.4.6 數(shù)據(jù)分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 RNA提取結(jié)果
        3.2 引物序列
        3.3 熒光定量結(jié)果
            3.3.1 HcTyr1熒光定量結(jié)果
            3.3.2 HcAst熒光定量結(jié)果
            3.3.3 HcCyt熒光定量結(jié)果
            3.3.4 HcTDO熒光定量結(jié)果
            3.3.5 HcUROD熒光定量結(jié)果
    4 討論
結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間取得的研究成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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[7]兩種淡水蚌抗旱反應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組差異分析[D]. 羅宇鵬.上海海洋大學(xué) 2014
[8]褐飛虱紅眼突變型的復(fù)眼形態(tài)結(jié)構(gòu)及其形成機(jī)制初探[D]. 蔣鵬凌.浙江大學(xué) 2013
[9]里氏擬石磺線粒體基因組及石磺科四屬種貝類轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 祝紅釵.上海海洋大學(xué) 2013
[10]金屬離子對(duì)馬氏珠母貝珍珠層顏色和金屬硫蛋白基因表達(dá)的影響[D]. 逯云召.廣東海洋大學(xué) 2012



本文編號(hào)：3203779