異源四倍體鯽鯉（4n AT）是世界上首例培育成功的兩性可育的四倍體動(dòng)物群體,是通過(guò)紅鯽（Carassius auratus red var.,2n=100,RCC,♀）和湘江野鯉（Cyprinus carpio L,2n=100,CC,♂）的人工遠(yuǎn)緣雜交獲得,具有雌雄兩性可育和遺傳性狀穩(wěn)定的特點(diǎn),代代相傳,已經(jīng)具備了形成一個(gè)染色體數(shù)目為200的新型的魚(yú)種的前提條件。研究異源四倍體鯽鯉在基因組和轉(zhuǎn)錄水平的重組現(xiàn)象對(duì)研究遠(yuǎn)緣雜交過(guò)程中的進(jìn)化具有重要作用。本論文在驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上,通過(guò)對(duì)4個(gè)基因不同個(gè)體的全長(zhǎng)測(cè)序初步分析了異源四倍體鯽鯉的重組現(xiàn)象,另外通過(guò)與其他物種構(gòu)建發(fā)育進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行了比較研究。1.驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中隨機(jī)挑選出7個(gè)拼接后顯示有重組現(xiàn)象的基因,進(jìn)行大量的測(cè)序,共測(cè)了至少473條DNA序列、867條cDNA序列。結(jié)果顯示有4個(gè)基因不管是基因組還是轉(zhuǎn)錄水平都真的具有重組現(xiàn)象,這四個(gè)基因即slc10a3、slc25a20、Tab1、Mrpl1。還有3個(gè)基因雖然目前沒(méi)有驗(yàn)證到重組現(xiàn)象,但也有可能是測(cè)序太少的原因。總之,這一結(jié)果在很大程度上證明了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)的真實(shí)性和... 

【文章來(lái)源】：湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

異源四倍體鯽鯉形成過(guò)程示意圖

PCR 的錯(cuò)配，以及提高檢測(cè)到重組現(xiàn)象的概率，異源四倍體鯽鯉材料的菌一種隨機(jī)送 20 管進(jìn)行測(cè)序，親本鯉魚(yú)和紅鯽材料的菌液每一種隨機(jī)送 12 管測(cè)序。一般 3 到 5 個(gè)工作日可獲得序列信息，有些 DNA 長(zhǎng)片段需要拼接。通過(guò) NCBI 上 BLAST 搜索或者將測(cè)得序列與轉(zhuǎn)錄本已知序列進(jìn)行比較確定列是否為目的序列。.2.12 序列比較分析獲得序列后，為了保證序列的高質(zhì)量和純凈度，我們要用對(duì)測(cè)得的所DNA 和 DNA 原始序列進(jìn)行整理并去除序列中的載體序列。此方法有二:①rimer Premier 5.0 軟 件 ； ② 用 NCBI 中 ecScreen(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html），如圖 2-1。

異源四倍體鯽鯉中基因組以及轉(zhuǎn)錄水平的重組現(xiàn)象的發(fā)現(xiàn) 去除載體序列后用 BLAST 在線(xiàn)分析軟件（如圖 2-2）與 NCBI Genbank 中的序列進(jìn)行比對(duì)，可初步確定這些序列是否為目的序列。用 BioEdit 7.0.0 軟件可計(jì)算異源四倍體鯽鯉F22代及其親本鯉魚(yú)和紅鯽的基因序列同源性。用ClustalX 2.軟件分別對(duì)異源四倍體鯽鯉 F22 代及其親本鯉魚(yú)和紅鯽中的對(duì)應(yīng)基因進(jìn)行序列比對(duì)。用 DNAMAN 軟件可推導(dǎo)最有可能的氨基酸序列，比對(duì)異源四倍體鯽鯉與親本鯉魚(yú)和紅鯽之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。用 MEGA 5.0 程序可建立進(jìn)化樹(shù)，其原理是基于氨基酸相對(duì)突變率矩陣計(jì)算不同序列差異性積分作為它們的差異性量度（序列進(jìn)化樹(shù)）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]動(dòng)物遠(yuǎn)緣雜交研究進(jìn)展[J]. 張卓慧,陳婕,黎玲,陶敏,張純,覃欽博,肖軍,劉筠,劉少軍.  中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2014(02)
[2]多倍體生物研究進(jìn)展[J]. 宋燦,劉少軍,肖軍,何偉國(guó),周毅,覃欽博,張純,劉筠.  中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2012(03)
[3]分子標(biāo)記技術(shù)在禾本科作物基因定位上的研究進(jìn)展[J]. 陳秋玲,高建明,羅峰,魏進(jìn)招,裴忠有,孫守鈞.  中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2010(09)
[4]遠(yuǎn)緣雜交導(dǎo)致不同倍性魚(yú)的形成[J]. 劉少軍.  中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2010(02)
[5]基于EST序列的鯉魚(yú)生長(zhǎng)相關(guān)SNP發(fā)掘[J]. 張曉峰,楊晶,孫效文.  水產(chǎn)學(xué)雜志. 2009(04)
[6]The formation of improved tetraploid population of red crucian carp×common carp hybrids by androgenesis[J]. DUAN Wei, QIN QinBo, CHEN Song, LIU ShaoJun, WANG Jing, ZHANG Chun, SUN YuanDong & LIU Yun Key Laboratory of Protein Chemistry and Developmental Biology of State Education Ministry of China, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha 410081, China.  Science in China(Series C:Life Sciences). 2007(06)
[7]雌核發(fā)育二倍體鯽鯉雜交克隆品系建立[J]. 劉少軍,段巍,陶敏,張純,孫遠(yuǎn)東,申佳珉,王靜,羅凱坤,劉筠.  中國(guó)科學(xué)(C輯:生命科學(xué)). 2007(01)
[8]水稻單核苷酸多態(tài)性及其應(yīng)用[J]. 劉傳光,張桂權(quán).  遺傳. 2006(06)
[9]我國(guó)魚(yú)類(lèi)多倍體育種的研究進(jìn)展[J]. 吳萍.  上海水產(chǎn)大學(xué)學(xué)報(bào). 2005(01)
[10]二倍體雌核發(fā)育魚(yú)產(chǎn)生二倍體卵子的證據(jù)[J]. 張純,孫遠(yuǎn)東,劉少軍,劉筠.  遺傳學(xué)報(bào). 2005(02)

博士論文
[1]多倍體鯽鯉Piwi和piRNA的表達(dá)與育性的相關(guān)性研究[D]. 周毅.湖南師范大學(xué) 2012
[2]不同倍性魚(yú)線(xiàn)粒體全基因組及肝臟轉(zhuǎn)錄組中線(xiàn)粒體相關(guān)基因分析[D]. 尤翠平.湖南師范大學(xué) 2012
[3]不同倍性鯽鯉蛋白質(zhì)代謝相關(guān)基因的克隆與表達(dá)研究[D]. 劉臻.湖南師范大學(xué) 2012
[4]GH/IGF軸相關(guān)基因在不同倍性鯽鯉中的表達(dá)及與生長(zhǎng)的相關(guān)性研究[D]. 鐘歡.湖南師范大學(xué) 2012



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