簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)標(biāo)記以其高效、可重復(fù)和近緣物種高效利用率的優(yōu)點(diǎn)成為遺傳多樣性及分子育種研究利用的主要技術(shù)手段�？嗍w(Fagopyrum tataricum)作為重要的雜糧作物,其分子標(biāo)記研究也受到了關(guān)注。本試驗(yàn)以苦蕎‘黑豐1號(hào)’籽粒為材料,利用三代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,基于Perl程序批處理方法篩選SSR位點(diǎn)并開(kāi)發(fā)SSR標(biāo)記,結(jié)果表明:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共獲得15 592條高質(zhì)量去冗余序列,共鑒定出1 107個(gè)SSR位點(diǎn);按其在染色體中均勻分布原則設(shè)計(jì)132對(duì)genic-SSR引物,其中11對(duì)引物具有多態(tài)性,多態(tài)信息含量(PIC)在0.14～0.60之間;群體結(jié)構(gòu)和聚類(lèi)分析表明, 123份苦蕎種質(zhì)被劃分為2個(gè)亞群。上述結(jié)果擬為有效利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、充分挖掘有效SSR標(biāo)記,以及苦蕎分子標(biāo)記輔助育種提供理論和實(shí)踐參考。

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【部分圖文】：

圖2KEGG注釋結(jié)果

使用Structure2.3.4軟件中混合模型聚類(lèi)算法分析供試苦蕎種質(zhì)的群體結(jié)構(gòu),如圖5-A所示,平均lnP(D)值在K值從1～10的過(guò)程中一直增大,因此可根據(jù)貝葉斯算法進(jìn)一步確定亞群數(shù)目。如圖5-B所示,ΔK值在K=2時(shí)有個(gè)明顯的峰值,因此推斷供試苦蕎種質(zhì)可以劃分為2個(gè)亞群....

圖3SSR基序的識(shí)別與特征

圖2KEGG注釋結(jié)果利用PowerMarker3.25軟件對(duì)123份苦蕎種質(zhì)進(jìn)行遺傳距離分析(圖6),依據(jù)遺傳距離將群體劃分為I和II兩個(gè)亞群,與Structure2.3.4軟件的劃分結(jié)果一致。其中I亞群包含67份苦蕎種質(zhì),分別來(lái)自中國(guó)湖北(7份)、湖南(2)、安徽(3)、....

圖1GO注釋結(jié)果

利用Primer6.0對(duì)1107個(gè)SSR位點(diǎn)進(jìn)行引物設(shè)計(jì),共有954個(gè)SSR位點(diǎn)成功設(shè)計(jì)了引物,經(jīng)篩選合成132對(duì)引物;以3份苦蕎種質(zhì)(‘ZNQ195’、‘PI427240’和‘黑豐1號(hào)’)的基因組DNA為模板對(duì)其進(jìn)行PCR擴(kuò)增、篩選,結(jié)果顯示,有109對(duì)引物能擴(kuò)增出清晰的目....

圖4HFP128的PCR擴(kuò)增序列變異長(zhǎng)度及其SSR重復(fù)基序的遺傳分析

本研究通過(guò)苦蕎籽粒三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共獲得80272條全長(zhǎng)無(wú)污染序列,平均長(zhǎng)度為1419bp,進(jìn)一步篩選獲得15592條高質(zhì)量去冗余序列,N50為1569bp;利用MISA1.0從15592條序列中獲得1107個(gè)二至六核苷酸重復(fù)的SSR位點(diǎn),分布頻率為7.1%。相....

本文編號(hào)：4001756