TALENs與CRISPR/Cas9介導(dǎo)的大豆基因定點(diǎn)編輯及黃綠葉基因cd1的圖位克隆和功能分析
發(fā)布時(shí)間:2022-01-11 22:50
一、TALENs與CRISPR/Cas9介導(dǎo)的大豆基因定點(diǎn)編輯大豆[Glycine Max(L.)Merr.]起源于中國,是重要的油料和高蛋白作物,含有多種對(duì)人類有益的生理活性物質(zhì),如異黃酮等,此外大豆也是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)體系中重要的養(yǎng)地作物(能固氮,對(duì)化肥需求較少);蚪M定點(diǎn)編輯技術(shù)(或稱基因打靶技術(shù))是對(duì)基因組特定位點(diǎn)進(jìn)行操作,誘發(fā)該位點(diǎn)DNA序列的改變,如堿基的插入缺失、基因的插入或替換以及大片段DNA的缺失等。目前應(yīng)用比較廣泛的是轉(zhuǎn)錄激活樣效應(yīng)因子核酸酶(Transcription Activator-like Effectors Nucleases,TALENs)和 Clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)/CRISPR-associated(Cas)9技術(shù);蚪M定點(diǎn)編輯技術(shù)依賴于轉(zhuǎn)基因技術(shù),但基因編輯后的生物可以不含任何新引入的遺傳物質(zhì)或外源DNA,是一種“非轉(zhuǎn)基因的遺傳修飾”。相比于傳統(tǒng)育種技術(shù)的周期長、效率低的缺點(diǎn),以及轉(zhuǎn)基因育種技術(shù)中引入外源DNA的生物安全問題,基因組定點(diǎn)編輯技術(shù)在...
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:161 頁
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1-1人工設(shè)計(jì)的核酸酶編輯基因組的修復(fù)結(jié)果(Kim?and?Kim?2014)??Fig.?1-1?Outcome?of?genome?editing?using?programmable?nucleases??
repeats?(CRISPR)?/CRISPR-associated?(Cas)?9。ZFNs、TALENs?和?CRISPR/Ca是研究比較多的,現(xiàn)在普遍采用的是后兩種技術(shù),特別是CRISPR/Cas9技術(shù)。??U歸巢核酸內(nèi)切酶??歸巢核酸內(nèi)切酶(HomingEndonuclease)是最早用于基因打粑的工具酶,能夠別長度為14?40bp的核甘酸序列,故又名大范圍核酸酶(meganucleases)?(Stodda2011;?Belfort?and?Bonocora?2014)。歸巢核酸內(nèi)切酶是由嵌入在內(nèi)含子(group?I、grouII和archael類內(nèi)含子)里的ORF編碼,或者是由內(nèi)含肽切割產(chǎn)生的內(nèi)切酶,能夠使內(nèi)含子在DNA水平上的移動(dòng)。歸巢核酸內(nèi)切酶識(shí)別的序列被稱為歸巢位點(diǎn),由含子間或內(nèi)含子側(cè)翼的DNA片段組成,內(nèi)切酶識(shí)別并切割同源等位基因中非內(nèi)含區(qū)域的歸巢位點(diǎn),然后利用修復(fù)機(jī)制插入內(nèi)含子(Stoddard2005)。目前LAGLIDAD歸巢核酸酶家族在基因打靶中使用最多,其包含一個(gè)或兩個(gè)LAGLIDADG片段的貝。含有兩個(gè)LAGLIDADG片段拷貝的酶被100個(gè)左右氨基酸殘基分隔開,以單的形式發(fā)揮作用,如I-Dmol和I-Scel等;只有一個(gè)LAGLIDADG片段拷貝的酶可形成同型二聚體后識(shí)別具有回文結(jié)構(gòu)的歸巢位點(diǎn),包括I-Crel和I-CeuI等(圖1-2)Inrnallsmmericmonomer??
