草魚樹突狀細(xì)胞的分離鑒定和益生芽孢桿菌對(duì)其功能的影響
發(fā)布時(shí)間:2020-12-20 10:31
樹突狀細(xì)胞(Dendritic cell,DC)在調(diào)控機(jī)體免疫中發(fā)揮著關(guān)鍵作用,通過(guò)抗原遞呈作用將抗原物質(zhì)呈遞給T淋巴細(xì)胞從而決定免疫反應(yīng)和免疫耐受,并分泌多種免疫相關(guān)細(xì)胞因子調(diào)控機(jī)體免疫活動(dòng)。本研究旨在分離并鑒定草魚(Ctenopharyngodon Idellus)樹突狀細(xì)胞,通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析從草魚腸道中分離出的一株枯草芽孢桿菌(Bacillus Subtilis)Ch9對(duì)草魚DC基因表達(dá)的影響,探討草魚DC基因表達(dá)與機(jī)體免疫功能之間的聯(lián)系。主要研究?jī)?nèi)容和試驗(yàn)結(jié)果如下:機(jī)械法分離獲得草魚脾臟單細(xì)胞懸液,體外培養(yǎng)5 d后,密度梯度離心法獲得一類形態(tài)上具有典型樹突樣突起的細(xì)胞,Transwell遷移實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)這類細(xì)胞在LPS與嗜水氣單胞菌(Aeromonas hydrophila)刺激下,遷移細(xì)胞數(shù)量顯著高于對(duì)照組和益生枯草芽孢桿菌處理組(B.Subtilis)。同種異體混合淋巴反應(yīng)(Mixed Lymphocyte Reaction,MLR)表明這類細(xì)胞可顯著激活同種異體淋巴細(xì)胞的增殖且呈劑量依賴性。RT-qPCR法檢測(cè)細(xì)胞表面標(biāo)記分子CD80/86和CD83的表達(dá),LPS刺激12...
【文章來(lái)源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:62 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
轉(zhuǎn)錄組分析流程
草魚樹突狀細(xì)胞的分離鑒定和益生芽孢桿菌對(duì)其功能的影響A 文庫(kù)的構(gòu)建和 Illumina 測(cè)序品檢測(cè)合格后,用帶有 Oligo(dT)的磁珠,通過(guò) A-T 互補(bǔ) ployA 尾結(jié)合的方式富集真核生物的 mRNA。隨后加入 fragmRNA 打斷成短片段,以 mRNA 為模板,用六堿基隨機(jī)引物(合成一鏈 cDNA,然后加入緩沖液、dNTPs 和 DNA polymerasA,隨后利用 AMPure XP beads 純化雙鏈 cDNA。純化的雙鏈 cD復(fù)、加 A 尾并連接測(cè)序接頭,然后用 AMPure XP beads 進(jìn)行后進(jìn)行 PCR 富集得到最終的 cDNA 文庫(kù)。文庫(kù)構(gòu)建原理如圖
草魚樹突狀細(xì)胞的分離鑒定和益生芽孢桿菌對(duì)其功能的影響Millions base pairs sequenced)是每百萬(wàn) fragments 中來(lái)自某一基因每千堿基長(zhǎng)度的 fragments 數(shù)目,其同時(shí)考慮了測(cè)序深度和基因長(zhǎng)度對(duì) fragments 計(jì)數(shù)的影響,是目前最為常用的基因表達(dá)水平估算方法(Trapnell et al 2010)。本研究采用HTSeq 軟件對(duì)各樣品進(jìn)行基因表達(dá)水平分析,使用的模型為 union。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]魚類樹突狀細(xì)胞研究進(jìn)展[J]. 陳孝煊,李思思,周成翀,吳志新. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2019(01)
[2]轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)應(yīng)用與市場(chǎng)分析[J]. 王躍,毛開云,王恒哲,馬征遠(yuǎn). 生物產(chǎn)業(yè)技術(shù). 2017(05)
[3]新疆地區(qū)支氣管哮喘患者IL-4基因甲基化的研究[J]. 韓繼紅,肖麗,都雯,彭顏暉,楊清. 新疆醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(09)
[4]益生芽孢桿菌對(duì)草魚腸黏膜結(jié)構(gòu)的保護(hù)作用[J]. 黃燦,張忠海,吳淑勤,張丁,李思思,陳孝煊,吳志新. 水生生物學(xué)報(bào). 2017(04)
[5]抗生素在畜禽養(yǎng)殖業(yè)中的應(yīng)用、潛在危害及去除[J]. 王彥斌. 農(nóng)業(yè)開發(fā)與裝備. 2015(12)
[6]轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在水產(chǎn)動(dòng)物研究中的運(yùn)用[J]. 羅輝,葉華,肖世俊,鄭曙明,王曉清,王志勇. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2015(04)
[7]腸道菌群與疾病關(guān)系的研究進(jìn)展[J]. 郭慧玲,邵玉宇,孟和畢力格,張和平. 微生物學(xué)通報(bào). 2015(02)
[8]高通量測(cè)序技術(shù)在農(nóng)業(yè)研究中的應(yīng)用[J]. 張全芳,李軍,范仲學(xué),楊連群,步迅. 山東農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(01)
