糜子是中國傳統(tǒng)“五谷”之一,抗旱耐貧瘠,是干旱半干旱地區(qū)的重要作物。目前已有兩個(gè)糜子品種的參考基因組發(fā)表。這兩個(gè)基因組主要是以全基因組鳥槍法測(cè)序策略結(jié)合Illumina測(cè)序技術(shù)、PacBio測(cè)序技術(shù)、HiC技術(shù)和圖譜技術(shù)完成的,其組裝質(zhì)量較好。BAC文庫作為一種基因組資源,在基因組完善、功能基因研究、基因組比較等方面起著重要作用。本研究的主要目的是將糜子BAC文庫與參考基因組進(jìn)行整合,以便最大程度地利用BAC文庫資源。本研究以糜子BAC文庫中的9216個(gè)克隆為材料,利用CAPSS(克隆矩陣混合池鳥槍測(cè)序)策略和Illumina測(cè)序技術(shù),經(jīng)過兩種途徑解析BAC末端序列,最終將8262個(gè)BAC克隆定位到糜子參考基因組上,成功率為89.65%。其中通過雙末端定位的克隆有5391個(gè),通過單末端定位的克隆有2871個(gè)。隨機(jī)挑揀55個(gè)BAC克隆通過Sanger法驗(yàn)證定位的準(zhǔn)確性,其中54個(gè)BAC定位結(jié)果與其一致。通過BAC雙末端定位結(jié)果,估計(jì)文庫的平均插入片段大小為123.48 kb。通過將BAC末端序列與細(xì)胞器基因組進(jìn)行比對(duì),發(fā)現(xiàn)了 14個(gè)來自葉綠體基因組的BAC克隆,但沒有發(fā)現(xiàn)屬于線粒體基因組...

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
1 前言
    1.1 基因組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
        1.1.1 Roche 454測(cè)序平臺(tái)
        1.1.2 ABI SOLiD測(cè)序平臺(tái)
        1.1.3 Solexa測(cè)序平臺(tái)
        1.1.4 PacBio測(cè)序平臺(tái)
        1.1.5 Oxford Nanopore測(cè)序平臺(tái)
    1.2 全基因組測(cè)序策略的發(fā)展
    1.3 全基因組輔助拼裝技術(shù)
    1.4 基因組文庫
        1.4.1 基因組文庫的類型
        1.4.2 基因組文庫的應(yīng)用
    1.5 糜子的簡(jiǎn)介
    1.6 研究目的和意義
    1.7 研究策略
2 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
    2.2 實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
    2.3 數(shù)據(jù)分析工具
    2.4 BAC混合池NGS文庫構(gòu)建
        2.4.1 BAC二級(jí)混合池構(gòu)建
        2.4.2 BAC混合池DNA制備
        2.4.3 Illumina測(cè)序文庫構(gòu)建
        2.4.4 實(shí)時(shí)熒光定量PCR測(cè)定相對(duì)濃度
    2.5 BAC末端序列解析方法
    2.6 BAC末端序列重復(fù)序列注釋
    2.7 BAC克隆在隴糜4號(hào)基因組中的定位
    2.8 基于JBrowse展示BAC信息
    2.9 Sanger法驗(yàn)證BAC末端序列
    2.10 鑒定葉綠體和線粒體BAC克隆
3 結(jié)果和分析
    3.1 二級(jí)混合池測(cè)序文庫構(gòu)建
    3.2 測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)處理
    3.3 糜子BAC短末端序列解析
    3.4 二級(jí)混合池NGS數(shù)據(jù)組裝與長(zhǎng)末端序列解析
    3.5 糜子BAC末端序列中重復(fù)序列注釋
    3.6 糜子BAC末端序列與隴糜4號(hào)基因組比對(duì)及定位
    3.7 Sanger測(cè)序驗(yàn)證BAC定位
    3.8 細(xì)胞器BAC克隆鑒定
4 討論
    4.1 大腸桿菌基因組污染
    4.2 質(zhì)量控制和污染去除是數(shù)據(jù)分析前的重要步驟
    4.3 末端序列解析過程中軟件的選擇
    4.4 BAC末端序列定位中的問題
    4.5 關(guān)于細(xì)胞器基因組
參考文獻(xiàn)
附錄1 試劑配方
附錄2 BAC質(zhì)粒制備(用于BAC末端測(cè)序)
附錄3 二級(jí)混合池統(tǒng)計(jì)
附錄4 用于NGS建庫的引物序列
致謝



本文編號(hào)：3805827