利用高通量測序方法檢測水稻鎘脅迫相關(guān)miRNA
發(fā)布時間:2022-12-10 08:48
對于水稻來說鎘(Cadmium,Cd)是影響最大的重金屬污染要素之一,在世界范圍內(nèi)水稻(Oryza sativa)是重要的糧食作物。Cd對于水稻的產(chǎn)量和生長有著嚴(yán)重的影響,并且對人類的身體造成危害。一類新型的調(diào)控基因表達(dá)的小分子RNA,microRNA(miRNA),它對植物多種逆境脅迫響應(yīng)的調(diào)節(jié)以及生長發(fā)育發(fā)揮著重要作用。對于mi RNA在重金屬Cd脅迫應(yīng)答過程中的功能的研究,將有助于增強(qiáng)對基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制和植物重金屬耐性分子機(jī)理的理解,也可為作物的抗逆性提供新思路。本研究將水稻早熟品種中嘉早17在光照培養(yǎng)箱中進(jìn)行Hongland溶液培養(yǎng)至一葉齡期幼苗后,進(jìn)行不同濃度Cd處理(0μΜ和100μΜ),以0μΜCd處理為對照,每個處理三個生物學(xué)重復(fù)。Cd脅迫12天后,各處理收取幼苗地上部分提取總的RNA,利用mi RNA微陣列芯片技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究,對Valid小RNA長度分布,mi RNA長度分布,miRNA 1%差異水平表達(dá)統(tǒng)計和差異基因聚類分析。試驗結(jié)果如下:(1)與對照對比,100μΜCd處理材料干物質(zhì)重、和株高葉綠素含量均顯著下降,而Cd積累量為3.89 mg/kg,顯著高于...
【文章頁數(shù)】:41 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
abstract
1 緒論
1.1 水稻與鎘污染
1.2 Cd對水稻的毒害效應(yīng)以及機(jī)理
1.2.1 Cd對水稻生長發(fā)育的影響
1.2.2 Cd對光合作用和呼吸作用的影響
1.2.3 Cd對抗氧化酶系統(tǒng)的影響
1.3 水稻miRNA
1.3.1 miRNA的功能及作用機(jī)制
1.3.2 miRNA調(diào)控植物的生長發(fā)育及形態(tài)建成
1.3.3 miRNA與植物激素信號傳導(dǎo)的調(diào)控
1.3.4 miRNA參與植物的逆境脅迫響應(yīng)
1.4 miRNA在Cd脅迫應(yīng)答中的作用
1.5 研究目的和意義
2 材料與方法
2.1 實驗材料
2.1.1 水稻材料
2.1.2 主要化學(xué)試劑、試劑盒
2.1.3 儀器和設(shè)備
2.1.4 數(shù)據(jù)庫信息
2.2 實驗方法
2.2.1 水稻幼苗培養(yǎng)
2.2.2 Cd脅迫處理
2.2.3 水稻總RNA提取
2.2.4 總RNA純化
2.2.5 RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA
2.2.6 miRNA提取
2.2.7 技術(shù)方法與流程
3 結(jié)果與分析
3.1 鎘脅迫對水稻幼苗表型和生理特性的影響
3.2 Rfam數(shù)據(jù)庫比對
3.3 Repbase數(shù)據(jù)庫比對
3.4 Valid小RNA長度分布
3.5 miRNA的檢出和發(fā)現(xiàn)
3.6 miRNA長度分布
3.7 差異基因上下調(diào)頻數(shù)統(tǒng)計
3.8 miRNA的檢出率統(tǒng)計
3.9 差異基因表達(dá)水平聚類分析
4 總結(jié)與討論
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡介
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]我國稻田土壤鎘污染現(xiàn)狀及安全生產(chǎn)新措施[J]. 詹杰,魏樹和,牛榮成. 農(nóng)業(yè)環(huán)境科學(xué)學(xué)報. 2012(07)
[2]中國水稻重金屬鎘與鉛污染GAP栽培控制關(guān)鍵點分析[J]. 肖相芬,張經(jīng)廷,周麗麗,周順利. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2009(21)
[3]土壤鎘污染調(diào)查研究[J]. 劉國勝,童潛明,何長順,樊睿. 四川環(huán)境. 2004(05)
[4]鎘脅迫對不同水稻基因型植株生長和抗氧化酶系統(tǒng)的影響[J]. 邵國勝,MUHAMMAD Jaffar Hassan,章秀福,張國平. 中國水稻科學(xué). 2004(03)
[5]鎘對水稻等作物的毒害作用[J]. 田艷芬,史錕. 墾殖與稻作. 2003(05)
[6]鎘對植物光合作用的影響[J]. 秦天才,阮捷,王臘嬌. 環(huán)境科學(xué)與技術(shù). 2000(S1)
