隨著測(cè)序技術(shù)發(fā)展和測(cè)序價(jià)格降低,高通量測(cè)序技術(shù)被廣泛應(yīng)用于生物研究的各個(gè)領(lǐng)域。玉米和水稻是重要的糧食作物和模式物種,本論文基于高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)Mo17和Zea mays ssp.mexicana的基因組進(jìn)行組裝,并對(duì)水稻中長(zhǎng)非編碼RNA進(jìn)行識(shí)別和分析。研究主要內(nèi)容如下:1.Mo17和Zea mays ssp.mexicana(mexicana)基因組組裝利用Mo17和mexicana重組自交系材料,采用混合組裝策略對(duì)Mo17和mexicana基因組進(jìn)行組裝。分別得到2.04 Gb(scaffold N50:3 Mb)Mo17基因組草圖和1.20Gb(scaffold N50:107 kb)mexicana基因組草圖。隨后分別通過單拷貝直系同源基因標(biāo)準(zhǔn)集(BUSCO)、真核生物核心基因集(CEGMA)、禾本科高度保守的基因家族(core GFs)以及B73中已注釋基因?qū)o17和mexicana基因組準(zhǔn)確性進(jìn)行評(píng)估。雖然基因組序列整體上比B73基因組略差,尤其是mexicana基因組只組裝出約50%序列,但是未組裝出區(qū)域多數(shù)為重復(fù)序列,基因區(qū)域相對(duì)比較完整。結(jié)合從頭預(yù)測(cè)和基于證據(jù)的策略分別...

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
第一章 前言
    1 測(cè)序技術(shù)簡(jiǎn)述
        1.1 新一代高通量測(cè)序平臺(tái)簡(jiǎn)介
        1.2 新一代測(cè)序數(shù)據(jù)中的錯(cuò)誤
            1.2.1 454 焦磷酸測(cè)序、Ion Torrent
            1.2.2 Illumina測(cè)序
            1.2.3 單分子測(cè)序
    2 禾本科植物基因組測(cè)序進(jìn)展
    3 基因組組裝方法
    4 非編碼RNA
        4.1 非編碼RNA研究歷程
        4.2 LncRNA研究常用軟件及數(shù)據(jù)庫
            4.2.1 LncRNA識(shí)別軟件
            4.2.2 LncRNA平臺(tái)和數(shù)據(jù)庫
        4.3 LncRNA功能注釋方法
            4.3.1 實(shí)驗(yàn)方法
            4.3.2 生物信息學(xué)方法
    5 本論文研究目的和主要內(nèi)容
第二章 玉米基因組組裝注釋及正向選擇基因
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 材料及數(shù)據(jù)
        2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.3 單核苷酸變異檢測(cè)和Bin Map圖優(yōu)化
        2.4 基因組組裝
        2.5 基因注釋
        2.6 PAV片段識(shí)別
        2.7 正向選擇基因
        2.8 基因滲入
    3 結(jié)果與分析
        3.1 全基因組SNV檢測(cè)及Bin Map圖優(yōu)化
        3.2 基于遺傳設(shè)計(jì)的混合基因組組裝
        3.3 基因注釋
        3.4 共線性及特有序列分析
        3.5 正向選擇基因
        3.6 基因滲入
    4 討論
第三章 基于競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA網(wǎng)絡(luò)水稻基因間區(qū)長(zhǎng)非編碼RNA的功能研究
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 數(shù)據(jù)集
        2.2 LincRNA識(shí)別
        2.3 差異表達(dá)lincRNA分析
        2.4 CeRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.5 網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)分析
        2.6 社區(qū)挖掘
        2.7 磷脅迫條件下水稻中的lincRNA功能注釋與富集分析
    3 結(jié)果
        3.1 水稻中l(wèi)incRNA識(shí)別
        3.2 CeRNA網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)分析
        3.3 根和莖中ceRNA網(wǎng)絡(luò)中社區(qū)的功能注釋
        3.4 LincRNA的功能注釋
        3.5 磷脅迫過程中差異表達(dá)的lincRNA
        3.6 關(guān)鍵lincRNA分析
    4 討論
第四章 ZS97和MH63中長(zhǎng)非編碼RNA的識(shí)別與分析
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 材料
        2.2 LncRNA和反義RNA識(shí)別
        2.3 LncRNA和反義RNA在ZS97和MH63間的保守性分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 ZS97中長(zhǎng)非編碼RNA識(shí)別及基本特征分析
        3.2 MH63中長(zhǎng)非編碼RNA識(shí)別及基本特征分析
        3.3 長(zhǎng)非編碼RNA保守性分析
    4 討論
第五章 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝



本文編號(hào)：4011462