殺大菱鲆病原性盾纖毛蟲(chóng)海洋菌株YCSC6的鑒定及其基因組、轉(zhuǎn)錄組和代謝組分析
發(fā)布時(shí)間:2020-08-25 19:46
【摘要】:大菱鲆(Scophthalmus maximus)人工養(yǎng)殖是我國(guó)海水養(yǎng)殖的重要支柱產(chǎn)業(yè)之一。然而,隨著其規(guī)模的迅猛發(fā)展,各種養(yǎng)殖疾病接踵而至,由盾纖毛蟲(chóng)等引起的寄生蟲(chóng)病是其中危害嚴(yán)重的疾病之一。為防治盾纖毛蟲(chóng)病,開(kāi)發(fā)新型的生物殺蟲(chóng)劑具有十分廣闊的應(yīng)用前景。海洋微生物可產(chǎn)生結(jié)構(gòu)獨(dú)特、活性多樣且不同于陸地來(lái)源的代謝產(chǎn)物,其中某些代謝產(chǎn)物可作為殺蟲(chóng)制劑。本研究從近海微生物菌種資源庫(kù)中篩選獲得了一株有殺盾纖毛蟲(chóng)效果的細(xì)菌,并對(duì)其開(kāi)展了殺蟲(chóng)能力、遺傳背景的研究,主要研究成果如下:1.對(duì)采自萊州大菱鲆養(yǎng)殖場(chǎng)的11條典型病魚(yú)進(jìn)行了病理學(xué)觀察。組織切片顯示,病魚(yú)皮膚、鰭、鰓、肝臟、腸及腦中均檢出病原性纖毛蟲(chóng)。對(duì)分離自病魚(yú)腦部的纖毛蟲(chóng)進(jìn)行形態(tài)及分子鑒定,確定其為海洋尾絲蟲(chóng)(Uronema marinum)。感染實(shí)驗(yàn)證實(shí)海洋尾絲蟲(chóng)可感染大菱鲆,并引起大菱鲆盾纖毛蟲(chóng)病。2.對(duì)篩選獲得的有殺盾纖毛蟲(chóng)效果的細(xì)菌進(jìn)行鑒定,利用形態(tài)學(xué)和分子生物學(xué)方法鑒定該菌為肋生鹽弧菌(Salinivibrio costicola subsp.)。通過(guò)共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行YCSC6殺滅大菱鲆病原性盾纖毛蟲(chóng)的藥效活性實(shí)驗(yàn),同時(shí)利用光學(xué)顯微鏡和掃描電鏡觀察記錄YCSC6的殺蟲(chóng)特征。結(jié)果發(fā)現(xiàn)海洋細(xì)菌YCSC6發(fā)酵上清液可導(dǎo)致盾纖毛蟲(chóng)膜出現(xiàn)穿孔,膜完整性喪失從而裂解。在一定時(shí)間范圍內(nèi),發(fā)酵液發(fā)酵時(shí)間越長(zhǎng),裂解能力則越強(qiáng)。3.為了進(jìn)一步研究海洋細(xì)菌YCSC6的殺蟲(chóng)機(jī)制和次生代謝產(chǎn)物生物合成基因簇,我們對(duì)該菌株進(jìn)行了全基因組測(cè)序,通過(guò)基因組組裝、基因預(yù)測(cè)、功能注釋以及總次生代謝物生物合成基因簇預(yù)測(cè),為后期轉(zhuǎn)錄組及代謝組分析奠定了基礎(chǔ)。結(jié)果顯示,YCSC6全基因組大小為3.87Mb,共預(yù)測(cè)得到3896個(gè)基因。該基因組含兩個(gè)環(huán)形染色體,長(zhǎng)序列(scf7180000000004)為基因組序列,平均GC含量為50.03%,短序列(scf7180000000005)為質(zhì)粒,平均GC含量為48.80%,預(yù)測(cè)到21個(gè)次生代謝產(chǎn)物生物合成基因簇,相關(guān)功能基因18個(gè),主要分為三大類:膜綁定溶胞壁質(zhì)轉(zhuǎn)糖酶,他體細(xì)胞溶解,磷脂酶活性。該基因組GenBank注冊(cè)號(hào)為NHNL00000000,本文所介紹版本為NHNL01000000。4.在得到海洋細(xì)菌YCSC6全基因組的基礎(chǔ)上,本研究對(duì)不同培養(yǎng)時(shí)間的海洋細(xì)菌YCSC6轉(zhuǎn)錄組及代謝組進(jìn)行了分析,通過(guò)不同組間轉(zhuǎn)錄組和代謝組的比較,預(yù)測(cè)到大量差異表達(dá)基因及差異代謝物。代謝組鑒定到的物質(zhì)數(shù)目為1129,無(wú)法定性的物質(zhì)數(shù)目為16814。經(jīng)比對(duì),篩選出84種具有功能描述的顯著上調(diào)差異代謝物,后期可通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證這些物質(zhì)的殺蟲(chóng)及膜裂解活性。樣品表達(dá)模式分析顯示,在轉(zhuǎn)錄組和代謝組中分別有一組模塊表達(dá)模式與目的產(chǎn)物的作用模式效果重合,均在48h后逐漸高表達(dá),目的產(chǎn)物可能存在于其中。后期將重點(diǎn)分析差異基因及差異代謝物,以期找到殺蟲(chóng)基因及其代謝通路,為殺大菱鲆病原性盾纖毛蟲(chóng)開(kāi)發(fā)安全、高效的藥劑。