2個(gè)互補(bǔ)的ZFNs在靶位點(diǎn)分別通過鋅指結(jié)構(gòu)以尾對(duì)尾的方式識(shí)別5’一3'和3'—5’的??DNA鏈,然后2個(gè)FokI核酸酶形成二聚體,激活內(nèi)切酶活性來切割靶位點(diǎn),產(chǎn)生雙??鏈缺口(DSBs),從而誘發(fā)DNA損傷修復(fù)機(jī)制(圖1-3)。2個(gè)ZFN就可以在基因??組中特異性地結(jié)合18?24bp長度的序列。目前識(shí)別每一種三聯(lián)堿基的64種鋅指組合??中己有大部分被發(fā)現(xiàn)并編撰成目錄。針對(duì)每一條需要識(shí)別的目標(biāo)序列(打靶位點(diǎn)),??我們都可以使用與密碼子對(duì)應(yīng)的類似方式對(duì)鋅指結(jié)構(gòu)進(jìn)行模塊化組裝(modular??assembly),從而獲得能夠識(shí)另U特定DNA序歹U的鋅指蛋白結(jié)構(gòu)。??(Q?1?Zinc-finger?motif?consensus?I?h??K?}?CX“CX,FIX,HX,H?U??;;Right?ZFP?(??left?ZFP??圖1-3鋅指核酸酶設(shè)計(jì)的結(jié)構(gòu)示意圖(Kim?and?Kim?2014)??Fig.?1-3?Schematic?representation?of?designed?zinc-finger??(a)鋅指的原理示意圖;(b)鋅指結(jié)合DNA的計(jì)算機(jī)模型。??(a)?Schematic?representation?of?a?zinc-finger?nuclease?(ZFN)?pair;?(b)?Computer?model?structure?of?a?ZFN?pair??bound?to?DNA.??第一個(gè)鋅指核酸酶是由約翰霍普金斯大學(xué)Chandra實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)(Kim?et?al.?1996),??該酶使用3個(gè)鋅指結(jié)構(gòu)域連接一個(gè)Fok?I核酸酶的催化活性功能域
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]大豆轉(zhuǎn)基因研究進(jìn)展[J]. 姚丙晨,閆雙勇,蘇京平,馬忠友,王曉靜,孫玥,劉學(xué)軍. 大豆科技. 2015(05)
[2]商業(yè)化轉(zhuǎn)基因大豆育種研發(fā)進(jìn)展與展望[J]. 高初蕾,喬峰,安怡昕,趙團(tuán)結(jié),孔杰杰. 分子植物育種. 2015(06)
[3]小菜蛾U6 snRNA基因的克隆及作為miRNA定量表達(dá)分析內(nèi)參基因的評(píng)價(jià)[J]. 封冰,梁沛,高希武. 昆蟲學(xué)報(bào). 2014(03)
[4]CRISPR/Cas9介導(dǎo)的基因組定點(diǎn)編輯技術(shù)[J]. 方銳,暢飛,孫照霖,李寧,孟慶勇. 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2013(08)
[5]植物抗壞血酸過氧化物酶的表達(dá)調(diào)控以及對(duì)非生物脅迫的耐受作用[J]. 李澤琴,李靜曉,張根發(fā). 遺傳. 2013(01)
[6]大力發(fā)展轉(zhuǎn)基因作物[J]. 張啟發(fā). 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(社會(huì)科學(xué)版). 2010(01)
[7]植物葉綠素合成、分解代謝及信號(hào)調(diào)控[J]. 史典義,劉忠香,金危危. 遺傳. 2009(07)
[8]利用人U6 snRNA啟動(dòng)子構(gòu)建RNA干擾質(zhì)粒載體[J]. 楚莉輝,劉龍丁,馬紹輝,王麗春,李琦涵. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2006(03)
[9]利用番茄U3snRNA基因上游啟動(dòng)區(qū)構(gòu)建植物表達(dá)載體及對(duì)煙草的轉(zhuǎn)化[J]. 李麗莉,扈廷茂,扈會(huì)平,劉明秋,蘇慧敏. 內(nèi)蒙古大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2005(01)
碩士論文
[1]發(fā)根農(nóng)桿菌誘導(dǎo)大豆毛狀根體系的建立與應(yīng)用[D]. 宗曉秋.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2012
本文編號(hào):3583590
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:161 頁
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
圖1-1人工設(shè)計(jì)的核酸酶編輯基因組的修復(fù)結(jié)果(Kim?and?Kim?2014)??Fig.?1-1?Outcome?of?genome?editing?using?programmable?nucleases??
repeats?(CRISPR)?/CRISPR-associated?(Cas)?9。ZFNs、TALENs?和?CRISPR/Ca是研究比較多的,現(xiàn)在普遍采用的是后兩種技術(shù),特別是CRISPR/Cas9技術(shù)。??U歸巢核酸內(nèi)切酶??歸巢核酸內(nèi)切酶(HomingEndonuclease)是最早用于基因打粑的工具酶,能夠別長度為14?40bp的核甘酸序列,故又名大范圍核酸酶(meganucleases)?(Stodda2011;?Belfort?and?Bonocora?2014)。歸巢核酸內(nèi)切酶是由嵌入在內(nèi)含子(group?I、grouII和archael類內(nèi)含子)里的ORF編碼,或者是由內(nèi)含肽切割產(chǎn)生的內(nèi)切酶,能夠使內(nèi)含子在DNA水平上的移動(dòng)。歸巢核酸內(nèi)切酶識(shí)別的序列被稱為歸巢位點(diǎn),由含子間或內(nèi)含子側(cè)翼的DNA片段組成,內(nèi)切酶識(shí)別并切割同源等位基因中非內(nèi)含區(qū)域的歸巢位點(diǎn),然后利用修復(fù)機(jī)制插入內(nèi)含子(Stoddard2005)。目前LAGLIDAD歸巢核酸酶家族在基因打靶中使用最多,其包含一個(gè)或兩個(gè)LAGLIDADG片段的貝。含有兩個(gè)LAGLIDADG片段拷貝的酶被100個(gè)左右氨基酸殘基分隔開,以單的形式發(fā)揮作用,如I-Dmol和I-Scel等;只有一個(gè)LAGLIDADG片段拷貝的酶可形成同型二聚體后識(shí)別具有回文結(jié)構(gòu)的歸巢位點(diǎn),包括I-Crel和I-CeuI等(圖1-2)Inrnallsmmericmonomer??
