發(fā)布時間：2023-02-18 11:52

　　轉(zhuǎn)座元件也稱為轉(zhuǎn)座子,是一類具有跳躍能力的DNA序列。這類序列廣泛分布在動植物基因組中,是基因組的主要組成部分,通過多種方式轉(zhuǎn)座至基因組的其他位置從而影響下游基因表達或產(chǎn)生新的基因組片段,是產(chǎn)生變異的重要途徑之一。研究轉(zhuǎn)座子的特點和功能有助于認識基因組成分,并了解其在物種進化中發(fā)揮的作用。小麥中國春是異源六倍體物種,基因組龐大且主要由轉(zhuǎn)座子構(gòu)成,全基因組序列的獲得加速了對轉(zhuǎn)座子的認識,從而進一步了解小麥基因組的特征和功能以及進化過程中的多樣性和保守性。中國春種植廣泛,適應(yīng)性強,是當(dāng)前主要的糧食作物,對基因組成分的深入研究對進一步提高產(chǎn)量和改良品質(zhì)具有重要意義。本研究比較了已有的計算分析方法,對小麥中國春基因組中的轉(zhuǎn)座子進行了注釋和綜合分析。利用序列同源性的原理,將轉(zhuǎn)座子文庫中的序列和參考基因組比對,整合位置信息對中國春基因組進行轉(zhuǎn)座子注釋。結(jié)果發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)座子在基因組中所占比例約為80%,主要由Gypsy,Copia,CACTA三類轉(zhuǎn)座子組成。不同的亞基因組之間比較,轉(zhuǎn)座子的類型和含量呈現(xiàn)相似的分布,總體上A亞基因組中的轉(zhuǎn)座子含量較高,D亞基因組中轉(zhuǎn)座子含量較低�；蚪M中大于90%的轉(zhuǎn)座子...

【文章頁數(shù)】：53 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
1.引言
    1.1 .轉(zhuǎn)座子的發(fā)現(xiàn)及分類
    1.2 .轉(zhuǎn)座子的轉(zhuǎn)座機制
    1.3 .高通量測序技術(shù)簡介
    1.4 .轉(zhuǎn)座子注釋方法簡介
    1.5 .轉(zhuǎn)座子的表觀調(diào)控機制
        1.5.1 .染色質(zhì)修飾對轉(zhuǎn)座子的調(diào)控
        1.5.2 .RNA干擾介導(dǎo)轉(zhuǎn)座子沉默
    1.6 .轉(zhuǎn)座子對基因組的影響
        1.6.1 .轉(zhuǎn)座子影響基因組組成
        1.6.2 .轉(zhuǎn)座子調(diào)控基因表達
    1.7 .小麥基因組中的轉(zhuǎn)座子研究進展
2.材料與方法
    2.1 .分析數(shù)據(jù)準備
        2.1.1 .基因組和轉(zhuǎn)座子文庫準備
        2.1.2 .表觀組學(xué)數(shù)據(jù)準備
    2.2 .對基因組進行轉(zhuǎn)座子注釋
        2.2.1 .利用序列同源性注釋基因組轉(zhuǎn)座子
        2.2.2 .利用從頭注釋的方法注釋基因組中LTR-RTs
        2.2.3 .基因組中MITE的注釋
        2.2.4 .基因組中TRIM的注釋
    2.3 .CACTA轉(zhuǎn)座子的分類
    2.4 .LTR-RTs介導(dǎo)的3’transduction注釋
    2.5 .測序數(shù)據(jù)處理
3.結(jié)果與分析
    3.1 .中國春基因組中的轉(zhuǎn)座子類型及分布
        3.1.1 .中國春基因組包含80%的轉(zhuǎn)座子序列
        3.1.2 .主要TE家族的序列特征
        3.1.3 .LTR-RTs傾向于插入在染色體末端
        3.1.4 .DTC轉(zhuǎn)座子的分類
        3.1.5 .MITE和 TRIM的注釋
    3.2 .轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)的3’transduction現(xiàn)象
    3.3 .轉(zhuǎn)座子區(qū)域的表觀遺傳修飾分析
討論
參考文獻
致謝
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本文編號：3744913