櫛孔扇貝Chlamys farreri （Jones et Preston1904）作為雙殼類的一種，是我國極具商業(yè)價值的重要經(jīng)濟(jì)種。本研究借助二代測序平臺，建立了櫛孔扇貝高通量SNP開發(fā)與分型技術(shù)，構(gòu)建了高精度圖譜，進(jìn)行了經(jīng)濟(jì)性狀的精細(xì)定位，繪制了基因組框架圖譜，并實(shí)現(xiàn)了遺傳圖譜與序列圖譜的整合，為扇貝基因組學(xué)研究提供了較為全面的序列信息和整合的資源工具，也為雙殼貝類生長繁殖機(jī)制、進(jìn)化適應(yīng)性機(jī)制和基因組輔助育種研究提供了新的起點(diǎn)。1櫛孔扇貝高通量SNP開發(fā)與分型技術(shù)的建立本研究首先對2b-RAD技術(shù)進(jìn)行了改進(jìn)和優(yōu)化，包括限制性內(nèi)切酶選擇、選擇性堿基確定和barcode設(shè)計(jì)三方面，建立了高通量SNP開發(fā)技術(shù)。本研究還開發(fā)了適合無參照基因組的非模式生物作圖群體的SNP分型策略，將共顯性和顯性標(biāo)記的分型算法整合成流程化軟件RADtyping，并對其分型結(jié)果進(jìn)行了評價。擬南芥擬測交F1群體模擬數(shù)據(jù)的分型結(jié)果評價顯示：當(dāng)親本測序深度均超過10x，高于98%的位點(diǎn)源于基因組單拷貝區(qū)，說明RADtyping可有效過濾重復(fù)序列。當(dāng)親本和子代測序平均深度均達(dá)20x，共顯性標(biāo)記分型準(zhǔn)確性達(dá)97%；顯性標(biāo)... 

【文章來源】：中國海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：140 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    0. 引言
    1. 雙殼類基因組學(xué)研究
        1.1 SNP 標(biāo)記的高通量開發(fā)概述
            1.1.1 高通量 SNP 標(biāo)記分型技術(shù)
                1.1.1.1 降低代表性測序
                1.1.1.2 RAD 測序
                1.1.1.3 改進(jìn)的 RAD 技術(shù)
                1.1.1.4 低覆蓋度測序分型
            1.1.2 高通量 SNP 標(biāo)記分型算法
                1.1.2.1 臨界值算法
                1.1.2.2 后驗(yàn)概率算法
                1.1.2.3 最大似然算法
                1.1.2.4 改進(jìn)的最大似然算法
                1.1.2.5 顯性標(biāo)記分型的閾值法
            1.1.3 高通量 SNP 標(biāo)記的應(yīng)用
                1.1.3.1 SNP 應(yīng)用于遺傳圖譜構(gòu)建
                1.1.3.2 SNP 應(yīng)用于全基因組關(guān)聯(lián)分析
                1.1.3.3 SNP 應(yīng)用于數(shù)量性狀定位研究
                1.1.3.4 SNP 應(yīng)用于群體遺傳學(xué)與進(jìn)化研究
        1.2 高精度遺傳圖譜構(gòu)建概述
            1.2.1 高精度遺傳圖譜應(yīng)用
                1.2.1.1 高精度遺傳圖提高 QTL 檢測功效
                1.2.1.2 高精度遺傳圖輔助基因組拼接
                1.2.1.3 高精度遺傳圖進(jìn)行比較基因組分析
            1.2.2 雙殼類遺傳圖譜構(gòu)建進(jìn)展
        1.3 全基因組測序概述
            1.3.1 全基因組從頭測序與組裝
                1.3.1.1 基因組測序策略
                1.3.1.2 基因組拼接算法
                1.3.1.3 貪婪算法（Greedy algorithm）
                1.3.1.4 重疊-排列-生成一致（Overlap/Layout/Consensus）算法
                1.3.1.5 de Bruijn 算法
            1.3.2 基因組組裝結(jié)果評價
    2. 櫛孔扇貝研究現(xiàn)狀
    3. 本研究目的和意義
第二章 櫛孔扇貝高通量 SNP 標(biāo)記開發(fā)與基因分型技術(shù)建立
    第一節(jié) 2b-RAD 應(yīng)用于櫛孔扇貝高通量 SNP 篩查
        0 引言
        1 材料和方法
            1.1 實(shí)驗(yàn)材料選擇
            1.2 基因組 DNA 的提取
            1.3 2b-RAD 應(yīng)用于櫛孔扇貝基因組 SNP 篩查
                1.3.1 II B 型限制性內(nèi)切酶的選擇
                1.3.2 選擇性堿基的確定
                1.3.3 Barcode 的設(shè)計(jì)驗(yàn)證
        2. 結(jié)果與討論
            2.1 II B 型限制性內(nèi)切酶的選擇
            2.2 選擇性堿基的確定
            2.3 Barcode 的設(shè)計(jì)與驗(yàn)證
    第二節(jié) 基于 2b-RAD 技術(shù)的非模式生物 SNP 分型算法的建立
        0.引言
        1.材料和方法
            1.1 模擬分析
            1.2 實(shí)際測序數(shù)據(jù)進(jìn)行評價的數(shù)據(jù)來源
