青籬柴具有很好的觀賞價值和藥用價值,但其基因組信息相對缺乏,導致其分子生物學和基因功能的研究受到限制。為了獲得和挖掘青籬柴的基因數(shù)據(jù)和功能,本研究首次利用新一代高通量測序技術(shù)平臺Illumina Hi SeqTM2000對青籬柴轉(zhuǎn)錄組進行測序,經(jīng)de novo組裝后共得到66755條Unigene。進一步利用七大公共數(shù)據(jù)庫進行Blast同源比對,注釋了50339條Unigene。研究發(fā)現(xiàn),558個基因參與了青籬柴次生物質(zhì)的合成和代謝,其中在甜菜紅堿、芥子油苷、類黃酮、單菌霉素和苯丙素生物合成途徑中的Unigene分別有2個、18個、44個、70個和231個,這些基因很可能參與了青籬柴藥用活性物質(zhì)的生物合成。對測序結(jié)果進行Unigene基因結(jié)構(gòu)分析,共有69388條Unigene獲得了CDS預測。同時,轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果也為青籬柴的喀斯特環(huán)境適應性機制提供了初步線索。為了探討青籬柴轉(zhuǎn)錄組中SSR位點信息,開發(fā)青籬柴分子標記技術(shù),采用生物信息學分析軟件MISA對所有的Unigene進行SSR位點數(shù)據(jù)挖掘。共計搜索出22542個SSR位點,分布在18972條Unigene中,出現(xiàn)頻率為33.7... 

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻綜述
    1.1 青籬柴及其研究進展
    1.2 高通量轉(zhuǎn)錄組測序相關(guān)背景介紹
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組定義
        1.2.2 測序技術(shù)的發(fā)展
        1.2.3 轉(zhuǎn)錄組測序
    1.3 遺傳標記研究進展
        1.3.1 遺傳標記
        1.3.2 SSR標記研究進展
    1.4 研究背景、目的及意義
        1.4.1 研究背景
        1.4.2 研究目的和意義
第二章 青籬柴轉(zhuǎn)錄組生物信息學分析
    2.1 研究材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 實驗試劑
        2.1.3 實驗儀器
    2.2 研究方法
        2.2.1 青籬柴總RNA提取
        2.2.2 總RNA檢測
        2.2.3 測序文庫構(gòu)建
        2.2.4 轉(zhuǎn)錄組測序
        2.2.5 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝
        2.2.6 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 RNA提取及質(zhì)量檢測
        2.3.2 轉(zhuǎn)錄組測序與組裝
        2.3.3 轉(zhuǎn)錄組序列的功能注釋
        2.3.4 KOG分類
        2.3.5 GO分類
        2.3.6 KEGG代謝通路分析
        2.3.7 編碼蛋白框(CDS)預測
        2.3.8 基因轉(zhuǎn)錄因子分析
        2.3.9 基因表達水平分析
        2.3.10 SSR分析
    2.4 討論
第三章 青籬柴SSR分子標記的開發(fā)
    3.1 研究材料
        3.1.1 植物材料
        3.1.2 實驗試劑
        3.1.3 實驗儀器
    3.2 研究方法
        3.2.1 青籬柴DNA提取
        3.2.2 DNA質(zhì)量的檢測
        3.2.3 青籬柴SSR引物合成
        3.2.4 SSR引物篩選與PCR擴增反應
        3.2.5 PCR產(chǎn)物的聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測
        3.2.6 數(shù)據(jù)記錄和統(tǒng)計分析
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 DNA提取結(jié)果
        3.3.2 青籬柴SSR產(chǎn)物有效性檢測
        3.3.3 SSR多態(tài)性分析
    3.4 討論
第四章 全文結(jié)論
參考文獻
致謝
攻讀碩士研究生期間發(fā)表論文


【參考文獻】：
期刊論文
[1]金釵石斛轉(zhuǎn)錄組SSR位點信息分析[J]. 李清,李標,郭順星.  中國中藥雜志. 2017(01)
[2]菠菜轉(zhuǎn)錄組SSR位點分析及其分子標記的開發(fā)[J]. 潛宗偉,陳海麗,崔彥玲.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學報. 2016(11)
[3]基于轉(zhuǎn)錄組測序的茄子SSR標記開發(fā)[J]. 魏明明,陳鈺輝,劉富中,張映,連勇.  植物遺傳資源學報. 2016(06)
[4]菜薹轉(zhuǎn)錄組中SSR信息與可用性分析[J]. 李榮華,王直亮,陳靜芳,夏巖石,郭培國,張華,Kadambot Siddique.  園藝學報. 2016(09)
[5]下一代基因測序技術(shù)新進展[J]. 張小珍,尤崇革.  蘭州大學學報(醫(yī)學版). 2016(03)
[6]魚腥草轉(zhuǎn)錄組SSR位點信息分析及其多態(tài)性研究[J]. 黎曉英,劉勝貴,王丹,黃豪蘭,龍強,蔣玉紅,郭文博,魏麟.  中草藥. 2016(10)
[7]藍靛果忍冬轉(zhuǎn)錄組SSR信息分析及其分子標記開發(fā)[J]. 張慶田,李曉艷,楊義明,范書田,艾軍.  園藝學報. 2016(03)
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碩士論文
[1]棉花染色體細胞學標記的開發(fā)及其著絲粒DNA序列的分析[D]. 單文波.福建農(nóng)林大學 2017
[2]青籬柴（Tirpitzia sinensis）的化學成分研究[D]. 谷榮輝.中央民族大學 2015
[3]柳樹轉(zhuǎn)錄組高通量測序及SSR標記開發(fā)研究[D]. 鄭紀偉.南京林業(yè)大學 2013
[4]菊花栽培品種遺傳多樣性的AFLP分析及SSR分子標記的開發(fā)[D]. 劉路賢.河南大學 2013
[5]不同海拔天山云杉居群的EST-SSR遺傳多樣性研究[D]. 籍新波.河北農(nóng)業(yè)大學 2012
[6]落葉松體細胞胚全長cDNA文庫構(gòu)建及轉(zhuǎn)錄組研究[D]. 栗婷.中國林業(yè)科學研究院 2011
[7]擬南芥種子發(fā)育過程轉(zhuǎn)錄組深度測序數(shù)據(jù)的分析[D]. 張琳.福建農(nóng)林大學 2011
[8]大白菜雄性核不育的細胞學觀察及基因定位和AFLP分子標記[D]. 袁鶴.河北農(nóng)業(yè)大學 2009
[9]黑葉猴的覓食生物學和營養(yǎng)分析[D]. 蔡湘文.廣西師范大學 2004



本文編號：3707541