殺魚愛德華氏菌（Edwardsiella piscicida）會引起嚴(yán)重的魚類愛德華氏菌病,給世界水產(chǎn)養(yǎng)殖帶來嚴(yán)重?fù)p害。本課題利用轉(zhuǎn)座子插入測序（TIS）技術(shù),探究了E.piscici a在冬季（16℃）和夏季（28℃）的海水中存活的決定性遺傳因子。TIS數(shù)據(jù)表明,E.piscicida基因組上編碼的71個基因在16℃海水中顯示其必需性,包括代謝系統(tǒng),轉(zhuǎn)運系統(tǒng)和Ⅲ型分泌系統(tǒng)（T3SS）;63個基因在28℃海水中顯示其必需性,包括轉(zhuǎn)錄、翻譯、能量代謝和能量轉(zhuǎn)化相關(guān)的基因。其中,脂肪酸代謝調(diào)控因子編碼基因fadR同時在16℃和28℃條件下顯示其必需性,而fabR插入突變后在16℃和28℃條件下存活能力增強,說明脂肪酸代謝和E.piscicid 在自然海水條件下存活密切相關(guān)�；谏鲜鯰IS篩選結(jié)果,本課題進(jìn)一步利用ChIP-seq、RNA-seq和質(zhì)譜等技術(shù),探究脂肪酸代謝核心調(diào)控因子FabR調(diào)控不同脂肪酸組成和比例的分子機制,以及脂肪酸代謝和E.piscicida毒力表達(dá)之間的關(guān)系。FabR通過直接結(jié)合fabA、fabB和cfa講啟動子區(qū)域,抑制fabA、fabB和cfa的表達(dá),進(jìn)而調(diào)控脂... 

【文章來源】：華東理工大學(xué)上海市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．５腸聚集性大腸桿菌Ｔ６ＳＳ示意圖網(wǎng)??Ｆｉｇ．?１．５?Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｅｎｔｅｒｏａｇｇｒｅｇａｔｉｖｅ?Ｅ．?ｃｏｌｉ?Ｔ６ＳＳＪ２０１??

Ｆｉｇ．?１．６?Ｔｈｅ?ｃｌｕｓｔｅｒ?ｏｆ?Ｔ６ＳＳ?ｏｆ?Ｅ．?ｐｉｓｃｉｃｉｄａ??１．２．３殺魚愛德華氏菌Ｔ３／Ｔ６ＳＳ介導(dǎo)的毒力調(diào)控網(wǎng)絡(luò)??Ｔ３ＳＳ和Ｔ６ＳＳ的表達(dá)在胞內(nèi)受到嚴(yán)格調(diào)控作用（圖１．７）。其中Ｆｕｒ可以感受Ｆｅ２＋的濃??度進(jìn)而調(diào)控Ｔ６ＳＳ；?ＲｐｏＳ可以響應(yīng)胞外環(huán)境中ｐＨ和氧壓力，并且通過抑制表達(dá)抑??制Ｔ３／Ｔ６ＳＳ的表達(dá)［２４］。ＥｓｒＡ和ＥｓｒＢ雙組分系統(tǒng)也對于Ｔ３／Ｔ６ＳＳ的表達(dá)起到重要作用。??ＥｓｒＡ通過感受胞外的信號，磷酸化并激活胞內(nèi)的ＥｓｒＢ，進(jìn)而調(diào)控Ｔ３ＳＳ的表達(dá)［２５］。ＥｓｒＣ??除了直接調(diào)控Ｔ３ＳＳ基因的表達(dá)，還結(jié)合在ｅｖｐＰ和ｅｖ＃啟動子上從而調(diào)控??Ｔ６ＳＳ的表達(dá)。同樣，雙組分系統(tǒng)ＰｈｏＰ和ＰｈｏＱ也對于Ｔ３／Ｔ６ＳＳ的表達(dá)起到促進(jìn)作用。??ＰｈｏＱ可以感受胞外的Ｍｇ２＋的濃度、溫度、溶解氧和ｐＨ，進(jìn)而磷酸化響應(yīng)調(diào)節(jié)子ＰｈｏＰ??的表達(dá)，激活表達(dá)并調(diào)控Ｔ３／Ｔ６ＳＳ表達(dá)。因此，ＥｓｒＢ和ＥｓｒＣ是Ｔ３／Ｔ６ＳＳ核心調(diào)??控因子。通過各種技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的胞內(nèi)外信號分子以及相應(yīng)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑對于深入理解??Ｔ３／Ｔ６ＳＳ介導(dǎo)的毒力調(diào)控網(wǎng)絡(luò)具有重要意義。??１．３轉(zhuǎn)座子插入突變體文庫測序??１．３．１轉(zhuǎn)座子插入突變株文庫??轉(zhuǎn)座子插入突變體文庫是由轉(zhuǎn)座子隨機插入到受體菌株基因組中后形成的突變株??集合。目前已有不同種類的轉(zhuǎn)座子如Ｔｎ９１６、Ｔｎ４００１、ＴｎｌＯ、Ｔｎ５、Ｔｎ９］７和ＩＳＳ１等被??用于構(gòu)建轉(zhuǎn)座子插入突變體。Ｔｎ９１６轉(zhuǎn)座子優(yōu)選插入富含Ａ的位點序列，該序列由富含??Ｔ序列的六堿基分開。ＴｎｌＯ轉(zhuǎn)座子插入含有６?ｂｐ的特異性靶序列

