發(fā)布時間：2024-04-25 19:44

　　轉(zhuǎn)座子是一段可以在基因組上自我復(fù)制或者“跳躍”的DNA片段�；钴S轉(zhuǎn)座子的轉(zhuǎn)座會在個體間產(chǎn)生豐富的轉(zhuǎn)座子變異,給宿主的生命活動造成影響。利用不同個體異常比對的讀段序列信息可鑒定轉(zhuǎn)座子變異。目前,對水稻轉(zhuǎn)座子的研究往往只是針對小規(guī)模的水稻群體或者特定功能的轉(zhuǎn)座子,大規(guī)模群體水平的水稻轉(zhuǎn)座子研究還十分稀缺。隨著新一代測序技術(shù)的發(fā)展,越來越多的水稻高通量數(shù)據(jù)產(chǎn)生,這為研究水稻群體的轉(zhuǎn)座子變異提供了很好機(jī)會。本研究利用“3000份水稻基因組計劃”公布的3243份高覆蓋度水稻基因組測序數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫RiTE-db中的水稻轉(zhuǎn)座子數(shù)據(jù),對水稻群體中的轉(zhuǎn)座子變異進(jìn)行了注釋研究,主要結(jié)果如下:1、以日本晴IRGSP 1.0為參考基因組,對3243份水稻的重測序數(shù)據(jù)進(jìn)行了轉(zhuǎn)座子變異鑒定,鑒定結(jié)果精確到1 kb。最終檢測到62555個轉(zhuǎn)座子變異,DTM和RLG是變異最多的兩類轉(zhuǎn)座子,并且發(fā)現(xiàn)自發(fā)轉(zhuǎn)座子有1593個,非自發(fā)轉(zhuǎn)座子有35163個,非自發(fā)轉(zhuǎn)座子要比自發(fā)轉(zhuǎn)座子更活躍。利用珍汕97和明恢63基因組對鑒定的結(jié)果進(jìn)行了評估,敏感性最高可達(dá)到達(dá)到了98%以上。2、對轉(zhuǎn)座子變異進(jìn)行了初步分析。發(fā)現(xiàn)DNA轉(zhuǎn)座子和反...

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1統(tǒng)一的轉(zhuǎn)座子分類系統(tǒng)（注，該圖由本人繪制）

基于大規(guī)模群體測序的水稻轉(zhuǎn)座子變異研究，通常小于500bp（Bureauetal.,1994;Okietal.,2008;Luetal.,2011），Mi命名是從轉(zhuǎn)座酶的角度提出來的。Wicker等人在Finnegan提出的轉(zhuǎn)座子分準(zhǔn)的基礎(chǔ)上，進(jìn)行....

圖2非參考基因組轉(zhuǎn)座子變異的鑒定流程

圖2非參考基因組轉(zhuǎn)座子變異的鑒定流程Fig.2Theworkflowforindentifingnon-referencetransposableelementvariations類似于對POS-B按照位置聚類找轉(zhuǎn)座子插入的位置，對POS-A按照位置類....

圖3在珍汕97和明恢中找日本晴同源區(qū)間的流程

圖3在珍汕97和明恢中找日本晴同源區(qū)間的Fig.3TheworkflowofidentifyhomologousregionofNippon2.2.2.2準(zhǔn)確性和敏感性的計算在珍汕97和明恢63分別對鑒定出來的轉(zhuǎn)座子變異位汕97（或者明恢63....

圖4轉(zhuǎn)座子測序驗證策略圖

基于大規(guī)模群體測序的水稻轉(zhuǎn)座子變異研究插入，那么該區(qū)間轉(zhuǎn)座子插入位點的染色質(zhì)開放強(qiáng)度為零。由公式(2)可以看出，S=1時，表明100kb區(qū)間內(nèi)，轉(zhuǎn)座子插入位點的ATAC-seq峰的分布概率與ATAC-seq的峰在整個區(qū)間隨機(jī)分布的概率相當(dāng)；S>1時，轉(zhuǎn)座子插入位點....

本文編號：3964168