[7]鎘對植物的生理生態(tài)效應(yīng)的研究進(jìn)展[J]. 張金彪,黃維南. 生態(tài)學(xué)報. 2000(03)
[8]福建耕地土壤重金屬污染的生態(tài)效應(yīng)[J]. 王玉,王從,張金彪,蘇年華. 福建農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 1996(04)
博士論文
[1]水稻鎘脅迫應(yīng)答相關(guān)microRNA的分離與功能研究[D]. 丁艷菲.浙江大學(xué) 2012
[2]水稻鎘耐性和積累的基因型差異與機(jī)理研究[D]. 邵國勝.浙江大學(xué) 2005
本文編號:3716449
【文章頁數(shù)】:41 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
abstract
1 緒論
1.1 水稻與鎘污染
1.2 Cd對水稻的毒害效應(yīng)以及機(jī)理
1.2.1 Cd對水稻生長發(fā)育的影響
1.2.2 Cd對光合作用和呼吸作用的影響
1.2.3 Cd對抗氧化酶系統(tǒng)的影響
1.3 水稻miRNA
1.3.1 miRNA的功能及作用機(jī)制
1.3.2 miRNA調(diào)控植物的生長發(fā)育及形態(tài)建成
1.3.3 miRNA與植物激素信號傳導(dǎo)的調(diào)控
1.3.4 miRNA參與植物的逆境脅迫響應(yīng)
1.4 miRNA在Cd脅迫應(yīng)答中的作用
1.5 研究目的和意義
2 材料與方法
2.1 實驗材料
2.1.1 水稻材料
2.1.2 主要化學(xué)試劑、試劑盒
2.1.3 儀器和設(shè)備
2.1.4 數(shù)據(jù)庫信息
2.2 實驗方法
2.2.1 水稻幼苗培養(yǎng)
2.2.2 Cd脅迫處理
2.2.3 水稻總RNA提取
2.2.4 總RNA純化
2.2.5 RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA
2.2.6 miRNA提取
2.2.7 技術(shù)方法與流程
3 結(jié)果與分析
3.1 鎘脅迫對水稻幼苗表型和生理特性的影響
3.2 Rfam數(shù)據(jù)庫比對
3.3 Repbase數(shù)據(jù)庫比對
3.4 Valid小RNA長度分布
3.5 miRNA的檢出和發(fā)現(xiàn)
3.6 miRNA長度分布
3.7 差異基因上下調(diào)頻數(shù)統(tǒng)計
3.8 miRNA的檢出率統(tǒng)計
3.9 差異基因表達(dá)水平聚類分析
4 總結(jié)與討論
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡介
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]我國稻田土壤鎘污染現(xiàn)狀及安全生產(chǎn)新措施[J]. 詹杰,魏樹和,牛榮成. 農(nóng)業(yè)環(huán)境科學(xué)學(xué)報. 2012(07)
[2]中國水稻重金屬鎘與鉛污染GAP栽培控制關(guān)鍵點分析[J]. 肖相芬,張經(jīng)廷,周麗麗,周順利. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2009(21)
[3]土壤鎘污染調(diào)查研究[J]. 劉國勝,童潛明,何長順,樊睿. 四川環(huán)境. 2004(05)
[4]鎘脅迫對不同水稻基因型植株生長和抗氧化酶系統(tǒng)的影響[J]. 邵國勝,MUHAMMAD Jaffar Hassan,章秀福,張國平. 中國水稻科學(xué). 2004(03)
[5]鎘對水稻等作物的毒害作用[J]. 田艷芬,史錕. 墾殖與稻作. 2003(05)
[6]鎘對植物光合作用的影響[J]. 秦天才,阮捷,王臘嬌. 環(huán)境科學(xué)與技術(shù). 2000(S1)
[7]鎘對植物的生理生態(tài)效應(yīng)的研究進(jìn)展[J]. 張金彪,黃維南. 生態(tài)學(xué)報. 2000(03)
[8]福建耕地土壤重金屬污染的生態(tài)效應(yīng)[J]. 王玉,王從,張金彪,蘇年華. 福建農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 1996(04)
博士論文
[1]水稻鎘脅迫應(yīng)答相關(guān)microRNA的分離與功能研究[D]. 丁艷菲.浙江大學(xué) 2012
[2]水稻鎘耐性和積累的基因型差異與機(jī)理研究[D]. 邵國勝.浙江大學(xué) 2005
本文編號:3716449
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/nzwlw/3716449.html
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