偃麥草屬（Thinopyrum）是禾本科小麥族（Triticeae）中的一個(gè)屬,為多年生重要的麥類近緣物種,具有許多優(yōu)良的抗�。ò追鄄　P�。⒖购岛湍望}堿等基因,為小麥外源優(yōu)異基因的利用提供了基礎(chǔ)。WRKY基因家族和SnRK2基因家族在植物中普遍存在,對(duì)生物脅迫和非生物脅迫方面起著作用。本研究利用偃麥草屬五個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),通過(guò)生物信息學(xué)的方法從中挖掘五個(gè)物種WRKY、SnRK2基因家族的成員,進(jìn)而為小麥抗逆基因的挖掘研究奠定基礎(chǔ)。本研究的主要結(jié)果如下:1.轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與組裝:利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)中間偃麥草（Thinopyrum intermediu m）、長(zhǎng)穗偃麥草（Th.Elongatum）、十倍體長(zhǎng)穗偃麥草（Th.Ponticum）、假鵝觀草（Pseudoroegneria strigosa）和百薩偃麥草（Th.bessarabicum）進(jìn)行測(cè)序最終得到轉(zhuǎn)錄本數(shù)都高達(dá)七萬(wàn)條,N50的長(zhǎng)度均在1000bp以上。2.WRKY基因家族生物信息學(xué)分析:（1）序列搜索與鑒定:以植物組基因數(shù)據(jù)庫(kù)下載WRKY基因家族鑒定出的基因,對(duì)其WRKY蛋白結(jié)構(gòu)域的核心序列WRKYGQK和鋅指結(jié)構(gòu)進(jìn)行比... 

【文章來(lái)源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：76 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

二代建庫(kù)測(cè)序流程圖

圖 2 WRKY基因家族成員鑒定Fig. 2 Identification of WRKY gene family members因家族蛋白結(jié)構(gòu)分析化性質(zhì)分析可知，在 WRKY 基因家族中五個(gè)物種絕大部分表現(xiàn)蛋白；絕大部分蛋白穩(wěn)定性指數(shù)大于 40，為不穩(wěn)定性蛋白，五個(gè)物種的相對(duì)分子質(zhì)量也較小。級(jí)結(jié)構(gòu)分析sWRKY 中 α-螺旋的比例在 12.95%~34.02%之間，無(wú)規(guī)53% 范 圍 內(nèi) ； 長(zhǎng) 穗 偃 麥 草 TeWRKY 中 α- 螺 ，無(wú)規(guī)則卷曲的比例介于 36.52%~66.54%范圍內(nèi)；百例在 10.63%~42.88%，無(wú)規(guī)則卷曲的比例在 38.11% α-螺旋比例介于 9.86%~36.36%范圍內(nèi)，無(wú)規(guī)則

