為了評價亞種內雜交進行基因圖位克隆的亞種內分子標記多態(tài)性水平,從水稻3K測序數(shù)據(jù)中選取了16份秈稻和16份粳稻種質資源,在全基因組水平對亞種內和亞種間的多態(tài)性進行了比較。結果表明,全基因組水平的亞種內多態(tài)性只有亞種間多態(tài)性的1/2～1/3,但是,由于整個基因組上多態(tài)性標記數(shù)量極大,亞種內的多態(tài)性標記仍較為豐富。在所選取的種質資源中,秈稻亞種內不同的種質資源間平均含有108 850個InDels和650 797個SNP,每Mb區(qū)間內SNP/InDel的密度達到280～2 614個。粳稻亞種內不同種質資源間平均含有57 384個InDels和639 927個SNP,每Mb區(qū)間內SNP/InDel的密度達到520～3 201個。這樣的標記密度對于基因克隆來說足夠豐富,增加了亞種內雜交構建分離群體克隆基因的可能性。

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圖132份水稻種質資源的親緣關系樹

遺傳距離反映種質資源間親緣關系與InDel和SNP多態(tài)性相一致,均表現(xiàn)為亞種間遺傳距離較遠,秈稻亞種內遺傳距離次之,粳稻亞種內遺傳距離較近(表2)。在粳稻的4個小類群內,類群內遺傳距離最大的是Japonica類型的種質,中間類型的種質資源類群內遺傳距離最小,而類群間遺傳距離均大于....

圖2亞種間和亞種內兩兩種質資源的InDel和SNP數(shù)量箱型圖

秈稻亞種內的G珍汕97B與其他秈稻種質資源的SNP/InDel位點在染色體上的分布均無明顯的空白間隔區(qū)。亞種內兩兩種質資源之間多態(tài)性位點密度最低的是G珍汕97B和竹珍B組合(B156～B248)(圖4-C),G珍汕97B與現(xiàn)代秈稻品種明恢63之間的多態(tài)性位點密度同樣處于較密的水平....

圖3亞種間和亞種內種質資源兩兩之間的SNP和InDel數(shù)量統(tǒng)計表

圖2亞種間和亞種內兩兩種質資源的InDel和SNP數(shù)量箱型圖表2秈稻和粳稻類群內和類群間的遺傳距離Table2Geneticdistancewithinandbetweengroupsofindicaandjaponicaaccessions類型Ty....

圖4不同種質資源之間多態(tài)性SNP/InDel位點的密度分布(10kb區(qū)間位點數(shù))

表2秈稻和粳稻類群內和類群間的遺傳距離Table2Geneticdistancewithinandbetweengroupsofindicaandjaponicaaccessions類型Type秈型Indica中間類型Intermediate粳型....

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