            1.3 RADtyping 分型算法和分型策略
        2. 結(jié)果與討論
            2.1 RADtyping 的分析架構(gòu)和平臺構(gòu)建
            2.2 模擬數(shù)據(jù)的 RADtyping 分型評價
            2.3 實(shí)際測序數(shù)據(jù)的 RADtyping 分型評價
第三章 櫛孔扇貝 SNP 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
    0. 引言
    第一節(jié) 扇貝作圖群體構(gòu)建與 SNP 標(biāo)記開發(fā)
        1. 材料和方法
            1.1 櫛孔扇貝參考基因組序列獲得
            1.2 作圖群體構(gòu)建
            1.3 作圖子代的親子鑒定
            1.4 2b-RAD 測序文庫的構(gòu)建及測序
        2. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            2.1 櫛孔扇貝參考基因組序列獲得
            2.2 連鎖作圖的 2b-RAD 測序策略的確定
        3. 討論
            3.1 雙殼貝類參照基因組
            3.2 連鎖作圖的 2b-RAD 測序方案
    第二節(jié) 作圖家系 RADtyping 基因分型與遺傳圖譜構(gòu)建
        1. 材料與方法
            1.1 RADtyping 對測序數(shù)據(jù)預(yù)處理和 SNP 分型
            1.2 Sanger 測序驗(yàn)證分型準(zhǔn)確性
            1.3 SNP 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
        2. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            2.1 櫛孔扇貝作圖家系的 2b-RAD 測序
            2.2 Sanger 測序驗(yàn)證分型準(zhǔn)確性
            2.3 高精度遺傳圖譜構(gòu)建
        3. 討論
第四章 基于連鎖與關(guān)聯(lián)聯(lián)合分析的重要經(jīng)濟(jì)性狀的 QTL 定位
    0. 引言
    第一節(jié) 基于連鎖分析的重要經(jīng)濟(jì)性狀的 QTL 定位
        1.材料與方法
        2.結(jié)果與討論
    第二節(jié) 基于連鎖與關(guān)聯(lián)聯(lián)合分析的經(jīng)濟(jì)性狀 QTL 定位
        1.材料與方法
        2. 結(jié)果與討論
第五章 櫛孔扇貝全基因組框架圖譜的繪制
    0. 引言
    第一節(jié) 櫛孔扇貝基因組 survey 測序
        1. 材料和方法
            1.1 測序材料的獲得
            1.2 DNA 提取
            1.3 180bp 短插入片段文庫的構(gòu)建和測序
            1.4 測序數(shù)據(jù)的分析處理
        2. 結(jié)果與討論
    第二節(jié) 櫛孔扇貝基因組框架圖構(gòu)建和基因組特征分析
        1. 材料與方法
            1.1 180bp, 300bp,500bp 短插入片段文庫的構(gòu)建和測序
            1.2 2kb, 5kb,10kb,20kb,30kb 長插入片段文庫的構(gòu)建和測序
            1.3 基因組拼接
            1.4 基因組框架圖拼接評價
            1.5 重復(fù)序列分析
            1.6 基因組初步基因預(yù)測
        2. 結(jié)果與分析
            2.1 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
            2.2 組裝基因組框架圖譜
            2.3 基因組草圖覆蓋度評價
            2.4 基因組框架圖譜重復(fù)序列分析
            2.5 基因組框架圖譜的初步注釋
        3. 討論
    第三節(jié) 遺傳圖譜、物理圖譜和基因組框架圖譜整合
        0.引言
        1. 材料和方法
        2. 結(jié)果和討論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
個人簡歷
發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Preliminary genetic linkage map of the abalone Haliotis diversicolor Reeve[J]. 石耀華,郭希明,顧志峰,王愛民,王嫣.  Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2010(03)
[2]蝦夷扇貝遺傳連鎖圖譜的初步構(gòu)建[J]. 劉衛(wèi)東,鮑相渤,宋文濤,周遵春,赫崇波,虞星炬.  遺傳. 2009(06)
[3]An AFLP Genetic Linkage Map of Pacific Abalone（Haliotis discus hannai）[J]. KIJIMA Akihiro.  Journal of Ocean University of China. 2007(03)
[4]近現(xiàn)代中國水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展回顧與展望[J]. 張福綏.  世界科技研究與發(fā)展. 2003(03)



本文編號：3137532