外源DNA直接誘導(dǎo)水稻種胚細(xì)胞產(chǎn)生變異是分子育種的一個(gè)新途徑,是創(chuàng)制水稻新材料新種質(zhì)的便捷方法。利用基因組重測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法來(lái)研究外源DNA直接誘導(dǎo)水稻種胚細(xì)胞產(chǎn)生變異的分子機(jī)理,旨在探討外源DNA如何對(duì)受體基因組產(chǎn)生作用及受體基因組的變異情況,揭示變異的內(nèi)在規(guī)律,為外源DNA種胚細(xì)胞轉(zhuǎn)化技術(shù)提供理論依據(jù),為水稻分子標(biāo)記輔助育種、新的功能基因發(fā)現(xiàn)等提供理論數(shù)據(jù)。本實(shí)驗(yàn)室利用種胚細(xì)胞轉(zhuǎn)化法（種胚細(xì)胞誘導(dǎo)技術(shù)）,將玉米基因組DNA直接誘導(dǎo)受體水稻（日本晴）種胚細(xì)胞,獲得了在株高、分蘗數(shù)、分蘗性狀、穗型、根系等遺傳性狀上與對(duì)照相比有明顯變化的變異株RMIM92。本研究首先采用全基因組重測(cè)序技術(shù)對(duì)變異株RMIM92進(jìn)行高通量測(cè)序,結(jié)果表明:1、在變異株RMIM92基因組中共檢測(cè)到了258條玉米DNA片段,長(zhǎng)度在16bp-205bp之間。2、玉米片段插入到受體水稻基因組中的位置是隨機(jī)的,整合到水稻基因組時(shí)多數(shù)是替換掉了不同長(zhǎng)度的水稻序列。3、插入玉米片段的103個(gè)水稻基因中,有43個(gè)基因僅發(fā)生錯(cuò)義突變、3個(gè)基因僅發(fā)生剪切位點(diǎn)突變,33個(gè)基因發(fā)生錯(cuò)義突變和剪切位點(diǎn)突變,12個(gè)基因發(fā)生錯(cuò)義突變... 

【文章來(lái)源】：河南師范大學(xué)河南省

【文章頁(yè)數(shù)】：97 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

R92表現(xiàn)出的部分特異性狀

測(cè)序儀進(jìn)行雙端測(cè)序。具體建庫(kù)流程見(jiàn)歐易官網(wǎng)（www.oebiotech.c轉(zhuǎn)錄組 RNA 提取和質(zhì)量檢測(cè)期選取 R92 的劍葉和莖節(jié)，采用液氮保存法快遞寄送至上海歐易生質(zhì)檢。組建庫(kù)質(zhì)檢合格后的 RNA 建庫(kù)，建庫(kù)方法步驟見(jiàn)歐易官網(wǎng)（www.oebiotec基因組重測(cè)序分析儀下機(jī)的原始數(shù)據(jù) raw data 按照質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行質(zhì)控，得到 clean data基因組作比對(duì)，比對(duì)結(jié)果進(jìn)行格式轉(zhuǎn)化、排序，得到待分析的比對(duì):

SN只涉及插入和缺中的 SNINDEL數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行 SN2.3.8 水NP 全稱(chēng)單核到單個(gè)堿基缺失�；贜P 和 IND數(shù)據(jù)庫(kù)，使，使用 GATNP 和 INDE水稻轉(zhuǎn)錄組核苷酸多態(tài)基的變異，這于樣本與參DEL 位點(diǎn)。使用GATK軟TK 軟件對(duì)EL 預(yù)測(cè)。以組測(cè)序分析態(tài)性，是指基這種變異可考基因組的a.使用 pica軟件對(duì)插入對(duì)突變堿基進(jìn)以上流程使析基因組上單個(gè)可由單個(gè)堿基的比對(duì)結(jié)果ard 軟件對(duì)入缺失位點(diǎn)進(jìn)進(jìn)行重校準(zhǔn)使用 Church個(gè)核苷酸的基的轉(zhuǎn)換或，利用 Ch對(duì)比對(duì)后的文進(jìn)行重排列準(zhǔn)。d.使用 Ghill 軟件進(jìn)行的變異，SN或顛換所引起hurchill/GA文件進(jìn)行處列。c.根據(jù)已GATK 的 Ha行整合。NP 所表現(xiàn)的起。INDELATK 軟件預(yù)處理。b.根據(jù)已有的SNP&aplotypecal的多L 全預(yù)測(cè)據(jù)已&INller

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3614592