2個(gè)互補(bǔ)的ZFNs在靶位點(diǎn)分別通過鋅指結(jié)構(gòu)以尾對(duì)尾的方式識(shí)別5’一3'和3'—5’的??DNA鏈,然后2個(gè)FokI核酸酶形成二聚體,激活內(nèi)切酶活性來切割靶位點(diǎn),產(chǎn)生雙??鏈缺口(DSBs),從而誘發(fā)DNA損傷修復(fù)機(jī)制(圖1-3)。2個(gè)ZFN就可以在基因??組中特異性地結(jié)合18?24bp長度的序列。目前識(shí)別每一種三聯(lián)堿基的64種鋅指組合??中己有大部分被發(fā)現(xiàn)并編撰成目錄。針對(duì)每一條需要識(shí)別的目標(biāo)序列(打靶位點(diǎn)),??我們都可以使用與密碼子對(duì)應(yīng)的類似方式對(duì)鋅指結(jié)構(gòu)進(jìn)行模塊化組裝(modular??assembly),從而獲得能夠識(shí)另U特定DNA序歹U的鋅指蛋白結(jié)構(gòu)。??(Q?1?Zinc-finger?motif?consensus?I?h??K?}?CX“CX,FIX,HX,H?U??;;Right?ZFP?(??left?ZFP??圖1-3鋅指核酸酶設(shè)計(jì)的結(jié)構(gòu)示意圖(Kim?and?Kim?2014)??Fig.?1-3?Schematic?representation?of?designed?zinc-finger??(a)鋅指的原理示意圖;(b)鋅指結(jié)合DNA的計(jì)算機(jī)模型。??(a)?Schematic?representation?of?a?zinc-finger?nuclease?(ZFN)?pair;?(b)?Computer?model?structure?of?a?ZFN?pair??bound?to?DNA.??第一個(gè)鋅指核酸酶是由約翰霍普金斯大學(xué)Chandra實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)(Kim?et?al.?1996),??該酶使用3個(gè)鋅指結(jié)構(gòu)域連接一個(gè)Fok?I核酸酶的催化活性功能域
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]大豆轉(zhuǎn)基因研究進(jìn)展[J]. 姚丙晨,閆雙勇,蘇京平,馬忠友,王曉靜,孫玥,劉學(xué)軍. 大豆科技. 2015(05)
[2]商業(yè)化轉(zhuǎn)基因大豆育種研發(fā)進(jìn)展與展望[J]. 高初蕾,喬峰,安怡昕,趙團(tuán)結(jié),孔杰杰. 分子植物育種. 2015(06)
[3]小菜蛾U6 snRNA基因的克隆及作為miRNA定量表達(dá)分析內(nèi)參基因的評(píng)價(jià)[J]. 封冰,梁沛,高希武. 昆蟲學(xué)報(bào). 2014(03)
[4]CRISPR/Cas9介導(dǎo)的基因組定點(diǎn)編輯技術(shù)[J]. 方銳,暢飛,孫照霖,李寧,孟慶勇. 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2013(08)
[5]植物抗壞血酸過氧化物酶的表達(dá)調(diào)控以及對(duì)非生物脅迫的耐受作用[J]. 李澤琴,李靜曉,張根發(fā). 遺傳. 2013(01)
[6]大力發(fā)展轉(zhuǎn)基因作物[J]. 張啟發(fā). 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(社會(huì)科學(xué)版). 2010(01)
[7]植物葉綠素合成、分解代謝及信號(hào)調(diào)控[J]. 史典義,劉忠香,金危危. 遺傳. 2009(07)
[8]利用人U6 snRNA啟動(dòng)子構(gòu)建RNA干擾質(zhì)粒載體[J]. 楚莉輝,劉龍丁,馬紹輝,王麗春,李琦涵. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2006(03)
[9]利用番茄U3snRNA基因上游啟動(dòng)區(qū)構(gòu)建植物表達(dá)載體及對(duì)煙草的轉(zhuǎn)化[J]. 李麗莉,扈廷茂,扈會(huì)平,劉明秋,蘇慧敏. 內(nèi)蒙古大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2005(01)
碩士論文
[1]發(fā)根農(nóng)桿菌誘導(dǎo)大豆毛狀根體系的建立與應(yīng)用[D]. 宗曉秋.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2012
本文編號(hào):3583590
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