發(fā)布時(shí)間：2022-08-02 16:21

　　某些植物從營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)階段轉(zhuǎn)入生殖發(fā)育階段的一個(gè)關(guān)鍵就是春化作用,糖甜菜這種典型的二年生的作物必須經(jīng)過(guò)春化處理作用和長(zhǎng)日照光周期誘導(dǎo),才能確保抽薹、開(kāi)花,完成生殖生長(zhǎng)過(guò)程。從營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)到生殖發(fā)育的過(guò)渡是一個(gè)復(fù)雜的過(guò)程,需要對(duì)多種環(huán)境因素和內(nèi)源性信號(hào)進(jìn)行綜合反應(yīng)。目前春化研究主要集中在模式植物擬南芥上,在甜菜的研究相對(duì)較少。長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）是長(zhǎng)度超過(guò)200 nt的非編碼RNA,并且許多研究已經(jīng)證明lncRNA可以通過(guò)順式或反式調(diào)節(jié)與靶基因相互作用,從而調(diào)控基因表達(dá)。然而,植物中的lncRNA尚未得到充分研究,并且關(guān)于春化的lncRNA僅在擬南芥中鑒定出兩種。本研究希望通過(guò)高通量測(cè)序挖掘甜菜春化過(guò)程中差異表達(dá)的lncRNA,了解在春化過(guò)程中l(wèi)ncRNA的作用。研究結(jié)果如下:本研究共鑒定到36445個(gè)mRNA和7421個(gè)lncRNA。其中差異顯著的mRNA有785個(gè);差異顯著的lncRNA有292個(gè)。這7421個(gè)lncRNA中包括5827個(gè)基因間lncRNA（lincRNA）,769個(gè)內(nèi)含子lncRNA,294個(gè)反義lncRNA（lncNAT）和531個(gè)其他lncRNA。通過(guò)比較l... 

【文章頁(yè)數(shù)】：92 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 課題研究背景及研究的目的和意義
    1.2 春化作用研究進(jìn)展
        1.2.1 擬南芥的春化作用研究進(jìn)展
        1.2.2 甜菜的春化作用研究進(jìn)展
        1.2.3 谷物的春化作用研究進(jìn)展
        1.2.4 非編碼RNA在春化過(guò)程中的作用
    1.3 植物lncRNA研究進(jìn)展
        1.3.1 lncRNA在生物脅迫反應(yīng)中的作用
        1.3.2 lncRNAs在非生物脅迫中的作用
        1.3.3 lncRNAs和TFs的相互作用
        1.3.4 lncRNAs和小RNA途徑
    1.4 植物春化作用中l(wèi)ncRNA的研究進(jìn)展
    1.5 本課題主要研究?jī)?nèi)容
        1.5.1 研究?jī)?nèi)容
        1.5.2 技術(shù)路線
第2章 材料與方法
    2.1 材料與儀器
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
        2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
        2.1.4 所需引物
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 植物材料的前期處理
        2.2.2 甜菜春化相關(guān)lncRNA及mRNA鑒定
        2.2.3 甜菜差異表達(dá)mRNA的生物信息學(xué)分析
        2.2.4 甜菜差異表達(dá)lncRNA的靶基因預(yù)測(cè)
        2.2.5 甜菜春化過(guò)程中差異表達(dá)的lncRNA靶基因的生物信息學(xué)分析
        2.2.6 甜菜春化過(guò)程中差異表達(dá)的lncRNA及其靶基因的共表達(dá)分析
        2.2.7 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖的繪制
        2.2.8 作為ce RNA的lncRNA的預(yù)測(cè)
        2.2.9 甜菜lncRNA與擬南芥lncRNA相似性比對(duì)及保守性分析
第3章 甜菜春化相關(guān)lncRNA及mRNA鑒定
    3.1 序列數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估
    3.2 參考基因組比對(duì)
    3.3 基因表達(dá)水平分析
        3.3.1 基因總體表達(dá)水平
        3.3.2 差異表達(dá)mRNA分析
    3.4 lncRNA表達(dá)譜分析
        3.4.1 轉(zhuǎn)錄本拼接組裝和lncRNA篩選
        3.4.2 lncRNA表達(dá)水平分析
        3.4.3 差異表達(dá)lncRNA分析
    3.5 lncRNA和 mRNA結(jié)構(gòu)特征比較
        3.5.1 lncRNA和mRNA長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)與比較
        3.5.2 lncRNA和mRNA的ORF分布
        3.5.3 lncRNA和mRNA外顯子數(shù)目統(tǒng)計(jì)
        3.5.4 lncRNA和mRNA的表達(dá)水平比較
    3.6 通過(guò)qRT-PCR驗(yàn)證測(cè)序數(shù)據(jù)
    3.7 討論
    3.8 本章小結(jié)
第4章 甜菜春化相關(guān)lncRNA的功能分析
    4.1 甜菜差異表達(dá)mRNA生物信息學(xué)分析
        4.1.1 差異表達(dá)mRNA的GO富集性分析
        4.1.2 差異表達(dá)mRNA的KEGG富集性分析
    4.2 甜菜差異表達(dá)lncRNA的靶基因預(yù)測(cè)
    4.3 甜菜中差異表達(dá)的lncRNA靶基因的生物信息學(xué)分析
        4.3.1 靶基因的GO富集性分析
        4.3.2 靶基因的KEGG富集性分析
        4.3.3 春化相關(guān)靶基因所編碼的蛋白質(zhì)Network分析
    4.4 甜菜春化過(guò)程中差異表達(dá)lncRNA及其靶基因共表達(dá)分析
        4.4.1 甜菜春化過(guò)程中l(wèi)ncRNA及其靶基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)
        4.4.2 甜菜春化過(guò)程中l(wèi)ncRNA及其靶基因表達(dá)水平的分析
    4.5 甜菜中作為miRNA內(nèi)源偽靶基因的lncRNA的預(yù)測(cè)
    4.6 甜菜中作為ceRNA的lncRNA
        4.6.1 作為ceRNA的lncRNA的預(yù)測(cè)
        4.6.2 ceRNA網(wǎng)絡(luò)中的mRNA的生物信息學(xué)分析
    4.7 甜菜lncRNA與擬南芥lncRNA比對(duì)
    4.8 討論
    4.9 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文及其他成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]甜菜抽薹及成花過(guò)程中春化相關(guān)基因的表達(dá)和研究[J]. 程大友,徐德昌,夏紅梅.  中國(guó)甜菜糖業(yè). 2002(03)



本文編號(hào)：3668848