河南省3種鱸形目魚類自然居群的遺傳多樣性分析
發(fā)布時間:2021-03-08 04:01
本研究以河南省鱸形目Perciformes魚類中烏鱧(Channa argus)、鱖魚(Siniperca chuatsi)和斑鱖(Siniperca scherzeri)的自然居群為研究對象,利用ISSR分子標(biāo)記技術(shù)對其遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,旨在為河南省鱸形目魚類種質(zhì)資源評價、保護(hù)、遺傳育種和可持續(xù)利用提供理論依據(jù)。主要結(jié)果如下:(1)利用正交設(shè)計試驗方法,建立3種魚的ISSR-PCR最佳反應(yīng)體系。其中烏鱧的最佳反應(yīng)體系:25μl反應(yīng)體系中含60ng模板DNA,2.5mmol/L Mg2+,0.3μmol/L引物,0.2mmol/L dNTPs,0.5U Taq DNA聚合酶;鱖魚和斑鱖的最佳反應(yīng)體系:25μl反應(yīng)體系中含80 ng模板DNA,2mmol/L Mg2+,0.4μmol/L引物,0.2mmol/L dNTPs,0.75U Taq DNA聚合酶。在此基礎(chǔ)上確立了烏鱧、鱖魚和斑鱖的ISSR-PCR的最佳擴(kuò)增條件。(2)篩選出15個ISSR引物對丹江口水庫、淇河和南灣水庫3個烏鱧自然居群的基因組DNA進(jìn)行ISSR-PCR擴(kuò)增,共檢測到141個位點,多態(tài)位點53個,多態(tài)...
【文章來源】:河南師范大學(xué)河南省
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
1 前言
1.1 魚類遺傳多樣性的含義、研究方法和意義
1.1.1 遺傳多樣性的含義
1.1.2 魚類遺傳多樣性的研究方法
1.1.3 魚類遺傳多樣性的研究意義
1.2 ISSR分子標(biāo)記技術(shù)
1.2.1 ISSR標(biāo)記原理
1.2.2 ISSR標(biāo)記特點
1.2.3 ISSR標(biāo)記在魚類遺傳多樣性研究中的應(yīng)用
1.3 烏鱧、鱖魚和斑鱖研究綜述
1.3.1 生物學(xué)特征
1.3.2 經(jīng)濟(jì)價值
1.3.3 烏鱧、鱖魚和斑鱖遺傳多樣性研究現(xiàn)狀
1.4 本研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 實驗材料
2.1.1 實驗樣品
2.1.2 實驗儀器
2.1.3 實驗試劑
2.2 實驗方法
2.2.1 實驗所需溶液的制備
2.2.2 基因組DNA的提取及檢測
2.2.3 ISSR引物篩選
2.2.4 ISSR-PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化
2.2.5 ISSR-PCR擴(kuò)增條件優(yōu)化
2.2.6 ISSR-PCR擴(kuò)增結(jié)果的檢測
2.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
2.4 遺傳多樣性參數(shù)
3 結(jié)果
3.1 模板DNA質(zhì)量的檢測及定量
3.2 引物的篩選
3.3 ISSR-PCR優(yōu)化結(jié)果
3.3.1 正交設(shè)計試驗結(jié)果
3.3.2 ISSR-PCR反應(yīng)體系再優(yōu)化結(jié)果
3.3.3 退火溫度優(yōu)化結(jié)果
3.3.4 循環(huán)次數(shù)優(yōu)化結(jié)果
3.4 ISSR-PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.5 烏鱧居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)
3.5.1 遺傳多樣性
3.5.2 遺傳分化系數(shù)Gst和基因流
3.5.3 基于Shannon’s信息指數(shù)分析遺傳分化
3.6 鱖魚居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)
3.6.1 遺傳多樣性
3.6.2 遺傳分化系數(shù)Gst和基因流
3.6.3 基于Shannon’s信息指數(shù)分析遺傳分化
3.7 斑鱖居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)
3.7.1 遺傳多樣性
3.7.2 遺傳分化系數(shù)Gst和基因流
3.7.3 基于Shannon’s信息指數(shù)分析遺傳分化
4 討論
4.1 實驗樣品的保存和基因組DNA的提取
4.2 烏鱧、鱖魚和斑鱖ISSR-PCR反應(yīng)體系優(yōu)化
4.3 烏鱧居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析
4.4 鱖魚居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析
4.5 斑鱖居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析
5 結(jié)語
參考文獻(xiàn)
附錄A:3 種群和居群內(nèi)個體間的遺傳距離
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]不同地理群體烏鱧線粒體DNA控制區(qū)結(jié)構(gòu)分析及遺傳多樣性[J]. 董新培,穆淑梅,周楠,康現(xiàn)江,羅青,白俊杰. 水產(chǎn)學(xué)報. 2014(09)
[2]鱖屬3個物種的遺傳多樣性分析[J]. 吳曉蕙,梁旭方,何珊. 暨南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)與醫(yī)學(xué)版). 2014(03)