【學(xué)位授予單位】:國(guó)家海洋局第一海洋研究所
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:S943
【圖文】:
-1. 大菱鲆2-1. Symptbody surfafected tissu2 病魚(yú)組組織切片結(jié)構(gòu)松散皮膚組織變化明顯。隨著纖毛織切片顯鲆盾纖毛蟲(chóng)病C)感toms of infeace. B) Exopues (Arrows組織病理變化顯示,病魚(yú)散,空泡化?椙衅@示,顯,皮下組織毛蟲(chóng)的大量示,正常鰓病癥狀 A)感染組織涂片ected turbotphthalmos (s indicate th化魚(yú)皮膚、鰓正常魚(yú)皮織和肌肉組量繁殖,組織鰓絲結(jié)構(gòu)緊)體表潰爛處片;D)纖t associated(Arrows indhe ciliates).ciliate.、肝臟、腸皮膚組織結(jié)構(gòu)組織中有大量織壞死,細(xì)胞密、規(guī)整(處;B) 眼球纖毛蟲(chóng)顯微特with ciliatedicate the foD) Microsc腸及腦組織均構(gòu)緊密(圖量纖毛蟲(chóng),胞核固縮、(圖 2-2 C)球凸出(箭頭特征。es. A) Ulceroci). C) Smecopical char均感染了大圖 2-2 A),纖組織內(nèi)部有碎裂、溶解,纖毛蟲(chóng)侵頭指示病灶rative lesiears maderacteristic大量纖毛蟲(chóng)纖毛蟲(chóng)入有明顯的解(圖 2-2侵入鰓絲后
大得E))感入侵致病icriliatose.t def. F)) Citruct大菱鲆器官組得松散;C)正)正常鰭組感染纖毛蟲(chóng)侵導(dǎo)致腸絨毛病魚(yú)腦組織oscopic patte. B) CiliatC) Normalformation anCiliates in tiliates (arrowture without組織病理變正常鰓絲切組織切片;F后,肝組織毛細(xì)胞變形降解,空泡hological chtes (arrows)gill filamennd strong dithe fin of inws)caused dt ciliate. J) I變化 A)正常切片;D)感)病魚(yú)鰭組織裂解,空泡形壞死;K)泡化(箭頭hanges of in) in skin tissnt without cilatation ofnfected turbodisintegratioInvasion of常皮膚組織感染纖毛蟲(chóng)后組織切片出泡化;I)正正常腦組指示盾纖毛nfected turbsue of infectciliate.D) Cispace. E) Not. G) Normon of liver tf ciliates (arr切片;B)感后,鰓絲細(xì)現(xiàn)纖毛蟲(chóng);正常腸絨毛織切片;L毛蟲(chóng),標(biāo)尺bot. A) Normted turbot, tiliates (arroNormal fin timal liver tisstissues. I) Nrows) led to感染纖毛細(xì)胞嚴(yán)重G)正組織切)纖毛尺=25μmmal skinthe skinows) cauissue wsue withNormal bo necros
mmm最小值(μm) 20(μm) 5(μm) 24(μm) 10m) 12比例 0.3數(shù) 10m) 8m) 4小 最大值0 3010360 162 154 0.5012109平均值25.0930.912.813.30.4410.69.17.3中值標(biāo)準(zhǔn)差 S25 3.110 1.632 4.114 2.313 1.20.44 011 0.69 0.98 1.8準(zhǔn)SD變異系CV1 12.36 17.91 13.43 18.02 9.310.36.09 9.78 24.0系Vprotargol staining method)
