鐵釘菜是鐵釘菜屬（Ishige）的代表物種。鐵釘菜能夠適應(yīng)復(fù)雜多變的潮間帶生境，能夠在極度失水脅迫下保持一定的細(xì)胞活性，因此鐵釘菜被認(rèn)為是潮間帶褐藻中耐受嚴(yán)酷干燥與日曬的典型物種，表現(xiàn)出較強(qiáng)的環(huán)境適應(yīng)性。其抗干露、滲透壓變化等眾多環(huán)境脅迫的機(jī)制機(jī)理，已引發(fā)科研人員的廣泛關(guān)注與探索。但是，與抗逆相關(guān)的眾多基因、通路尚處于未知狀態(tài)。本論文通過Illumina HiSeq2000平臺對鐵釘菜進(jìn)行高通量轉(zhuǎn)錄組測序，共獲得12,548,489條原始序列，總長達(dá)2,258,728,020bp，平均讀長為180bp，GC含量為52.19%。拼接之后，共獲得78,583條scaffolds，平均讀長為613bp，N50值為1709。通過nr注釋，設(shè)定閾值為10-5，共得到25,357個unigenes。通過COG注釋，共得到14,623個有功能匹配的unigenes，分布于25個COG的條目中。通過KEGG通路分析，共有4,184個unigenes注釋到294條通路上。其中，有1,562個unigenes注釋到“代謝（Metabolism）”相關(guān)的通路中；849個unigenes注釋到“遺傳信息處理（... 

【文章來源】：中國海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：101 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 鐵釘菜概述
        1.1 鐵釘菜的生物學(xué)特性
        1.2 鐵釘菜的研究現(xiàn)狀
    2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究概述
        2.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的基本方法及分析流程
        2.2 褐藻轉(zhuǎn)錄組研究現(xiàn)狀
    3 比較基因組學(xué)研究概述
    4 本研究的目的和意義
第二章 鐵釘菜轉(zhuǎn)錄組測序及分析
    1 實驗材料與主要試劑
        1.1 實驗材料
        1.2 主要試劑及配制方法
        1.3 主要軟件
    2 實驗方法
        2.1 RNA 提取及質(zhì)量檢測
        2.2 文庫的構(gòu)建及測序
        2.3 測序數(shù)據(jù)的處理
        2.4 測序數(shù)據(jù)的分析
    3 結(jié)果與討論
        3.1 RNA 提取結(jié)果分析
        3.2 測序原始數(shù)據(jù)的基本分析
        3.3 鐵釘菜轉(zhuǎn)錄組基因注釋分析
    4 本章小結(jié)
第三章 鐵釘菜轉(zhuǎn)錄組的比較基因組學(xué)研究
    1 研究方法
    2 結(jié)果與討論
        2.1 基于比較基因組學(xué)的鐵釘菜轉(zhuǎn)錄組結(jié)構(gòu)學(xué)分析
        2.2 基于比較基因組學(xué)的鐵釘菜轉(zhuǎn)錄組功能學(xué)分析
    3 本章小結(jié)
第四章 結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
致謝
個人簡歷
發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Comparative analysis on transcriptome sequencings of six Sargassum species in China[J]. WANG Guoliang,SUN Jing,LIU Guiming,WANG Liang,YU Jun,LIU Tao,CHI Shan,LIU Cui,GUO Haiyan,WANG Xumin,WU Shuangxiu.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[2]Transcriptome sequencing of essential marine brown and red algal species in China and its significance in algal biology and phylogeny[J]. WU Shuangxiu,SUN Jing,CHI Shan,WANG Liang,WANG Xumin,LIU Cui,LI Xingang,YIN Jinlong,LIU Tao,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[3]Analysis of Saccharina japonica transcriptome using the high-throughput DNA sequencing technique and its vanadium-dependent haloperoxidase gene[J]. LIANG Xiayuan,WANG Xumin,CHI Shan,WU Shuangxiu,SUN Jing,LIU Cui,CHEN Shengping,YU Jun,LIU Tao.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[4]Transcriptome-wide evolutionary analysis on essential brown algae（Phaeophyceae）in China[J]. SUN Jing,WANG Liang,WU Shuangxiu,WANG Xumin,XIAO Jingfa,CHI Shan,LIU Cui,REN Lufeng,ZHAO Yuhui,LIU Tao,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[5]Origin and evolution of alginate-c5-mannuronan-epimerase gene based on transcriptomic analysis of brown algae[J]. WANG Ren,WANG Xumin,ZHANG Yalan,YU Jun,LIU Tao,CHEN Shengping,CHI Shan.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[6]Tryptophan synthase of Phaeophyceae originated from the secondary host nucleus[J]. ZHANG Yalan,CHI Shan,WU Shuangxiu,LIU Cui,YU Jun,WANG Xumin,CHEN Shengping,LIU Tao.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[7]Endogenous viral elements in algal genomes[J]. WANG Liang,WU Shuangxiu,LIU Tao,SUN Jing,CHI Shan,LIU Cui,LI Xingang,YIN Jinlong,WANG Xumin,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[8]De novo sequencing and comparative analysis of three red algal species of Family Solieriaceae to discover putative genes associated with carrageenan biosysthesis[J]. SONG Lipu,WU Shuangxiu,SUN Jing,WANG Liang,LIU Tao,CHI Shan,LIU Cui,LI Xingang,YIN Jinlong,WANG Xumin,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[9]Phylogenomic analysis of transcriptomic sequences of mitochondria and chloroplasts of essential brown algae（Phaeophyceae）in China[J]. JIA Shangang,WANG Xumin,LI Tianyong,QIAN Hao,SUN Jing,WANG Liang,YU Jun,REN Lufeng,YIN Jinlong,LIU Tao,WU Shuangxiu.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[10]Comparative analysis of four essential Gracilariaceae species in China based on whole transcriptomic sequencing[J]. XU Jiayue,SUN Jing,YIN Jinlong,WANG Liang,WANG Xumin,LIU Tao,CHI Shan,LIU Cui,REN Lufeng,WU Shuangxiu,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)

博士論文
[1]葉托馬尾藻、鐵釘菜和藍(lán)斑背肛海兔的生物活性成分研究[D]. 湯海峰.沈陽藥科大學(xué) 2001



本文編號：3152061