短蛸（Octopus ocellatus）營養(yǎng)價(jià)值豐富,蛋白含量高,具有一定的藥用價(jià)值,深受廣大消費(fèi)者喜愛,因此已成為我國北部沿海最重要的經(jīng)濟(jì)種之一。但由于短蛸的苗種供應(yīng)不穩(wěn)定、抗逆性較差、以及養(yǎng)殖成活率較低,因此目前市面上的多數(shù)短蛸還是依靠海捕獲得。短蛸在養(yǎng)殖過程中容易出現(xiàn)細(xì)菌性疾病,尤其是弧菌屬引起的疾病。鰻弧菌（Vibrio anguillarum）是水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)危害最嚴(yán)重的魚貝類病原菌之一,能引起世界范圍內(nèi)的多種淡海水養(yǎng)殖動物感染弧菌病,嚴(yán)重危害水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)。因此,為改善短蛸的現(xiàn)有養(yǎng)殖模式,提高短蛸的種質(zhì)質(zhì)量及成活率,增強(qiáng)短蛸對環(huán)境的抗逆性,本研究中,我們從整體上挖掘和鑒定與免疫系統(tǒng)相關(guān)的基因,分析其在免疫過程中的表達(dá)規(guī)律,探討其在免疫應(yīng)答中發(fā)揮的作用,研究機(jī)體對外來病原微生物的應(yīng)答機(jī)理,深入了解機(jī)體免疫應(yīng)答過程中的具體機(jī)制,并篩選抗病基因,無論對水產(chǎn)養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)還是疾病防控,都具有十分重要的意義。本研究選取短蛸幼體為實(shí)驗(yàn)材料,通過其對鰻弧菌感染應(yīng)答的RNA-Seq分析和關(guān)鍵免疫應(yīng)答基因的挖掘,對機(jī)體對該病原體的免疫應(yīng)答機(jī)制有更深入地了解與認(rèn)識,也為貝類乃至海洋無脊椎動物對鰻弧菌的感染... 

【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
引言
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 頭足類養(yǎng)殖及其病害
    1.2 鰻弧菌致病特點(diǎn)
    1.3 頭足類免疫學(xué)
        1.3.1 頭足類免疫系統(tǒng)組成
        1.3.2 細(xì)胞免疫
        1.3.3 體液免疫
            1.3.3.1 凝集素
            1.3.3.2 抗菌肽
            1.3.3.3 溶酶體酶
            1.3.3.4 酚氧化酶
    1.4 RNA-Seq技術(shù)及其在貝類免疫中的應(yīng)用
        1.4.1 RNA-Seq概述
        1.4.2 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在貝類免疫中的應(yīng)用
    1.5 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)
    1.6 本研究的創(chuàng)新性和意義
第二章 短蛸幼體在鰻弧菌刺激前后的RNA-Seq分析
    前言
    1 實(shí)驗(yàn)材料
    2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.1 鰻弧菌感染短蛸幼體及實(shí)驗(yàn)分組
        2.2 短蛸幼體RNA的提取
        2.3 Total RNA純化
        2.4 Total RNA的反轉(zhuǎn)錄
        2.5 mRNA的純化
        2.6 轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建
        2.7 cDNA的純化
        2.8 雙鏈cDNA3’末端加A尾
        2.9 雙鏈cDNA測序接頭添加
        2.10 再次純化cDNA
        2.11 對再純化的cDNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增
        2.12 純化PCR產(chǎn)物
        2.13 cDNA文庫質(zhì)檢
        2.14 文庫測序
    3 RNA-Seq數(shù)據(jù)分析
        3.1 Raw reads預(yù)處理
        3.2 差異基因表達(dá)分析
        3.3 DEGs的 GO富集分析
        3.4 DEGs的 KEGG信號通路富集分析
        3.5 DEGs蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        3.6 qRT-PCR驗(yàn)證分析
    4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.1 短蛸幼體Total RNA的樣品檢測
        4.2 RNA-Seq測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
        4.3 差異表達(dá)基因韋恩圖分析
        4.4 差異基因火山圖分析
        4.5 差異基因的熱圖分析
        4.6 GO注釋和基因功能富集分析
        4.7 KEGG富集分析
        4.8 免疫相關(guān)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和分析
        4.9 qRT-PCR驗(yàn)證
    5 討論
        5.1 短蛸幼體免疫應(yīng)答過程中的關(guān)鍵基因和信號通路的功能分析
            （1）ATG家族
            （2）CalM基因
            （3）CREB3L1 基因
            （4）GCLM基因
            （5）cGMP-PKG信號通路分析
            （6）趨化因子信號通路
            （7）Rap1信號通路
            （8）其它關(guān)鍵免疫基因和信號通路
        5.2 小結(jié)
第三章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
發(fā)表的論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3156637