棉花是世界上最主要的天然纖維來源,也是重要的油料作物。其中陸地棉產(chǎn)量最高,占世界棉花總產(chǎn)量的90%,海島棉占5-8%。通常認(rèn)為亞洲棉（A基因組）和雷蒙德氏棉（D基因組）是異源四倍體棉種的兩個(gè)供體。雖然在棉花中已經(jīng)進(jìn)行了很多SSR標(biāo)記鑒定和引物開發(fā)的研究,但由于缺少完整的參考基因組序列,SSR在棉花基因組中的分布仍然不明確,這限制了 SSR標(biāo)記在棉花基因組研究和分子標(biāo)記輔助選擇育種中的應(yīng)用。作物中的自然變異主要來源于野生祖先種的自然選擇和人工選擇,能夠適應(yīng)各種不同環(huán)境條件的棉花品種是棉花遺傳改良的寶貴資源。我國作為世界上重要的紡織品生產(chǎn)國和消費(fèi)國,棉花產(chǎn)業(yè)在我國國民經(jīng)濟(jì)中發(fā)揮著無可替代的作用。除了經(jīng)濟(jì)價(jià)值,陸地棉也是研究多倍化、植物細(xì)胞伸長和纖維素合成的模式系統(tǒng)。但是陸地棉的遺傳多樣性和在品種改良過程中發(fā)生的遺傳變異并不清楚。隨著棉花參考基因組序列的完成,利用高通量基因分型技術(shù)可以快速和準(zhǔn)確地對大量棉花品種進(jìn)行重測序,檢測棉花表型變異的遺傳基礎(chǔ),開展棉花復(fù)雜性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析和進(jìn)化研究。理解棉花表型變異的遺傳基礎(chǔ)和棉花的馴化過程,可以幫助我們更加有效地利用這些多樣性的種質(zhì)資源進(jìn)行棉花... 

【文章頁數(shù)】：116 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
主要縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1. 棉花分子標(biāo)記研究進(jìn)展
        1.1 SSR分子標(biāo)記研究進(jìn)展
        1.2 SNP分子標(biāo)記研究進(jìn)展
    2. 全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展
        2.1 棉屬的分類和進(jìn)化
        2.2 作物基因組測序研究進(jìn)展
        2.3 高通量基因分型研究進(jìn)展
        2.4 作物中的連鎖作圖
        2.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展
        2.6 自然變異和作物馴化
    3. 本研究的目的與意義
第二章 棉花SSR分子標(biāo)記發(fā)掘及引物開發(fā)
    1. 材料與方法
        1.1 數(shù)據(jù)來源
        1.2 SSR的鑒定
        1.3 統(tǒng)計(jì)分析
        1.4 引物設(shè)計(jì)
        1.5 電子PCR
        1.6 引物多態(tài)性評估
    2. 結(jié)果與分析
        2.1 SSR開發(fā)
        2.2 SSR在基因組中的分布
        2.3 全基因組SSR引物開發(fā)
        2.4 SSR引物的驗(yàn)證
    3. 討論
        3.1 SSR定義標(biāo)準(zhǔn)對結(jié)果的影響
        3.2 全基因組SSR標(biāo)記的應(yīng)用價(jià)值
        3.3 海陸多態(tài)性引物
第三章 陸地棉SNP變異檢測及重要性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析
    1. 材料與方法
        1.1 材料的選擇和表型調(diào)查
        1.2 文庫構(gòu)建和測序
        1.3 SNP鑒定和基因分型
        1.4 SNP準(zhǔn)確性驗(yàn)證
        1.5 群體結(jié)構(gòu)分析
        1.6 群體遺傳學(xué)分析
        1.7 GWAS分析
        1.8 候選基因的鑒定
        1.9 IBD分析
        1.10 Indel和CNV鑒定
    2. 結(jié)果與分析
        2.1 SNP變異檢測
        2.2 群體結(jié)構(gòu)分析
        2.3 遺傳多樣性分析
        2.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2.5 棉花中的遺傳變異
    3. 討論
        3.1 多性狀關(guān)聯(lián)位點(diǎn)
        3.2 我國陸地棉品種的遺傳多樣性
        3.3 未來棉花種質(zhì)資源的利用
        3.4 優(yōu)異等位變異的傳遞和演化
全文結(jié)論
創(chuàng)新點(diǎn)
附錄
參考文獻(xiàn)
攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表的論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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