本文編號(hào):2804121
【學(xué)位授予單位】:國(guó)家海洋局第一海洋研究所
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:S943
【圖文】:
-1. 大菱鲆2-1. Symptbody surfafected tissu2 病魚(yú)組組織切片結(jié)構(gòu)松散皮膚組織變化明顯。隨著纖毛織切片顯鲆盾纖毛蟲(chóng)病C)感toms of infeace. B) Exopues (Arrows組織病理變化顯示,病魚(yú)散,空泡化?椙衅@示,顯,皮下組織毛蟲(chóng)的大量示,正常鰓病癥狀 A)感染組織涂片ected turbotphthalmos (s indicate th化魚(yú)皮膚、鰓正常魚(yú)皮織和肌肉組量繁殖,組織鰓絲結(jié)構(gòu)緊)體表潰爛處片;D)纖t associated(Arrows indhe ciliates).ciliate.、肝臟、腸皮膚組織結(jié)構(gòu)組織中有大量織壞死,細(xì)胞密、規(guī)整(處;B) 眼球纖毛蟲(chóng)顯微特with ciliatedicate the foD) Microsc腸及腦組織均構(gòu)緊密(圖量纖毛蟲(chóng),胞核固縮、(圖 2-2 C)球凸出(箭頭特征。es. A) Ulceroci). C) Smecopical char均感染了大圖 2-2 A),纖組織內(nèi)部有碎裂、溶解,纖毛蟲(chóng)侵頭指示病灶rative lesiears maderacteristic大量纖毛蟲(chóng)纖毛蟲(chóng)入有明顯的解(圖 2-2侵入鰓絲后
大得E))感入侵致病icriliatose.t def. F)) Citruct大菱鲆器官組得松散;C)正)正常鰭組感染纖毛蟲(chóng)侵導(dǎo)致腸絨毛病魚(yú)腦組織oscopic patte. B) CiliatC) Normalformation anCiliates in tiliates (arrowture without組織病理變正常鰓絲切組織切片;F后,肝組織毛細(xì)胞變形降解,空泡hological chtes (arrows)gill filamennd strong dithe fin of inws)caused dt ciliate. J) I變化 A)正常切片;D)感)病魚(yú)鰭組織裂解,空泡形壞死;K)泡化(箭頭hanges of in) in skin tissnt without cilatation ofnfected turbodisintegratioInvasion of常皮膚組織感染纖毛蟲(chóng)后組織切片出泡化;I)正正常腦組指示盾纖毛nfected turbsue of infectciliate.D) Cispace. E) Not. G) Normon of liver tf ciliates (arr切片;B)感后,鰓絲細(xì)現(xiàn)纖毛蟲(chóng);正常腸絨毛織切片;L毛蟲(chóng),標(biāo)尺bot. A) Normted turbot, tiliates (arroNormal fin timal liver tisstissues. I) Nrows) led to感染纖毛細(xì)胞嚴(yán)重G)正組織切)纖毛尺=25μmmal skinthe skinows) cauissue wsue withNormal bo necros
mmm最小值(μm) 20(μm) 5(μm) 24(μm) 10m) 12比例 0.3數(shù) 10m) 8m) 4小 最大值0 3010360 162 154 0.5012109平均值25.0930.912.813.30.4410.69.17.3中值標(biāo)準(zhǔn)差 S25 3.110 1.632 4.114 2.313 1.20.44 011 0.69 0.98 1.8準(zhǔn)SD變異系CV1 12.36 17.91 13.43 18.02 9.310.36.09 9.78 24.0系Vprotargol staining method)
【參考文獻(xiàn)】
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本文編號(hào):2804121
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