[3]生物多樣性喪失機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 魏輔文,聶永剛,苗海霞,路浩,胡義波. 科學(xué)通報. 2014(06)
[4]斑鱖養(yǎng)殖生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 駱小年,梁旭方,周怡,袁勇超,易提林,田昌緒,楊敏,張進(jìn). 水產(chǎn)科學(xué). 2014(01)
[5]鱖魚[J]. 丁德明. 湖南農(nóng)業(yè). 2013(12)
[6]鱖魚嗜水氣單胞菌GYK1株外膜蛋白A基因的克隆及其生物信息學(xué)分析[J]. 付小哲,方翔,李寧求,林強(qiáng),潘厚軍,石存斌,黃志斌,吳淑勤. 中國生物制品學(xué)雜志. 2013(09)
[7]東苕溪中下游內(nèi)河航運對魚類群落的影響[J]. 黃亮亮,李建華,鹿野雄一,佐藤辰郎,吳志強(qiáng). 水生態(tài)學(xué)雜志. 2013(05)
[8]翹嘴鱖養(yǎng)殖與野生群體及其家系的遺傳多樣性分析[J]. 楊凱,高銀愛,丹成,曾可為,王青云,朱思華,夏儒龍,鄭翠華,羅峰,程穎紅,王輝,李波. 淡水漁業(yè). 2013(03)
[9]貝氏肩孔南極魚基因組DNA提取方法改進(jìn)的初步研究[J]. 顧銘悅,許強(qiáng)華. 上海海洋大學(xué)學(xué)報. 2013(02)
[10]淮河烏鱧線粒體DNA控制區(qū)結(jié)構(gòu)分析及遺傳多樣性研究[J]. 肖明松,崔峰,康健,張曉紅. 華中師范大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2013(01)
博士論文
[1]鱖生長相關(guān)基因的SNPs及其與生長性狀的相關(guān)性研究[D]. 王海芳.中山大學(xué) 2014
碩士論文
[1]河南四種鳊亞科魚類遺傳差異研究[D]. 丁春.河南師范大學(xué) 2014
[2]基于線粒體細(xì)胞色素b的7水系斑鱖遺傳多樣性分析[D]. 周文漪.暨南大學(xué) 2014
[3]河川沙塘鱧群體遺傳多樣性及其系統(tǒng)進(jìn)化研究[D]. 侯新遠(yuǎn).南京師范大學(xué) 2014
[4]中國野生烏鱧(Channa argus)遺傳多樣性分析[D]. 高志遠(yuǎn).暨南大學(xué) 2013
[5]三種鱖的SSR標(biāo)記開發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 于海靜.暨南大學(xué) 2013
[6]黃河干流小浪底至墾利段魚類群落結(jié)構(gòu)和物種多樣性研究[D]. 呂彬彬.西北大學(xué) 2012
[7]珠江水系鱖魚的遺傳多樣性研究[D]. 司從利.暨南大學(xué) 2012
[8]我國鳑鮍亞科魚類遺傳多樣性及系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 陳欣.河南師范大學(xué) 2011
[9]鄱陽湖烏鱧生物學(xué)及其人工繁殖技術(shù)的研究[D]. 余紅有.南昌大學(xué) 2007
[10]鱖魚微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 匡剛橋.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
本文編號:3070375
【文章來源】:河南師范大學(xué)河南省
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
1 前言
1.1 魚類遺傳多樣性的含義、研究方法和意義
1.1.1 遺傳多樣性的含義
1.1.2 魚類遺傳多樣性的研究方法
1.1.3 魚類遺傳多樣性的研究意義
1.2 ISSR分子標(biāo)記技術(shù)
1.2.1 ISSR標(biāo)記原理
1.2.2 ISSR標(biāo)記特點
1.2.3 ISSR標(biāo)記在魚類遺傳多樣性研究中的應(yīng)用
1.3 烏鱧、鱖魚和斑鱖研究綜述
1.3.1 生物學(xué)特征
1.3.2 經(jīng)濟(jì)價值
1.3.3 烏鱧、鱖魚和斑鱖遺傳多樣性研究現(xiàn)狀
1.4 本研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 實驗材料
2.1.1 實驗樣品
2.1.2 實驗儀器
2.1.3 實驗試劑
2.2 實驗方法
2.2.1 實驗所需溶液的制備
2.2.2 基因組DNA的提取及檢測
2.2.3 ISSR引物篩選
2.2.4 ISSR-PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化
2.2.5 ISSR-PCR擴(kuò)增條件優(yōu)化
2.2.6 ISSR-PCR擴(kuò)增結(jié)果的檢測
2.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
2.4 遺傳多樣性參數(shù)
3 結(jié)果
3.1 模板DNA質(zhì)量的檢測及定量
3.2 引物的篩選
3.3 ISSR-PCR優(yōu)化結(jié)果
3.3.1 正交設(shè)計試驗結(jié)果
3.3.2 ISSR-PCR反應(yīng)體系再優(yōu)化結(jié)果
3.3.3 退火溫度優(yōu)化結(jié)果
3.3.4 循環(huán)次數(shù)優(yōu)化結(jié)果
3.4 ISSR-PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.5 烏鱧居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)