Ｔ６ＳＳ??ｅｖｐＰ?ｅｖｐＡ?ＢＣＤＥＦＧＨＩ?ＪＫＬＭ?Ｎ??圖１．６殺魚愛德華氏菌Ｖ丨型分泌系統(tǒng)基因簇??Ｆｉｇ．?１．６?Ｔｈｅ?ｃｌｕｓｔｅｒ?ｏｆ?Ｔ６ＳＳ?ｏｆ?Ｅ．?ｐｉｓｃｉｃｉｄａ??１．２．３殺魚愛德華氏菌Ｔ３／Ｔ６ＳＳ介導(dǎo)的毒力調(diào)控網(wǎng)絡(luò)??Ｔ３ＳＳ和Ｔ６ＳＳ的表達(dá)在胞內(nèi)受到嚴(yán)格調(diào)控作用（圖１．７）。其中Ｆｕｒ可以感受Ｆｅ２＋的濃??度進(jìn)而調(diào)控Ｔ６ＳＳ；?ＲｐｏＳ可以響應(yīng)胞外環(huán)境中ｐＨ和氧壓力，并且通過抑制表達(dá)抑??制Ｔ３／Ｔ６ＳＳ的表達(dá)［２４］。ＥｓｒＡ和ＥｓｒＢ雙組分系統(tǒng)也對于Ｔ３／Ｔ６ＳＳ的表達(dá)起到重要作用。??ＥｓｒＡ通過感受胞外的信號，磷酸化并激活胞內(nèi)的ＥｓｒＢ，進(jìn)而調(diào)控Ｔ３ＳＳ的表達(dá)［２５］。ＥｓｒＣ??除了直接調(diào)控Ｔ３ＳＳ基因的表達(dá)，還結(jié)合在ｅｖｐＰ和ｅｖ＃啟動子上從而調(diào)控??Ｔ６ＳＳ的表達(dá)。同樣，雙組分系統(tǒng)ＰｈｏＰ和ＰｈｏＱ也對于Ｔ３／Ｔ６ＳＳ的表達(dá)起到促進(jìn)作用。??ＰｈｏＱ可以感受胞外的Ｍｇ２＋的濃度、溫度、溶解氧和ｐＨ，進(jìn)而磷酸化響應(yīng)調(diào)節(jié)子ＰｈｏＰ??的表達(dá)，激活表達(dá)并調(diào)控Ｔ３／Ｔ６ＳＳ表達(dá)。因此，ＥｓｒＢ和ＥｓｒＣ是Ｔ３／Ｔ６ＳＳ核心調(diào)??控因子。通過各種技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的胞內(nèi)外信號分子以及相應(yīng)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑對于深入理解??Ｔ３／Ｔ６ＳＳ介導(dǎo)的毒力調(diào)控網(wǎng)絡(luò)具有重要意義。??１．３轉(zhuǎn)座子插入突變體文庫測序??１．３．１轉(zhuǎn)座子插入突變株文庫??轉(zhuǎn)座子插入突變體文庫是由轉(zhuǎn)座子隨機插入到受體菌株基因組中后形成的突變株??集合。目前已有不同種類的轉(zhuǎn)座子如Ｔｎ９１６、Ｔｎ４００１、ＴｎｌＯ、Ｔｎ５、Ｔｎ９］７和ＩＳＳ１等被??用于構(gòu)建轉(zhuǎn)座子插入突變體。Ｔｎ９１６轉(zhuǎn)座子優(yōu)選插入富含Ａ的位點序列


本文編號：2914583