為了評(píng)價(jià)亞種內(nèi)雜交進(jìn)行基因圖位克隆的亞種內(nèi)分子標(biāo)記多態(tài)性水平,從水稻3K測序數(shù)據(jù)中選取了16份秈稻和16份粳稻種質(zhì)資源,在全基因組水平對(duì)亞種內(nèi)和亞種間的多態(tài)性進(jìn)行了比較。結(jié)果表明,全基因組水平的亞種內(nèi)多態(tài)性只有亞種間多態(tài)性的1/2～1/3,但是,由于整個(gè)基因組上多態(tài)性標(biāo)記數(shù)量極大,亞種內(nèi)的多態(tài)性標(biāo)記仍較為豐富。在所選取的種質(zhì)資源中,秈稻亞種內(nèi)不同的種質(zhì)資源間平均含有108 850個(gè)InDels和650 797個(gè)SNP,每Mb區(qū)間內(nèi)SNP/InDel的密度達(dá)到280～2 614個(gè)。粳稻亞種內(nèi)不同種質(zhì)資源間平均含有57 384個(gè)InDels和639 927個(gè)SNP,每Mb區(qū)間內(nèi)SNP/InDel的密度達(dá)到520～3 201個(gè)。這樣的標(biāo)記密度對(duì)于基因克隆來說足夠豐富,增加了亞種內(nèi)雜交構(gòu)建分離群體克隆基因的可能性。

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圖132份水稻種質(zhì)資源的親緣關(guān)系樹

遺傳距離反映種質(zhì)資源間親緣關(guān)系與InDel和SNP多態(tài)性相一致,均表現(xiàn)為亞種間遺傳距離較遠(yuǎn),秈稻亞種內(nèi)遺傳距離次之,粳稻亞種內(nèi)遺傳距離較近(表2)。在粳稻的4個(gè)小類群內(nèi),類群內(nèi)遺傳距離最大的是Japonica類型的種質(zhì),中間類型的種質(zhì)資源類群內(nèi)遺傳距離最小,而類群間遺傳距離均大于....

圖2亞種間和亞種內(nèi)兩兩種質(zhì)資源的InDel和SNP數(shù)量箱型圖

秈稻亞種內(nèi)的G珍汕97B與其他秈稻種質(zhì)資源的SNP/InDel位點(diǎn)在染色體上的分布均無明顯的空白間隔區(qū)。亞種內(nèi)兩兩種質(zhì)資源之間多態(tài)性位點(diǎn)密度最低的是G珍汕97B和竹珍B組合(B156～B248)(圖4-C),G珍汕97B與現(xiàn)代秈稻品種明恢63之間的多態(tài)性位點(diǎn)密度同樣處于較密的水平....

圖3亞種間和亞種內(nèi)種質(zhì)資源兩兩之間的SNP和InDel數(shù)量統(tǒng)計(jì)表

圖2亞種間和亞種內(nèi)兩兩種質(zhì)資源的InDel和SNP數(shù)量箱型圖表2秈稻和粳稻類群內(nèi)和類群間的遺傳距離Table2Geneticdistancewithinandbetweengroupsofindicaandjaponicaaccessions類型Ty....

圖4不同種質(zhì)資源之間多態(tài)性SNP/InDel位點(diǎn)的密度分布(10kb區(qū)間位點(diǎn)數(shù))

表2秈稻和粳稻類群內(nèi)和類群間的遺傳距離Table2Geneticdistancewithinandbetweengroupsofindicaandjaponicaaccessions類型Type秈型Indica中間類型Intermediate粳型....

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