發(fā)布時(shí)間：2023-05-10 02:09

　　在基因測(cè)序技術(shù)支持下,各物種的基因組信息也越來越多,所以有必要整合分類測(cè)序數(shù)據(jù),因此產(chǎn)生了繁多的基本數(shù)據(jù)庫及二級(jí)數(shù)據(jù)庫。初級(jí)數(shù)據(jù)庫只是簡(jiǎn)單地將測(cè)序所得數(shù)據(jù)歸類、整合,數(shù)據(jù)質(zhì)量參差不齊。但二級(jí)數(shù)據(jù)庫是由研究者根據(jù)自身工作需要,提取基本數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)進(jìn)行多種分析,并得到與研究目的相關(guān)的數(shù)據(jù)整合而成。所以二級(jí)數(shù)據(jù)庫中序列質(zhì)量更高、針對(duì)性也更強(qiáng),在相關(guān)領(lǐng)域的生物信息學(xué)分析及實(shí)驗(yàn)研究中具有更為重大的意義。丹參作為傳統(tǒng)中藥在治療心血管疾病中有較好的效果,雖然目前有很多臨床實(shí)驗(yàn)表明其療效,但是丹參中有效成分如丹參酮、丹酚酸等合成機(jī)制,以及丹參在基因水平的對(duì)疾病的調(diào)控機(jī)制尚未清楚。因此本文結(jié)合測(cè)序技術(shù)和計(jì)算機(jī)技術(shù)來構(gòu)建一個(gè)丹參的轉(zhuǎn)錄資源數(shù)據(jù)庫,為在丹參基因組水平的研究提供便利。本文的主要研究?jī)?nèi)容如下:1、簡(jiǎn)述研究背景,以及植物中編碼RNA、非編碼RNA、小RNA等轉(zhuǎn)錄資源的概念和生物學(xué)功能。2、詳細(xì)介紹丹參中轉(zhuǎn)錄資源:coding RNA、lmcRNA、以及phasiRNA的分析過程。在獲取測(cè)序所得的RNA-seq、sRNA-seq數(shù)據(jù)后,按質(zhì)量過濾分析、序列拼接、表達(dá)量計(jì)算、GO功能注釋分類等過程來...

【文章頁數(shù)】：45 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1、緒論
    1.1 研究背景及意義
    1.2 植物轉(zhuǎn)錄資源相關(guān)知識(shí)背景
        1.2.1 mRNA(信使核糖核酸)的概念
        1.2.2 miRNA(micro RNA)的形成和生物學(xué)功能
        1.2.3 lncRNA(長(zhǎng)鏈非編碼RNA)的形成和生物學(xué)功能
        1.2.4 phasiRNA的形成和生物學(xué)功能
    1.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序原理及應(yīng)用
        1.3.1 RNA-seq(RNA sequencing)測(cè)序、分析及應(yīng)用
        1.3.2 sRNA-seq(small RNA sequencing)測(cè)序、分析及應(yīng)用
    1.4 研究?jī)?nèi)容及結(jié)構(gòu)安排
        1.4.1 研究目的及意義
        1.4.2 研究?jī)?nèi)容及結(jié)構(gòu)安排
2 、丹參轉(zhuǎn)錄資源分析
    2.1 丹參poly(A)RNA-seq數(shù)據(jù)分析
        2.1.1 丹參poly(A)RNA-seq數(shù)據(jù)采集
        2.1.2 poly(A)RNA數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.1.3 poly(A)RNA數(shù)據(jù)分析流程
            2.1.3.1 序列拼接
            2.1.3.2 poly(A)RNA分類和功能注釋
            2.1.3.3 轉(zhuǎn)錄組表達(dá)量分析
    2.2 丹參小RNA (sRNA-Seq)數(shù)據(jù)分析
        2.2.1 丹參sRNA-Seq數(shù)據(jù)采集
        2.2.2 sRNA的分析流程
            2.2.2.1 miRNA鑒別分析流程
            2.2.2.2 小干擾RNA(siRNA)鑒別及注釋分類
    2.3 丹參酮和丹酚酸的Pathway
    2.4 結(jié)果與討論
        2.4.1 丹參轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果
            2.4.1.1 丹參轉(zhuǎn)錄組的拼接結(jié)果
            2.4.1.2 組裝序列長(zhǎng)度分析
            2.4.1.3 丹參酮及丹酚酸合成途徑中的關(guān)鍵基因的表達(dá)序列
            2.4.1.4 對(duì)編碼RNA的GO注釋
        2.4.2 丹參小RNA分析結(jié)果
            2.4.2.1 miRNA分類及表達(dá)量計(jì)算
            2.4.2.2 siRNA分類
        2.4.3 討論
            2.4.3.1 poly(A)RNA數(shù)據(jù)及分析方法選擇
            2.4.3.2 小RNA結(jié)果討論
3、丹參數(shù)據(jù)庫構(gòu)建
    3.1 搭建LAMP框架
        3.1.1 安裝Apache服務(wù)
        3.1.2 安裝MariaDB服務(wù)數(shù)據(jù)庫
        3.1.3 安裝PHP服務(wù)
    3.2 丹參轉(zhuǎn)錄資源數(shù)據(jù)導(dǎo)入MariaDB庫
    3.3 RNA的總覽browse頁面的構(gòu)建
        3.3.1 coding RNA瀏覽界面的構(gòu)建
        3.3.2 lncRNA瀏覽界面的構(gòu)建
        3.3.3 miRNA瀏覽界面的構(gòu)建
        3.3.4 phasiRNA瀏覽界面的構(gòu)建
        3.3.5 Pathway瀏覽界面構(gòu)建
    3.4 構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組資源搜索頁面及實(shí)現(xiàn)blast功能
        3.4.1 coding RNA搜索頁面的構(gòu)建及blast功能的實(shí)現(xiàn)
        3.4.2 lncRNA搜索頁面的構(gòu)建及blast功能的實(shí)現(xiàn)
        3.4.3 miRNA搜索頁面的構(gòu)建及blast功能的實(shí)現(xiàn)
        3.4.4 phasiRNA搜索頁面的構(gòu)建及blast功能的實(shí)現(xiàn)
    3.5 Download頁面的構(gòu)建
    3.6 Document頁面的構(gòu)建
    3.7 結(jié)果與討論
4、總結(jié)和展望
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間研究成果
致謝



本文編號(hào)：3812821