發(fā)布時間：2024-02-21 11:09

　　SBP家族是植物特有的一類轉(zhuǎn)錄因子,含有一個約80個氨基酸殘基的保守結(jié)構(gòu)域,廣泛參與植物生長、發(fā)育及多種生理生化過程。為探討大麥SBP轉(zhuǎn)錄因子的基因結(jié)構(gòu)及表達模式,采用生物信息學(xué)方法對大麥SBP家族的基因結(jié)構(gòu)、染色體分布、蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域、系統(tǒng)進化樹及表達譜進行分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn),用生物信息學(xué)方法鑒定共獲得22個大麥SBP基因,命名為 HvSBP1～ HvSBP22,分布在6條染色體上,而且大多基因成簇分布;各基因的結(jié)構(gòu)差異明顯,外顯子數(shù)量為1～11個。蛋白結(jié)構(gòu)分析顯示,大多數(shù)HvSBP具有2個典型的鋅指結(jié)構(gòu)域以及核定位信號。系統(tǒng)進化分析表明,22個HvSBP分屬于4個進化亞組,且與水稻SBP基因的親緣關(guān)系較近。表達分析表明,22個HvSBP在萌動胚、幼苗、5 dpa穎果、15 dpa穎果、0.5 cm幼穗花序、1 cm幼穗花序和節(jié)間等7個組織中的表達差異明顯,呈現(xiàn)出不同的表達模式。研究發(fā)現(xiàn),HvSBP基因主要集中在幼穗花序和穎果等組織中表達,在1.0 cm幼穗花序中表達量最高,表明HvSBP基因與大麥開花發(fā)育密切相關(guān)。

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【部分圖文】：

圖3大麥SBP蛋白的多序列比對分析

圖2大麥SBP基因結(jié)構(gòu)保守的蛋白序列往往能形成保守的蛋白結(jié)構(gòu),保守的結(jié)構(gòu)往往又是其行使特定功能的重要保證。從大麥SBP蛋白的三維結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)果(圖5)可以看出,這些蛋白中具有典型的鋅指結(jié)構(gòu)與和核定位信號結(jié)構(gòu)。雖然這些蛋白的三維結(jié)構(gòu)存在一定的差異,但由于其存在共同的保守基序,使得....

圖4大麥SBP蛋白的比對分析

保守的蛋白序列往往能形成保守的蛋白結(jié)構(gòu),保守的結(jié)構(gòu)往往又是其行使特定功能的重要保證。從大麥SBP蛋白的三維結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)果(圖5)可以看出,這些蛋白中具有典型的鋅指結(jié)構(gòu)與和核定位信號結(jié)構(gòu)。雖然這些蛋白的三維結(jié)構(gòu)存在一定的差異,但由于其存在共同的保守基序,使得它們的三維結(jié)構(gòu)具有SBP....

圖1大麥SBP基因的染色體定位

表1大麥中鑒定出的SBP家族基因Table1SBPfamilygenesidentifiedinbarley基因名Genename所在染色體Chromosome編碼序列長度CDSlength/bp蛋白編號ProteinID蛋白長度Proteinl....

圖2大麥SBP基因結(jié)構(gòu)

用MEME對大麥22個SBP家族的氨基酸序列進行保守基序(motif)掃描,得到HvSBP轉(zhuǎn)錄因子蛋白質(zhì)保守序列的結(jié)構(gòu)特征圖,即motif分布圖(圖4)。結(jié)果顯示,在HvSBP轉(zhuǎn)錄因子蛋白中總共找到了4個保守的motif基序,其中motif2處在第一個鋅指Zn1的位置,motif....

本文編號：3905341