牡蠣皰疹病毒魁蚶株基因組測定與分析
發(fā)布時(shí)間:2021-02-26 18:59
首例雙殼貝類感染皰疹樣病毒粒子的案例于1972年發(fā)現(xiàn)于美國的美洲牡蠣(Crassostrea virginica),同時(shí)也是無脊椎動物感染皰疹樣病毒粒子的首例報(bào)道。而皰疹病毒對雙殼貝類的危害真正引起人們廣泛關(guān)注,是上世紀(jì)90年代初以來,一種皰疹樣病毒粒子導(dǎo)致的法國、西班牙、新西蘭、美國和墨西哥等全球多個(gè)國家養(yǎng)殖長牡蠣,以及我國養(yǎng)殖櫛孔扇貝夏季高溫季節(jié)大規(guī)模死亡案例的發(fā)生。對分離自法國長牡蠣的病毒粒子進(jìn)行全基因組測序和分析結(jié)果顯示,該病毒為一種新的皰疹病毒,與已知感染脊椎動物的其他皰疹病毒親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。在國際病毒分類委員會(International Committee on Taxonomy of Virus, ICTV)2012年發(fā)布的病毒分類報(bào)告中,該病毒被正式命名為牡蠣皰疹病毒(Ostreid herpesvirus 1, OsHV-1),并被分類在皰疹病毒目(Herpesviridae)、軟體動物皰疹病毒科(Malacoherpesviridae)、牡蠣病毒屬(Ostreavirus),是該病毒屬迄今唯一病毒種。通過對引起我國北方沿海櫛孔扇貝大規(guī)模死亡的急性病毒性壞死病毒(Ac...
【文章來源】:中國海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:76 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 前言
1.1 牡蠣皰疹病毒OsHV-1研究概況
1.1.1 牡蠣皰疹病毒的發(fā)現(xiàn)過程
1.1.2 牡蠣皰疹病毒其它病毒株的發(fā)現(xiàn)過程
1.1.3 牡蠣皰疹病毒的流行病學(xué)特點(diǎn)
1.1.4 組織病理變化
1.1.5 影響死亡率的其它因素
1.1.6 OsHV-1的起源分析
1.1.7 傳播途徑
1.1.8 影響病原傳播的因素
1.1.9 預(yù)防疾病爆發(fā)可采取的措施
1.1.10 牡蠣皰疹病毒分子水平研究進(jìn)展
1.2 測序技術(shù)發(fā)展過程
1.2.1 第一代測序技術(shù)
1.2.2 第二代DNA測序技術(shù)
1.2.3 第三代測序技術(shù)
1.3 皰疹病毒基因組的研究進(jìn)展
1.3.1 皰疹病毒的分類
1.3.2 皰疹病毒基因組結(jié)構(gòu)的特點(diǎn)
1.4 本論文研究的目的與意義
第二章 OsHV-1魁蚶株基因組全序列的測定和分析
2.1 材料和方法
2.1.1 樣品采集
2.1.2 主要試劑
2.1.3 主要儀器設(shè)備
2.1.4 牡蠣皰疹病毒魁蚶株的檢測
2.1.5 病毒純化和DNA提取
2.1.6 擴(kuò)增魁蚶皰疹病毒核酸序列
2.1.7 OsHV-1魁蚶株基因組的分段PCR擴(kuò)增
2.1.8 PCR產(chǎn)物的連接、轉(zhuǎn)化
2.1.9 陽性克隆的鑒定和擴(kuò)大培養(yǎng)
2.1.10 末端序列的測定
2.1.11 序列拼接和生物信息學(xué)分析
2.2 結(jié)果和分析
2.2.1 病毒檢測結(jié)果的分析
2.2.2 OsHV-1-SB全序列結(jié)構(gòu)分析
2.2.3 OsHV-1-SB基因組中潛在的ORF分析
2.2.4 OsHV-1-SB與OsHV-1、AVNV比較分析
2.2.5 堿基突變產(chǎn)生的ORF變化
2.2.6 OsHV-1-SB可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析
2.2.7 SNP分析
2.2.8 進(jìn)化分析
2.3 小結(jié)
第三章 中國沿海養(yǎng)殖貝類OsHV-1感染狀況調(diào)查
3.1 實(shí)驗(yàn)材料
3.1.1 樣品采集
3.1.2 實(shí)驗(yàn)材料
3.1.3 樣品DNA的提取
3.1.4 PCR檢測
3.2 結(jié)果
3.2.1 所有批次樣品檢測結(jié)果
3.2.2 不同品種貝類檢測結(jié)果
3.3 討論
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡歷
