偃麥草屬（Thinopyrum）是禾本科小麥族（Triticeae）中的一個屬,為多年生重要的麥類近緣物種,具有許多優(yōu)良的抗病（白粉病、銹�。�、抗旱和耐鹽堿等基因,為小麥外源優(yōu)異基因的利用提供了基礎。WRKY基因家族和SnRK2基因家族在植物中普遍存在,對生物脅迫和非生物脅迫方面起著作用。本研究利用偃麥草屬五個物種的轉錄組數據,通過生物信息學的方法從中挖掘五個物種WRKY、SnRK2基因家族的成員,進而為小麥抗逆基因的挖掘研究奠定基礎。本研究的主要結果如下:1.轉錄組測序與組裝:利用轉錄組測序技術對中間偃麥草（Thinopyrum intermediu m）、長穗偃麥草（Th.Elongatum）、十倍體長穗偃麥草（Th.Ponticum）、假鵝觀草（Pseudoroegneria strigosa）和百薩偃麥草（Th.bessarabicum）進行測序最終得到轉錄本數都高達七萬條,N50的長度均在1000bp以上。2.WRKY基因家族生物信息學分析:（1）序列搜索與鑒定:以植物組基因數據庫下載WRKY基因家族鑒定出的基因,對其WRKY蛋白結構域的核心序列WRKYGQK和鋅指結構進行比... 

【文章來源】：山東農業(yè)大學山東省

【文章頁數】：76 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

二代建庫測序流程圖

圖 2 WRKY基因家族成員鑒定Fig. 2 Identification of WRKY gene family members因家族蛋白結構分析化性質分析可知，在 WRKY 基因家族中五個物種絕大部分表現蛋白；絕大部分蛋白穩(wěn)定性指數大于 40，為不穩(wěn)定性蛋白，五個物種的相對分子質量也較小。級結構分析sWRKY 中 α-螺旋的比例在 12.95%~34.02%之間，無規(guī)53% 范 圍 內 ； 長 穗 偃 麥 草 TeWRKY 中 α- 螺 ，無規(guī)則卷曲的比例介于 36.52%~66.54%范圍內；百例在 10.63%~42.88%，無規(guī)則卷曲的比例在 38.11% α-螺旋比例介于 9.86%~36.36%范圍內，無規(guī)則

圖 4 TbWRKY蛋白序列比對和保守結構域分析Fig 4. TbWRKY protein multiple sequence alignment and conserved domain analysis在二倍體長穗偃麥草 TeWRKY 中 WRKY 家族成員 WRKY 保守結構域的核心序 一 些 變 異 類 型 如 ： WRKYGKK （ TeWRKY14 、 TeWRKY17 、 TeWRKY28eWRKY29、TeWRKY33），WRKYGEK（TeWRKY15、TeWRKY19）GoupⅠ中鑒定 個成員；Group Ⅱ中Ⅱa 有 1 個成員，Ⅱb有 2 個成員，Ⅱc有 10 個，Ⅱd 有 2 個，有 1 個成員；Group Ⅲ發(fā)現有 10 個成員，其中 TeWRKY32 和 TeWRKY33 沒有完整指結構（圖 5）。WRKY保守結構域WRKYGQK 變異類型 鋅指結構

【參考文獻】：
期刊論文
[1]轉錄因子BES1/BZR1調控植物生長發(fā)育及抗逆性[J]. 于好強,孫福艾,馮文奇,路風中,李晚忱,付鳳玲.  遺傳. 2019(03)
[2]辣椒bZIP家族基因的鑒定與表達分析[J]. 魏瑞敏,鄭井元,劉峰,馬艷青,李雪峰,楊博智,鄒學校,謝玲玲,戴雄澤.  園藝學報. 2018(08)
[3]小麥-十倍體長穗偃麥草抗白粉病新種質的鑒定與分析[J]. 任翠翠,高曉慧,宋杰,李小軍,茹振鋼.  分子植物育種. 2018(08)
[4]抗條銹病、耐鹽小麥-十倍體長穗偃麥草5J（E）二體異附加系的分子細胞學鑒定[J]. 朱晨,王艷珍,陳春環(huán),王長有,吉萬全.  農業(yè)生物技術學報. 2017(05)
[5]小麥近緣屬野生植物抗赤霉病及遠緣雜交技術研究進展[J]. 袁謙,甄士聰,趙永濤,張鋒,張中州.  大麥與谷類科學. 2016(04)
[6]植物轉錄因子MYB基因家族的研究進展[J]. 牛義嶺,姜秀明,許向陽.  分子植物育種. 2016(08)
[7]普通煙草WRKY基因家族的鑒定及表達分析[J]. 向小華,吳新儒,晁江濤,楊明磊,楊帆,陳果,劉貫山,王元英.  遺傳. 2016(09)
[8]測序技術的研究進展及三代測序的應用[J]. 烏日拉嘎,徐海燕,馮淑貞,孫志宏,孟和畢力格,張和平.  中國乳品工業(yè). 2016(04)
[9]烏拉爾圖小麥WRKY轉錄因子的篩選與分析[J]. 馬建輝,張黛靜,高小龍,邵云,姜麗娜.  作物學報. 2015(06)
[10]小麥族植物的分類現狀及主要存在的問題[J]. 劉玉萍,蘇旭,陳克龍,拉本,柯君.  生物學雜志. 2013(02)

博士論文
[1]小麥—長穗偃麥草雜種后代的分子細胞遺傳學分析及種質材料的篩選鑒定[D]. 何方.山東農業(yè)大學 2014
[2]基于第二代測序的轉錄組組裝軟件比較研究[D]. 盧戌.蘭州大學 2013
[3]SET基因家族的分子進化機制和基于RNA-Seq技術的擬南芥花轉錄組學研究[D]. 張亮生.復旦大學 2012

碩士論文
[1]基于轉錄組的五個小麥族物種NBS基因家族系統(tǒng)進化分析[D]. 董新娟.山東農業(yè)大學 2018
[2]普通小麥—長穗偃麥草衍生后代的分子細胞遺傳學研究[D]. 王小華.西北農林科技大學 2015
[3]百薩偃麥草4J染色體物理作圖與藍�；蚓毝ㄎ籟D]. 浦靜.南京農業(yè)大學 2014
[4]小麥族St基因組植物分子系統(tǒng)發(fā)育與分類[D]. 李曉濤.河南農業(yè)大學 2011
[5]普通小麥—百薩偃麥草4J、5J異染色體系的選育與分子標記分析[D]. 達瓦頓珠.南京農業(yè)大學 2009



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