基于苦蕎全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序開(kāi)發(fā)SSR標(biāo)記及遺傳多樣性分析
【文章頁(yè)數(shù)】:13 頁(yè)
【部分圖文】:
圖2KEGG注釋結(jié)果
使用Structure2.3.4軟件中混合模型聚類(lèi)算法分析供試苦蕎種質(zhì)的群體結(jié)構(gòu),如圖5-A所示,平均lnP(D)值在K值從1~10的過(guò)程中一直增大,因此可根據(jù)貝葉斯算法進(jìn)一步確定亞群數(shù)目。如圖5-B所示,ΔK值在K=2時(shí)有個(gè)明顯的峰值,因此推斷供試苦蕎種質(zhì)可以劃分為2個(gè)亞群....
圖3SSR基序的識(shí)別與特征
圖2KEGG注釋結(jié)果利用PowerMarker3.25軟件對(duì)123份苦蕎種質(zhì)進(jìn)行遺傳距離分析(圖6),依據(jù)遺傳距離將群體劃分為I和II兩個(gè)亞群,與Structure2.3.4軟件的劃分結(jié)果一致。其中I亞群包含67份苦蕎種質(zhì),分別來(lái)自中國(guó)湖北(7份)、湖南(2)、安徽(3)、....
圖1GO注釋結(jié)果
利用Primer6.0對(duì)1107個(gè)SSR位點(diǎn)進(jìn)行引物設(shè)計(jì),共有954個(gè)SSR位點(diǎn)成功設(shè)計(jì)了引物,經(jīng)篩選合成132對(duì)引物;以3份苦蕎種質(zhì)(‘ZNQ195’、‘PI427240’和‘黑豐1號(hào)’)的基因組DNA為模板對(duì)其進(jìn)行PCR擴(kuò)增、篩選,結(jié)果顯示,有109對(duì)引物能擴(kuò)增出清晰的目....
圖4HFP128的PCR擴(kuò)增序列變異長(zhǎng)度及其SSR重復(fù)基序的遺傳分析
本研究通過(guò)苦蕎籽粒三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共獲得80272條全長(zhǎng)無(wú)污染序列,平均長(zhǎng)度為1419bp,進(jìn)一步篩選獲得15592條高質(zhì)量去冗余序列,N50為1569bp;利用MISA1.0從15592條序列中獲得1107個(gè)二至六核苷酸重復(fù)的SSR位點(diǎn),分布頻率為7.1%。相....
本文編號(hào):4001756
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/nzwlw/4001756.html