懷山藥(Dioscorea oppostia Thunb.)是著名的四大懷藥之一,鐵棍山藥乃是懷山藥中的優(yōu)質(zhì)品種,具有獨特的營養(yǎng)價值,但是目前市場上山藥品種繁多。從分子水平對山藥種質(zhì)資源進行多樣性研究,有助于山藥種質(zhì)資源的分類和山藥品種的鑒定�；蚪M中存在大量的簡單重復(fù)序列(Simple Sequence Repeat,SSR),該分子標(biāo)記具有數(shù)目多、多態(tài)性高、共顯性遺傳等特點。本研究基于懷山藥轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)采用20種山藥材料對SSR分子標(biāo)記進行開發(fā),并應(yīng)用開發(fā)出的5個分子標(biāo)記運用相關(guān)的生物信息學(xué)軟件對22種山藥進行遺傳多樣性分析。研究結(jié)果如下:1.懷山藥轉(zhuǎn)錄組中SSR的分布懷山藥轉(zhuǎn)錄組中SSR的種類豐富,被檢測的71739個Unigene中有17405個含SSR位點(發(fā)生頻率為24.26%),總SSR位點為22425個(出現(xiàn)頻率為31.26%),其中單堿基占54.01%、二堿基占23.04%、三堿基占20.90%四堿基以上所占比例較少。以10次重復(fù)的序列數(shù)最多,占26.82%。2.基于懷山藥轉(zhuǎn)錄組的SSR分子標(biāo)記的開發(fā)從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中隨機篩選出100對SSR引物,對20個山藥品種進行多...

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略語表(Abbreviation)
1 前言
    1.1 山藥簡介及研究概況
    1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)
    1.3 DNA分子標(biāo)記
    1.4 SSR分子標(biāo)記的開發(fā)與應(yīng)用
        1.4.1 SSR分子標(biāo)記的開發(fā)
        1.4.2 SSR分子標(biāo)記的應(yīng)用
    1.5 DNA分子標(biāo)記在山藥應(yīng)用中的研究進展
    1.6 本研究的內(nèi)容、目的和意義
2 材料與方法
    2.1 試驗材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 引物合成
        2.1.3 主要試劑及藥品
        2.1.4 主要儀器設(shè)備
        2.1.5 主要試劑配制
    2.2 試驗方法
        2.2.1 懷山藥葉片基因組DNA的提取及檢測
        2.2.2 懷山藥轉(zhuǎn)錄組SSR序列
        2.2.3 懷山藥的SSR序列擴增
        2.2.4 非變形聚丙烯酰胺凝膠電泳
        2.2.5 SSR引物的應(yīng)用
    2.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析
        2.3.1 數(shù)據(jù)的采集
        2.3.2 數(shù)據(jù)軟件的分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 懷山藥轉(zhuǎn)錄組測序的SSR序列的生物信息學(xué)分析
        3.1.1 懷山藥轉(zhuǎn)錄組序列中SSR重復(fù)單元的分布
        3.1.2 懷山藥轉(zhuǎn)錄組序列中SSR基元類型重復(fù)次數(shù)分布
    3.2 懷山藥轉(zhuǎn)錄組SSR分子標(biāo)記的篩選、應(yīng)用及分析
        3.2.1 懷山藥轉(zhuǎn)錄組SSR引物的篩選
        3.2.2 懷山藥SSR分子標(biāo)記的應(yīng)用
        3.2.3 不同山藥品種的聚類分析
        3.2.4 不同山藥品種的遺傳多樣性分析
4 討論
    4.1 基于轉(zhuǎn)錄組測序的SSR分子標(biāo)記的開發(fā)
    4.2 懷山藥SSR分布特點
    4.3 不同DNA分子標(biāo)記對山藥品種聚類分析比較
    4.4 基于SSR分子標(biāo)記的山藥遺傳多樣性分析
5 結(jié)論
參考文獻
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文及參加的項目



本文編號：3756248