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紅耳龜(Trachemys scripta elegans)在慢性鹽度脅迫下的轉(zhuǎn)錄組分析

發(fā)布時間:2021-04-02 13:27
  紅耳龜(Trachemys scripta elegans)屬于半水棲龜類,它以其性成熟早、繁殖力強、食性雜、生存耐受力強、對食物和生存空間占有力強等生物學特性入侵,影響入侵地生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)平衡,被世界自然保護聯(lián)盟(IUCN)列為全球100種最危險的外來物種之一,F(xiàn)如今,紅耳龜已經(jīng)在除南極洲以外的世界范圍內(nèi)成功入侵,并且在我國大部分地區(qū)也發(fā)現(xiàn)了紅耳龜?shù)囊吧N群。野外調(diào)查和室內(nèi)養(yǎng)殖試驗均表明紅耳龜具有一定的耐鹽性,可以在半咸水中生存。目前對紅耳龜響應鹽度脅迫的生理調(diào)節(jié)機制有一定的了解,但有關(guān)紅耳龜響應鹽度脅迫的分子機制研究尚屬空白。本研究通過轉(zhuǎn)錄組和生理指標的測量從而分析獲得與滲透調(diào)節(jié)相關(guān)的基因并了解紅耳龜響應鹽度脅迫的分子調(diào)控網(wǎng)絡,為后續(xù)紅耳龜鹽度脅迫的研究提供分子生物學依據(jù),并為紅耳龜入侵機理的深入研究提供參考。本研究選用2齡紅耳龜(體重:466.39±69.61g)購于?谑袞|山鎮(zhèn)泓旺龜類養(yǎng)殖場,暫養(yǎng)于海南師范大學龜類養(yǎng)殖室兩周,待其適應環(huán)境后,分別飼養(yǎng)在鹽度為5‰(鹽度5組)、15‰(鹽度15組)和對照組(等體積的自來水)的水泥池中進行8周的鹽度脅迫實驗,之后冰凍麻醉并解剖... 

【文章來源】:海南師范大學海南省

【文章頁數(shù)】:121 頁

【學位級別】:碩士

【部分圖文】:

紅耳龜(Trachemys scripta elegans)在慢性鹽度脅迫下的轉(zhuǎn)錄組分析


Agilent2100檢測結(jié)果

序列,長度分布圖,統(tǒng)計表,序列


序列中最長的 unigene 有 22,866bp,最短的含有 201bp(表 2-3,圖 2-3)。表 2-3 組裝結(jié)果統(tǒng)計表Table 2-3 Summary of de novo assembly resultsType unigene transcriptsTotal sequence num: 205138 244815Total sequence base: 127206404 185942194Percent GC: 46.09 46.65Largest: 22866 22866Smallest: 201 201Average: 620.1 759.52N50: 964 1535N90: 249 268

物種分布,物種分布,紅耳龜,綠海龜


2.2.3 基因功能注釋2.2.3.1 NR 注釋將 205,138 個 unigenes 注釋到 NCBI_NR 中,結(jié)果表明有 35,572 個 unigenes 獲得相應注釋。并且紅耳龜轉(zhuǎn)錄本與 NR 數(shù)據(jù)庫比對后,比對獲得最多序列的前兩個物種是錦龜(20,538 個 unigenes)和綠海龜(6,884 個 unigenes)。在這些序列中有497 個 unigenes 在 NCBI 中沒有找到相應的注釋,可能是這些基因的同源性太低或者是潛在的新基因,如圖 2-4 所示。

【參考文獻】:
期刊論文
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碩士論文
[1]基于轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的大銀魚胚胎鹽脅迫適應分子機理研究[D]. 宋慧.山西農(nóng)業(yè)大學 2014
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[3]牙鲆抗寒相關(guān)基因的差異表達譜及SNP篩選研究[D]. 胡金偉.中國科學院研究生院(海洋研究所) 2014
[4]紅耳龜(Trachemys scripta elegans)在海南南渡江半咸水區(qū)域的生態(tài)適應性研究[D]. 楊江波.海南師范大學 2014
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[7]SIK1在糖尿病大鼠腎組織的表達及二甲雙胍和貞清方的干預作用[D]. 徐文光.華中科技大學 2012
[8]精氨酸對細毛羊腸道蛋白質(zhì)合成、氨基酸轉(zhuǎn)運蛋白mRNA表達及腸道健康的影響[D]. 趙宏麗.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學 2012



本文編號:3115353

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