3.5.1 遺傳多樣性
3.5.2 遺傳分化系數(shù)Gst和基因流
3.5.3 基于Shannon’s信息指數(shù)分析遺傳分化
3.6 鱖魚居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)
3.6.1 遺傳多樣性
3.6.2 遺傳分化系數(shù)Gst和基因流
3.6.3 基于Shannon’s信息指數(shù)分析遺傳分化
3.7 斑鱖居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)
3.7.1 遺傳多樣性
3.7.2 遺傳分化系數(shù)Gst和基因流
3.7.3 基于Shannon’s信息指數(shù)分析遺傳分化
4 討論
4.1 實驗樣品的保存和基因組DNA的提取
4.2 烏鱧、鱖魚和斑鱖ISSR-PCR反應(yīng)體系優(yōu)化
4.3 烏鱧居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析
4.4 鱖魚居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析
4.5 斑鱖居群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析
5 結(jié)語
參考文獻(xiàn)
附錄A:3 種群和居群內(nèi)個體間的遺傳距離
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]不同地理群體烏鱧線粒體DNA控制區(qū)結(jié)構(gòu)分析及遺傳多樣性[J]. 董新培,穆淑梅,周楠,康現(xiàn)江,羅青,白俊杰. 水產(chǎn)學(xué)報. 2014(09)
[2]鱖屬3個物種的遺傳多樣性分析[J]. 吳曉蕙,梁旭方,何珊. 暨南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)與醫(yī)學(xué)版). 2014(03)
[3]生物多樣性喪失機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 魏輔文,聶永剛,苗海霞,路浩,胡義波. 科學(xué)通報. 2014(06)
[4]斑鱖養(yǎng)殖生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 駱小年,梁旭方,周怡,袁勇超,易提林,田昌緒,楊敏,張進(jìn). 水產(chǎn)科學(xué). 2014(01)
[5]鱖魚[J]. 丁德明. 湖南農(nóng)業(yè). 2013(12)
[6]鱖魚嗜水氣單胞菌GYK1株外膜蛋白A基因的克隆及其生物信息學(xué)分析[J]. 付小哲,方翔,李寧求,林強(qiáng),潘厚軍,石存斌,黃志斌,吳淑勤. 中國生物制品學(xué)雜志. 2013(09)
[7]東苕溪中下游內(nèi)河航運對魚類群落的影響[J]. 黃亮亮,李建華,鹿野雄一,佐藤辰郎,吳志強(qiáng). 水生態(tài)學(xué)雜志. 2013(05)
[8]翹嘴鱖養(yǎng)殖與野生群體及其家系的遺傳多樣性分析[J]. 楊凱,高銀愛,丹成,曾可為,王青云,朱思華,夏儒龍,鄭翠華,羅峰,程穎紅,王輝,李波. 淡水漁業(yè). 2013(03)
[9]貝氏肩孔南極魚基因組DNA提取方法改進(jìn)的初步研究[J]. 顧銘悅,許強(qiáng)華. 上海海洋大學(xué)學(xué)報. 2013(02)
[10]淮河烏鱧線粒體DNA控制區(qū)結(jié)構(gòu)分析及遺傳多樣性研究[J]. 肖明松,崔峰,康健,張曉紅. 華中師范大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2013(01)
博士論文
[1]鱖生長相關(guān)基因的SNPs及其與生長性狀的相關(guān)性研究[D]. 王海芳.中山大學(xué) 2014
碩士論文
[1]河南四種鳊亞科魚類遺傳差異研究[D]. 丁春.河南師范大學(xué) 2014
[2]基于線粒體細(xì)胞色素b的7水系斑鱖遺傳多樣性分析[D]. 周文漪.暨南大學(xué) 2014
[3]河川沙塘鱧群體遺傳多樣性及其系統(tǒng)進(jìn)化研究[D]. 侯新遠(yuǎn).南京師范大學(xué) 2014
[4]中國野生烏鱧(Channa argus)遺傳多樣性分析[D]. 高志遠(yuǎn).暨南大學(xué) 2013
[5]三種鱖的SSR標(biāo)記開發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 于海靜.暨南大學(xué) 2013
[6]黃河干流小浪底至墾利段魚類群落結(jié)構(gòu)和物種多樣性研究[D]. 呂彬彬.西北大學(xué) 2012
[7]珠江水系鱖魚的遺傳多樣性研究[D]. 司從利.暨南大學(xué) 2012
[8]我國鳑鮍亞科魚類遺傳多樣性及系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 陳欣.河南師范大學(xué) 2011
[9]鄱陽湖烏鱧生物學(xué)及其人工繁殖技術(shù)的研究[D]. 余紅有.南昌大學(xué) 2007
[10]鱖魚微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 匡剛橋.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
本文編號:3070375
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