學(xué)術(shù)論文
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]福建牡蠣養(yǎng)殖業(yè)的現(xiàn)狀、問題與對策[J]. 曾志南,寧岳. 海洋科學(xué). 2011(09)
[2]扇貝養(yǎng)殖海區(qū)中小型浮游生物攜帶AVNV的熒光定量檢測[J]. 蔡玉勇,任偉成,曲朋,賈志磊,王崇明,李赟. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2011(04)
[3]扇貝養(yǎng)殖海區(qū)浮游生物及大型海藻攜帶AVNV病毒的檢測分析[J]. 王娜,李赟,任偉成,蔡玉勇,王崇明. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2010(05)
[4]櫛孔扇貝急性病毒性壞死病毒(AVNV)卵內(nèi)的垂直傳播途徑[J]. 于佐安,王崇明,李赟,任偉成,蔡玉勇. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2009(06)
[5]浮游微藻攜帶和傳播WSSV的研究[J]. 張家松,董雙林,田相利,董云偉. 海洋環(huán)境科學(xué). 2007(03)
[6]貝藻混養(yǎng)生態(tài)系互利機(jī)制中的作用因子[J]. 韋瑋,方建光,董雙林. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2005(02)
[7]櫛孔扇貝急性病毒性壞死癥病原人工感染研究[J]. 艾海新,王崇明,王秀華,劉英杰,李赟,賀桂珍,宋微波. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2003(05)
[8]櫛孔扇貝病原感染與病害發(fā)生關(guān)系探討[J]. 賀桂珍,李贇,王崇明,黃劍宇,王秀華. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2003(03)
[9]貝藻混養(yǎng)互利機(jī)制的初步研究[J]. 韋瑋,方建光,董雙林,劉瑜. 海洋水產(chǎn)研究. 2002(03)
[10]櫛孔扇貝一種球形病毒的分離純化及其超微結(jié)構(gòu)觀察[J]. 王崇明,王秀華,宋曉玲,黃倢,宋微波. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2002(02)
博士論文
[1]櫛孔扇貝急性病毒性壞死病毒基因組全序列的測定和核酸診斷技術(shù)的研究[D]. 任偉成.中國海洋大學(xué) 2009
碩士論文
[1]應(yīng)用急性病毒性壞死病毒(AVNV)分子檢測技術(shù)對其主要宿主的檢測與分析[D]. 蔡玉勇.中國海洋大學(xué) 2010
本文編號:3053024
【文章來源】:中國海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:76 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 前言
1.1 牡蠣皰疹病毒OsHV-1研究概況
1.1.1 牡蠣皰疹病毒的發(fā)現(xiàn)過程
1.1.2 牡蠣皰疹病毒其它病毒株的發(fā)現(xiàn)過程
1.1.3 牡蠣皰疹病毒的流行病學(xué)特點(diǎn)
1.1.4 組織病理變化
1.1.5 影響死亡率的其它因素
1.1.6 OsHV-1的起源分析
1.1.7 傳播途徑
1.1.8 影響病原傳播的因素
1.1.9 預(yù)防疾病爆發(fā)可采取的措施
1.1.10 牡蠣皰疹病毒分子水平研究進(jìn)展
1.2 測序技術(shù)發(fā)展過程
1.2.1 第一代測序技術(shù)
1.2.2 第二代DNA測序技術(shù)
1.2.3 第三代測序技術(shù)
1.3 皰疹病毒基因組的研究進(jìn)展
1.3.1 皰疹病毒的分類
1.3.2 皰疹病毒基因組結(jié)構(gòu)的特點(diǎn)
1.4 本論文研究的目的與意義
第二章 OsHV-1魁蚶株基因組全序列的測定和分析
2.1 材料和方法
2.1.1 樣品采集
2.1.2 主要試劑
2.1.3 主要儀器設(shè)備
2.1.4 牡蠣皰疹病毒魁蚶株的檢測
2.1.5 病毒純化和DNA提取
2.1.6 擴(kuò)增魁蚶皰疹病毒核酸序列
