隨著DNA測序技術(shù)的不斷發(fā)展,基于轉(zhuǎn)錄組的組裝分析來進行生物的代謝、系統(tǒng)發(fā)育等研究展現(xiàn)了獨特的優(yōu)勢。對無參考基因組的非模式生物來說,轉(zhuǎn)錄組測序分析是獲得其基因表達信息的重要手段。本文對葛氏長臂蝦（Palaemon gravieri）、九齒扇蝦（Ibacus novemdentatus Gibbes）和普通黃道蟹（Cancer pagurus）三種十足目生物的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行測序和組裝,并進行功能注釋,相關(guān)研究的結(jié)果可為3個物種的功能基因研究和系統(tǒng)發(fā)育研究提供基礎數(shù)據(jù)。論文的主要成果如下:對葛氏長臂蝦的鰓組織、肌肉組織進行轉(zhuǎn)錄組測序后得到404,65,590條原始序列及去除雜質(zhì)之后獲得的40,282,258條高質(zhì)量序列（Clean Data）,數(shù)據(jù)量為6.04G。對獲得的高質(zhì)量序列進行組裝得到了大量轉(zhuǎn)錄本,進一步的去冗余組裝獲得15,089條非冗余基因,其N50值為1909 bp。將去冗余組裝獲得的非冗余基因通過blastx比對,進行了Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO幾大數(shù)據(jù)庫的基因功能注釋,有8593個Unigene得到了注釋,注釋率為56.95... 

【文章來源】：浙江海洋大學浙江省

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程圖

葛氏長臂蝦Unigene長度分布

拼接轉(zhuǎn)錄本與基因序列長度分布圖

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3087390