基于RNA-Seq的小麥高密度遺傳圖譜構(gòu)建和產(chǎn)量性狀QTL分析
發(fā)布時(shí)間:2022-01-17 17:24
小麥?zhǔn)鞘澜缟现匾募Z食作物,是產(chǎn)量?jī)H次于玉米、水稻的第三大糧食作物。小麥大部分產(chǎn)量性狀為數(shù)量性狀,繪制高密度遺傳圖譜是研究數(shù)量性狀的重要手段;發(fā)掘重要性狀的QTL,對(duì)分子標(biāo)記輔助選擇和基因克隆具有重要意義。本研究以RIL群體“山農(nóng)0431×魯麥21”176個(gè)家系為材料,進(jìn)行RNA-Seq分析、構(gòu)建遺傳連鎖圖譜并進(jìn)行產(chǎn)量相關(guān)性狀QTL分析。主要結(jié)果如下:(1)山農(nóng)0431測(cè)序得到66.09 Gb的Raw reads,經(jīng)處理得到65.15 Gb的Clean reads,有參比對(duì)結(jié)果為85.74%,有參組裝得到234641條轉(zhuǎn)錄本,平均轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度為1599.5 bp,N50長(zhǎng)度為2229 bp,GC含量為50.82%,無參組裝得到3910條序列;魯麥21共獲得65.24 Gb的Raw reads,經(jīng)處理得到64.26Gb的Clean reads,有參比對(duì)結(jié)果為86.20%,有參組裝得到228827條轉(zhuǎn)錄本,平均轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度為1590.89 bp,N50長(zhǎng)度為2225 bp,GC含量為50.91%,無參組裝得到3965條序列。(2)共篩選得到188524個(gè)標(biāo)記,其中172070個(gè)SNP位點(diǎn),16...
【文章來源】:山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省
【文章頁(yè)數(shù)】:73 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
“山農(nóng)0431×魯麥21”RIL群體的遺傳連鎖圖譜簡(jiǎn)圖
20圖 2 基于“山農(nóng) 0431×魯麥 21”的 RIL 群體構(gòu)建的遺傳連鎖圖譜。紅色方框代表 QTL 簇,黑色橫線代表標(biāo)記位點(diǎn)Fig.2 Genetic linkage map developed using a RIL population derived from a cross between Shannong 0431 and Lumai 21.
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]非模式生物轉(zhuǎn)錄組研究[J]. 劉紅亮,鄭麗明,劉青青,權(quán)富生,張涌. 遺傳. 2013(08)
[2]轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及其在牧草基因資源發(fā)掘中的應(yīng)用前景[J]. 井趙斌,魏琳,俞靚,程積民. 草業(yè)科學(xué). 2011(07)
[3]分子設(shè)計(jì)育種研究進(jìn)展[J]. 薛勇彪,王道文,段子淵. 中國(guó)科學(xué)院院刊. 2007(06)
[4]我國(guó)小麥品種改良趨勢(shì)與糧食安全[J]. 肖世和. 科技導(dǎo)報(bào). 2006(04)
本文編號(hào):3595135
【文章來源】:山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省
【文章頁(yè)數(shù)】:73 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
“山農(nóng)0431×魯麥21”RIL群體的遺傳連鎖圖譜簡(jiǎn)圖
20圖 2 基于“山農(nóng) 0431×魯麥 21”的 RIL 群體構(gòu)建的遺傳連鎖圖譜。紅色方框代表 QTL 簇,黑色橫線代表標(biāo)記位點(diǎn)Fig.2 Genetic linkage map developed using a RIL population derived from a cross between Shannong 0431 and Lumai 21.
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]非模式生物轉(zhuǎn)錄組研究[J]. 劉紅亮,鄭麗明,劉青青,權(quán)富生,張涌. 遺傳. 2013(08)
[2]轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及其在牧草基因資源發(fā)掘中的應(yīng)用前景[J]. 井趙斌,魏琳,俞靚,程積民. 草業(yè)科學(xué). 2011(07)
[3]分子設(shè)計(jì)育種研究進(jìn)展[J]. 薛勇彪,王道文,段子淵. 中國(guó)科學(xué)院院刊. 2007(06)
[4]我國(guó)小麥品種改良趨勢(shì)與糧食安全[J]. 肖世和. 科技導(dǎo)報(bào). 2006(04)
本文編號(hào):3595135
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