2.1.7 OsHV-1魁蚶株基因組的分段PCR擴(kuò)增
2.1.8 PCR產(chǎn)物的連接、轉(zhuǎn)化
2.1.9 陽性克隆的鑒定和擴(kuò)大培養(yǎng)
2.1.10 末端序列的測定
2.1.11 序列拼接和生物信息學(xué)分析
2.2 結(jié)果和分析
2.2.1 病毒檢測結(jié)果的分析
2.2.2 OsHV-1-SB全序列結(jié)構(gòu)分析
2.2.3 OsHV-1-SB基因組中潛在的ORF分析
2.2.4 OsHV-1-SB與OsHV-1、AVNV比較分析
2.2.5 堿基突變產(chǎn)生的ORF變化
2.2.6 OsHV-1-SB可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析
2.2.7 SNP分析
2.2.8 進(jìn)化分析
2.3 小結(jié)
第三章 中國沿海養(yǎng)殖貝類OsHV-1感染狀況調(diào)查
3.1 實(shí)驗(yàn)材料
3.1.1 樣品采集
3.1.2 實(shí)驗(yàn)材料
3.1.3 樣品DNA的提取
3.1.4 PCR檢測
3.2 結(jié)果
3.2.1 所有批次樣品檢測結(jié)果
3.2.2 不同品種貝類檢測結(jié)果
3.3 討論
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡歷
學(xué)術(shù)論文
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]福建牡蠣養(yǎng)殖業(yè)的現(xiàn)狀、問題與對策[J]. 曾志南,寧岳. 海洋科學(xué). 2011(09)
[2]扇貝養(yǎng)殖海區(qū)中小型浮游生物攜帶AVNV的熒光定量檢測[J]. 蔡玉勇,任偉成,曲朋,賈志磊,王崇明,李赟. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2011(04)
[3]扇貝養(yǎng)殖海區(qū)浮游生物及大型海藻攜帶AVNV病毒的檢測分析[J]. 王娜,李赟,任偉成,蔡玉勇,王崇明. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2010(05)
[4]櫛孔扇貝急性病毒性壞死病毒(AVNV)卵內(nèi)的垂直傳播途徑[J]. 于佐安,王崇明,李赟,任偉成,蔡玉勇. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2009(06)
[5]浮游微藻攜帶和傳播WSSV的研究[J]. 張家松,董雙林,田相利,董云偉. 海洋環(huán)境科學(xué). 2007(03)
[6]貝藻混養(yǎng)生態(tài)系互利機(jī)制中的作用因子[J]. 韋瑋,方建光,董雙林. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2005(02)
[7]櫛孔扇貝急性病毒性壞死癥病原人工感染研究[J]. 艾海新,王崇明,王秀華,劉英杰,李赟,賀桂珍,宋微波. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2003(05)
[8]櫛孔扇貝病原感染與病害發(fā)生關(guān)系探討[J]. 賀桂珍,李贇,王崇明,黃劍宇,王秀華. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2003(03)
[9]貝藻混養(yǎng)互利機(jī)制的初步研究[J]. 韋瑋,方建光,董雙林,劉瑜. 海洋水產(chǎn)研究. 2002(03)
[10]櫛孔扇貝一種球形病毒的分離純化及其超微結(jié)構(gòu)觀察[J]. 王崇明,王秀華,宋曉玲,黃倢,宋微波. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2002(02)
博士論文
[1]櫛孔扇貝急性病毒性壞死病毒基因組全序列的測定和核酸診斷技術(shù)的研究[D]. 任偉成.中國海洋大學(xué) 2009
碩士論文
[1]應(yīng)用急性病毒性壞死病毒(AVNV)分子檢測技術(shù)對其主要宿主的檢測與分析[D]. 蔡玉勇.中國海洋大學(xué) 2010
本文編號:3053024
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