油菜的含油量高達(dá)百分之五十,是一種重要的油料經(jīng)濟(jì)作物,廣泛的種植于世界各地.但惡劣的環(huán)境會嚴(yán)重的影響油菜的生長發(fā)育和產(chǎn)量.在各種非生物脅迫條件（如低溫,高溫,干旱,鹽堿性,脫落酸）中,干旱脅迫是油菜生長發(fā)育過程中一個(gè)非常常見的不利因素.因此:研究油菜在干旱條件下的生理響應(yīng)機(jī)制具有重要意義.而利用油菜轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)研究油菜響應(yīng)脅迫關(guān)鍵基因的方法則是一個(gè)很好的工具.本文利用油菜在干旱處理?xiàng)l件下的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),依據(jù)重連懲罰原則,即:響應(yīng)脅迫的基因之間在共表達(dá)關(guān)系上會發(fā)生重連.之后基于共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),利用隱馬爾科夫隨機(jī)場模型對油菜干旱響應(yīng)基因進(jìn)行了分析研究.首先,本文的數(shù)據(jù)是我們課題組和生科院合作的,利用Illumina Hiseq 4000平臺對油菜的18個(gè)樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序得到的,其中包括15個(gè)處理組和3個(gè)未處理組（空白組）,15個(gè)處理組樣品包括5種處理?xiàng)l件（低溫,高溫,干旱,鹽堿性,脫落酸）,每組條件下3次生物學(xué)重復(fù).本文主要利用的是油菜在干旱脅迫條件和未處理（空白組）條件下的6個(gè)油菜樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù).將轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)中未表達(dá)基因以及表達(dá)差異不顯著的基因刪除,最終篩選出了 259... 

【文章頁數(shù)】：52 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 研究意義
    1.3 本文工作與內(nèi)容安排
第二章 預(yù)備知識
    2.1 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建相關(guān)知識
        2.1.1 基因表達(dá)量
        2.1.2 網(wǎng)絡(luò)圖
    2.2 統(tǒng)計(jì)相關(guān)知識
        2.2.1 t檢驗(yàn)
        2.2.2 主成分分析
        2.2.3 聚類分析
    2.3 富集分析相關(guān)知識
        2.3.1 富集分析
        2.3.2 WEGO
        2.3.3 超幾何檢驗(yàn)
第三章 油菜響應(yīng)非生物脅迫的關(guān)鍵基因的識別
    3.1 本文數(shù)據(jù)
    3.2 油菜非生物脅迫響應(yīng)基因的重連共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
    3.3 隱馬爾科夫隨機(jī)場模型
        3.3.1 隱馬爾科夫隨機(jī)場模型
        3.3.2 后驗(yàn)概率
        3.3.3 超參數(shù)的選擇
        3.3.4 網(wǎng)絡(luò)隨機(jī)化
    3.4 油菜干旱脅迫下關(guān)鍵基因的識別
    3.5 隱馬爾科夫隨機(jī)場模型關(guān)鍵基因識別效果評價(jià)
第四章 油菜響應(yīng)非生物脅迫關(guān)鍵基因的分析
    4.1 響應(yīng)關(guān)鍵基因的GO富集分析
    4.2 油菜干旱脅迫響應(yīng)基因的重連共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
        4.2.1 油菜干旱脅迫響應(yīng)關(guān)鍵基因的重連共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)
        4.2.2 重連網(wǎng)絡(luò)與靜態(tài)網(wǎng)絡(luò)的比較
第五章 結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]零模型及其在復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)研究中的應(yīng)用[J]. 陳泉,楊建梅,曾進(jìn)群.  復(fù)雜系統(tǒng)與復(fù)雜性科學(xué). 2013(01)



本文編號：3660028