圖 4 TbWRKY蛋白序列比對(duì)和保守結(jié)構(gòu)域分析Fig 4. TbWRKY protein multiple sequence alignment and conserved domain analysis在二倍體長(zhǎng)穗偃麥草 TeWRKY 中 WRKY 家族成員 WRKY 保守結(jié)構(gòu)域的核心序 一 些 變 異 類 型 如 ： WRKYGKK （ TeWRKY14 、 TeWRKY17 、 TeWRKY28eWRKY29、TeWRKY33），WRKYGEK（TeWRKY15、TeWRKY19）GoupⅠ中鑒定 個(gè)成員；Group Ⅱ中Ⅱa 有 1 個(gè)成員，Ⅱb有 2 個(gè)成員，Ⅱc有 10 個(gè)，Ⅱd 有 2 個(gè)，有 1 個(gè)成員；Group Ⅲ發(fā)現(xiàn)有 10 個(gè)成員，其中 TeWRKY32 和 TeWRKY33 沒(méi)有完整指結(jié)構(gòu)（圖 5）。WRKY保守結(jié)構(gòu)域WRKYGQK 變異類型 鋅指結(jié)構(gòu)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]轉(zhuǎn)錄因子BES1/BZR1調(diào)控植物生長(zhǎng)發(fā)育及抗逆性[J]. 于好強(qiáng),孫福艾,馮文奇,路風(fēng)中,李晚忱,付鳳玲.  遺傳. 2019(03)
[2]辣椒bZIP家族基因的鑒定與表達(dá)分析[J]. 魏瑞敏,鄭井元,劉峰,馬艷青,李雪峰,楊博智,鄒學(xué)校,謝玲玲,戴雄澤.  園藝學(xué)報(bào). 2018(08)
[3]小麥-十倍體長(zhǎng)穗偃麥草抗白粉病新種質(zhì)的鑒定與分析[J]. 任翠翠,高曉慧,宋杰,李小軍,茹振鋼.  分子植物育種. 2018(08)
[4]抗條銹病、耐鹽小麥-十倍體長(zhǎng)穗偃麥草5J（E）二體異附加系的分子細(xì)胞學(xué)鑒定[J]. 朱晨,王艷珍,陳春環(huán),王長(zhǎng)有,吉萬(wàn)全.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2017(05)
[5]小麥近緣屬野生植物抗赤霉病及遠(yuǎn)緣雜交技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 袁謙,甄士聰,趙永濤,張鋒,張中州.  大麥與谷類科學(xué). 2016(04)
[6]植物轉(zhuǎn)錄因子MYB基因家族的研究進(jìn)展[J]. 牛義嶺,姜秀明,許向陽(yáng).  分子植物育種. 2016(08)
[7]普通煙草WRKY基因家族的鑒定及表達(dá)分析[J]. 向小華,吳新儒,晁江濤,楊明磊,楊帆,陳果,劉貫山,王元英.  遺傳. 2016(09)
[8]測(cè)序技術(shù)的研究進(jìn)展及三代測(cè)序的應(yīng)用[J]. 烏日拉嘎,徐海燕,馮淑貞,孫志宏,孟和畢力格,張和平.  中國(guó)乳品工業(yè). 2016(04)
[9]烏拉爾圖小麥WRKY轉(zhuǎn)錄因子的篩選與分析[J]. 馬建輝,張黛靜,高小龍,邵云,姜麗娜.  作物學(xué)報(bào). 2015(06)
[10]小麥族植物的分類現(xiàn)狀及主要存在的問(wèn)題[J]. 劉玉萍,蘇旭,陳克龍,拉本,柯君.  生物學(xué)雜志. 2013(02)

博士論文
[1]小麥—長(zhǎng)穗偃麥草雜種后代的分子細(xì)胞遺傳學(xué)分析及種質(zhì)材料的篩選鑒定[D]. 何方.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]基于第二代測(cè)序的轉(zhuǎn)錄組組裝軟件比較研究[D]. 盧戌.蘭州大學(xué) 2013
[3]SET基因家族的分子進(jìn)化機(jī)制和基于RNA-Seq技術(shù)的擬南芥花轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D]. 張亮生.復(fù)旦大學(xué) 2012

碩士論文
[1]基于轉(zhuǎn)錄組的五個(gè)小麥族物種NBS基因家族系統(tǒng)進(jìn)化分析[D]. 董新娟.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]普通小麥—長(zhǎng)穗偃麥草衍生后代的分子細(xì)胞遺傳學(xué)研究[D]. 王小華.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
[3]百薩偃麥草4J染色體物理作圖與藍(lán)粒基因精細(xì)定位[D]. 浦靜.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[4]小麥族St基因組植物分子系統(tǒng)發(fā)育與分類[D]. 李曉濤.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[5]普通小麥—百薩偃麥草4J、5J異染色體系的選育與分子標(biāo)記分析[D]. 達(dá)瓦頓珠.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009



本文編號(hào)：3564288