通過(guò)生物基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)向日葵(Helianthus annuus)全基因組蛋白序列中含有的WRKY轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)、密碼子偏好性等。開(kāi)展了向日葵WRKY轉(zhuǎn)錄因子的染色體定位、保守元件的分析、外顯子與內(nèi)含子的分布情況和順式作用元件的分析;進(jìn)一步挖掘抗銹病相關(guān)基因,為抗銹病育種提供參考。1.向日葵全基因組WRKY轉(zhuǎn)錄因子共127條,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)進(jìn)行聚類(lèi)分析,并按照其結(jié)構(gòu)特征分為類(lèi)型Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ組。向日葵WRKY轉(zhuǎn)錄因子廣泛分布于17條染色體上。其全部都是親水性蛋白。向日葵WRKY家族包含20個(gè)保守元件,其中有3個(gè)是WRKY盒。向日葵WRKY轉(zhuǎn)錄因子是由2～6個(gè)外顯子組成。WRKY轉(zhuǎn)錄因子順式作用元件包括光反應(yīng)元件、低溫誘導(dǎo)元件、厭氧誘導(dǎo)所必需元件、赤霉素應(yīng)答元件、生長(zhǎng)素應(yīng)答元件、參與防御和應(yīng)激反應(yīng)、水楊酸反應(yīng)、脫落酸反應(yīng)特異性作用元件。2.向日葵WRKY轉(zhuǎn)錄因子使用A/T(U)結(jié)尾的密碼子比重大于G/C結(jié)尾的密碼子,且ENC平均值為53.96,整體偏好性較弱,但第三位堿基偏好使用以A/T(U)結(jié)尾的密碼子。從同義密碼子相對(duì)使用頻率分析得到第3位...

【文章頁(yè)數(shù)】：65 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１向日葵ＷＲＫＹ家族系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)??Ｆｉｇ．?１?Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ?ｔｒｅｅ?ｏｆ?ｓｕｎｆｌｏｗｅｒ?ＷＲＫＹ?ｆａｍｉｌｙ?ｓｙｓｔｅｍ??

１４?向日葵全基因組ＷＲＫＹ轉(zhuǎn)錄因子的鑒定及表達(dá)分析???２．２．２?ＨａＷＲＫＹ進(jìn)化樹(shù)分析和分組鑒定??為了進(jìn)一步分析向日葵ＨａＷＲＫＹ家族的進(jìn)化關(guān)系，利用１２７個(gè)向日葵??ＨａＷＲＫＹ蛋白構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行聚類(lèi)分析，并根據(jù)其結(jié)構(gòu)特征確定ＨａＷＲＫＹ蛋??白類(lèi)型和分組情況。進(jìn)化樹(shù)結(jié)....

圖２向日葵ＷＲＫＹ轉(zhuǎn)錄因子染色體定位??Ｆｉｇ．２?ＷＲＫＹ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ?ｆａｃｔｏｒ?ｏｎ?ｔｈｅ?ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ?ｏｆ?ｓｕｎｆｌｏｗｅｒ??

ｒｆｃｙ８６??ｈ＃ｗｒｔｙ６３－?－?ｈｆｌｗｒｋｙ？３?．?ｈａｗｒｔｙ８６??ｈ＊ｗｒ１ｑ？４??ｈａｗｒｋｙ６５?７?ｈ？ｗｒｔｃｙ？３－??ＩｗｗＫｙＣＳ?ｈａｗｒｋｙ９４??ｈａｗｒ？ｃｙ７３??？?ｈ？ｗｒｆｃｙｆｉｅ??ｈａｗｒｋｙ６９?Ｔ（?ｔ〇ａ１５??Ｉ?ｈ....

圖７?ＥＮＣ與ＧＣ３的關(guān)聯(lián)性分析??

?內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文?３９??６５－ｉ??６０－?？??ｉ?？？參？？籲會(huì)參??？?？??４５－??４０?Ｈ?１?１?１?１?１?１??０．２５?０．３?０．３５?０．４?０．４５?０．５?０．５５??ＧＣ３ｓ??圖７?ＥＮＣ與ＧＣ３的關(guān)聯(lián)性分析??Ｆｉｇ．?７?Ａｎａｌ....

圖８候選基因溶解曲線??．

．．．．．．．．．．１，．．．丨…―??Ｓ１５。：??＼??—．．．．?Ｌ．．．．．．．．．．＇?：．．．．．．．』．．．．．．．．．．．：．．．．．．．．．??‘：：．．．．．．．—＼．．．．．．：—…一：——＾??：???Ｈｒ，?ｒｊ?ｖ?，?ｖ?ｒ；，－?，?，?Ｔｒｊ?＞....

本文編號(hào)：4014266