外源DNA直接誘導(dǎo)水稻種胚細胞產(chǎn)生變異是分子育種的一個新途徑,是創(chuàng)制水稻新材料新種質(zhì)的便捷方法。利用基因組重測序和轉(zhuǎn)錄組測序的方法來研究外源DNA直接誘導(dǎo)水稻種胚細胞產(chǎn)生變異的分子機理,旨在探討外源DNA如何對受體基因組產(chǎn)生作用及受體基因組的變異情況,揭示變異的內(nèi)在規(guī)律,為外源DNA種胚細胞轉(zhuǎn)化技術(shù)提供理論依據(jù),為水稻分子標記輔助育種、新的功能基因發(fā)現(xiàn)等提供理論數(shù)據(jù)。本實驗室利用種胚細胞轉(zhuǎn)化法（種胚細胞誘導(dǎo)技術(shù)）,將玉米基因組DNA直接誘導(dǎo)受體水稻（日本晴）種胚細胞,獲得了在株高、分蘗數(shù)、分蘗性狀、穗型、根系等遺傳性狀上與對照相比有明顯變化的變異株RMIM92。本研究首先采用全基因組重測序技術(shù)對變異株RMIM92進行高通量測序,結(jié)果表明:1、在變異株RMIM92基因組中共檢測到了258條玉米DNA片段,長度在16bp-205bp之間。2、玉米片段插入到受體水稻基因組中的位置是隨機的,整合到水稻基因組時多數(shù)是替換掉了不同長度的水稻序列。3、插入玉米片段的103個水稻基因中,有43個基因僅發(fā)生錯義突變、3個基因僅發(fā)生剪切位點突變,33個基因發(fā)生錯義突變和剪切位點突變,12個基因發(fā)生錯義突變... 

【文章來源】：河南師范大學(xué)河南省

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

R92表現(xiàn)出的部分特異性狀

測序儀進行雙端測序。具體建庫流程見歐易官網(wǎng)（www.oebiotech.c轉(zhuǎn)錄組 RNA 提取和質(zhì)量檢測期選取 R92 的劍葉和莖節(jié)，采用液氮保存法快遞寄送至上海歐易生質(zhì)檢。組建庫質(zhì)檢合格后的 RNA 建庫，建庫方法步驟見歐易官網(wǎng)（www.oebiotec基因組重測序分析儀下機的原始數(shù)據(jù) raw data 按照質(zhì)控標準進行質(zhì)控，得到 clean data基因組作比對，比對結(jié)果進行格式轉(zhuǎn)化、排序，得到待分析的比對:

SN只涉及插入和缺中的 SNINDEL數(shù)據(jù)庫進行 SN2.3.8 水NP 全稱單核到單個堿基缺失。基于NP 和 IND數(shù)據(jù)庫，使，使用 GATNP 和 INDE水稻轉(zhuǎn)錄組核苷酸多態(tài)基的變異，這于樣本與參DEL 位點。使用GATK軟TK 軟件對EL 預(yù)測。以組測序分析態(tài)性，是指基這種變異可考基因組的a.使用 pica軟件對插入對突變堿基進以上流程使析基因組上單個可由單個堿基的比對結(jié)果ard 軟件對入缺失位點進進行重校準使用 Church個核苷酸的基的轉(zhuǎn)換或，利用 Ch對比對后的文進行重排列準。d.使用 Ghill 軟件進行的變異，SN或顛換所引起hurchill/GA文件進行處列。c.根據(jù)已GATK 的 Ha行整合。NP 所表現(xiàn)的起。INDELATK 軟件預(yù)處理。b.根據(jù)已有的SNP&aplotypecal的多L 全預(yù)測據(jù)已&INller

【參考文獻】：
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本文編號：3614592