[9]產(chǎn)丙酮酸棒狀桿菌及痤瘡丙酸桿菌對(duì)樹突狀細(xì)胞的免疫調(diào)節(jié)作用[J]. 韓清珍,仝佳,趙陽(yáng),劉嫣芳,沈培,蘇兆亮,邵啟祥,焦志軍,王勝軍,許化溪. 免疫學(xué)雜志. 2011(07)
[10]飼料中益生菌對(duì)凡納濱對(duì)蝦生長(zhǎng)、腸道菌群及部分免疫指標(biāo)的影響[J]. 胡毅,譚北平,麥康森,艾慶輝,鄭石軒,程開敏. 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué). 2008(02)
碩士論文
[1]大黃魚脾臟轉(zhuǎn)錄組和表達(dá)譜分析以及過(guò)氧化物酶4結(jié)構(gòu)與功能研究[D]. 母尹楠.國(guó)家海洋局第三海洋研究所 2011
本文編號(hào):2927709
【文章來(lái)源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:62 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
轉(zhuǎn)錄組分析流程
草魚樹突狀細(xì)胞的分離鑒定和益生芽孢桿菌對(duì)其功能的影響A 文庫(kù)的構(gòu)建和 Illumina 測(cè)序品檢測(cè)合格后,用帶有 Oligo(dT)的磁珠,通過(guò) A-T 互補(bǔ) ployA 尾結(jié)合的方式富集真核生物的 mRNA。隨后加入 fragmRNA 打斷成短片段,以 mRNA 為模板,用六堿基隨機(jī)引物(合成一鏈 cDNA,然后加入緩沖液、dNTPs 和 DNA polymerasA,隨后利用 AMPure XP beads 純化雙鏈 cDNA。純化的雙鏈 cD復(fù)、加 A 尾并連接測(cè)序接頭,然后用 AMPure XP beads 進(jìn)行后進(jìn)行 PCR 富集得到最終的 cDNA 文庫(kù)。文庫(kù)構(gòu)建原理如圖
草魚樹突狀細(xì)胞的分離鑒定和益生芽孢桿菌對(duì)其功能的影響Millions base pairs sequenced)是每百萬(wàn) fragments 中來(lái)自某一基因每千堿基長(zhǎng)度的 fragments 數(shù)目,其同時(shí)考慮了測(cè)序深度和基因長(zhǎng)度對(duì) fragments 計(jì)數(shù)的影響,是目前最為常用的基因表達(dá)水平估算方法(Trapnell et al 2010)。本研究采用HTSeq 軟件對(duì)各樣品進(jìn)行基因表達(dá)水平分析,使用的模型為 union。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]魚類樹突狀細(xì)胞研究進(jìn)展[J]. 陳孝煊,李思思,周成翀,吳志新. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2019(01)
[2]轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)應(yīng)用與市場(chǎng)分析[J]. 王躍,毛開云,王恒哲,馬征遠(yuǎn). 生物產(chǎn)業(yè)技術(shù). 2017(05)
[3]新疆地區(qū)支氣管哮喘患者IL-4基因甲基化的研究[J]. 韓繼紅,肖麗,都雯,彭顏暉,楊清. 新疆醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(09)
[4]益生芽孢桿菌對(duì)草魚腸黏膜結(jié)構(gòu)的保護(hù)作用[J]. 黃燦,張忠海,吳淑勤,張丁,李思思,陳孝煊,吳志新. 水生生物學(xué)報(bào). 2017(04)
[5]抗生素在畜禽養(yǎng)殖業(yè)中的應(yīng)用、潛在危害及去除[J]. 王彥斌. 農(nóng)業(yè)開發(fā)與裝備. 2015(12)
[6]轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在水產(chǎn)動(dòng)物研究中的運(yùn)用[J]. 羅輝,葉華,肖世俊,鄭曙明,王曉清,王志勇. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2015(04)
[7]腸道菌群與疾病關(guān)系的研究進(jìn)展[J]. 郭慧玲,邵玉宇,孟和畢力格,張和平. 微生物學(xué)通報(bào). 2015(02)
[8]高通量測(cè)序技術(shù)在農(nóng)業(yè)研究中的應(yīng)用[J]. 張全芳,李軍,范仲學(xué),楊連群,步迅. 山東農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(01)
[9]產(chǎn)丙酮酸棒狀桿菌及痤瘡丙酸桿菌對(duì)樹突狀細(xì)胞的免疫調(diào)節(jié)作用[J]. 韓清珍,仝佳,趙陽(yáng),劉嫣芳,沈培,蘇兆亮,邵啟祥,焦志軍,王勝軍,許化溪. 免疫學(xué)雜志. 2011(07)
[10]飼料中益生菌對(duì)凡納濱對(duì)蝦生長(zhǎng)、腸道菌群及部分免疫指標(biāo)的影響[J]. 胡毅,譚北平,麥康森,艾慶輝,鄭石軒,程開敏. 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué). 2008(02)
碩士論文
[1]大黃魚脾臟轉(zhuǎn)錄組和表達(dá)譜分析以及過(guò)氧化物酶4結(jié)構(gòu)與功能研究[D]. 母尹楠.國(guó)家海洋局第三海洋研究所 2011
本文編號(hào):2927709
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