發(fā)布時(shí)間：2020-12-13 01:55

　　以大黃魚雌魚基因組為參考,利用重測(cè)序技術(shù)深度挖掘候選SNP位點(diǎn),以此為基礎(chǔ)研制大黃魚SNP捕獲測(cè)序試劑盒,應(yīng)用到2個(gè)家系中進(jìn)行基于捕獲測(cè)序的高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建,具體結(jié)果如下:1、利用100尾大黃魚優(yōu)質(zhì)成魚基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘出的高通量分子標(biāo)記信息為基礎(chǔ),設(shè)計(jì)一款大黃魚個(gè)性化捕獲測(cè)序試劑盒。捕獲目標(biāo)片段5萬個(gè):含2.5萬個(gè)位于基因編碼區(qū)的片段、近2.5萬個(gè)非編碼區(qū)片段及重測(cè)序獲得的全部miRNA序列。選取2011年秋季構(gòu)建的大黃魚家系中的LG和RY家系作為實(shí)驗(yàn)群體,應(yīng)用個(gè)性化捕獲測(cè)序技術(shù)對(duì)兩個(gè)家系共108個(gè)個(gè)體進(jìn)行高通量測(cè)序,獲得測(cè)序總量88.67Gb,其中最小測(cè)序量325.68Mb,最大測(cè)序量2076.51Mb。通過GATK軟件進(jìn)行SNP檢測(cè),共得到52542個(gè)變異位點(diǎn),包含SNP標(biāo)記50132個(gè),indel標(biāo)記2410個(gè),分布于大黃魚雌魚基因組的702個(gè)scaffold上。其中,LG家系共檢出34873個(gè)分子標(biāo)記,RY家系共檢出標(biāo)記位點(diǎn)39582個(gè),兩家系間相同標(biāo)記數(shù)21913個(gè)。2、各家系利用捕獲測(cè)序分別構(gòu)建的遺傳圖譜結(jié)果:LG家系大黃魚雄性遺傳連鎖圖譜含有1509個(gè)標(biāo)記,圖... 

【文章來源】：集美大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：89 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

異源雙鏈分析原理

assemblyNumber(length≥N50)N50(kb)Longest(kb)Size(Mb)Contigs 923,389 9.67 299.66 926.9Scaffolds 867 190.7 2796.1 940.2表 2-2 大黃魚基因初步預(yù)測(cè)的結(jié)果Tab.2-2 Total predicted gene data of large yellow croaker類別 數(shù)量潛在候選基因 31028與斑馬魚和青鳉同源 25332僅與斑馬魚同源 1246僅與青鳉同源 894特有基因 3556

大黃魚標(biāo)記探針設(shè)計(jì)方式

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]三角帆蚌遺傳連鎖圖譜構(gòu)建及育珠相關(guān)性狀QTL定位分析[D]. 韓學(xué)凱.上海海洋大學(xué) 2014
[2]櫛孔扇貝（Chlamys farreri）cSNP標(biāo)記的開發(fā)及其種間通用性研究[D]. 王曉澗.中國(guó)海洋大學(xué) 2012
[3]借助遠(yuǎn)緣雜交構(gòu)建大黃魚微衛(wèi)星標(biāo)記連鎖圖譜[D]. 武祥偉.集美大學(xué) 2011
[4]仿刺參（Apostichopus japonicus）AFLP遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D]. 盧超.中國(guó)海洋大學(xué) 2010
[5]長(zhǎng)牡蠣SNP標(biāo)記的開發(fā)及多態(tài)性檢測(cè)[D]. 王紹宗.中國(guó)科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2009



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