多倍體化不僅給植物基因組帶來豐富的遺傳變異,而且能增強(qiáng)植物對環(huán)境的適應(yīng)能力,從而促進(jìn)植物的進(jìn)化。世界上廣為栽培的陸地棉（Gossypium hirsutum）屬于錦葵科（Malvaceae）棉屬（Gossypium spp.）,是重要的纖維和油料作物,也是僅次于大豆的植物蛋白來源。其基因組組成為AADD,為異源四倍體,由產(chǎn)生較短纖維的A基因組棉種與不產(chǎn)生紡織可用纖維的D基因組野生種雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii）多倍化后再經(jīng)長期進(jìn)化而形成的,是研究植物基因組多倍體化的模式生物。長鏈非編碼 RNA（Long non-coding RNA,lncRNA）和環(huán)狀 RNA（Circular RNA,circRNA）是兩種廣泛存在于動(dòng)、植物基因組中的非編碼RNA,不具備蛋白質(zhì)編碼功能,廣泛參與基因組轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。近年來的研究發(fā)現(xiàn),lncRNA和circRNA在維持動(dòng)植物生長發(fā)育、逆境響應(yīng)和維持基因組穩(wěn)定等方面發(fā)揮重要作用。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,大量非編碼RNA在不同物種中得到鑒定。非編碼RNA正成為功能基因組學(xué)研究的熱點(diǎn),然而非編碼RNA在植物雜交和多倍體中的動(dòng)態(tài)變化和功能... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１－２陸地棉的進(jìn)化（Ｚｈａｎｇ，?ｅｔａｌ．?２０１５）??陸地棉栽培種ＴＭ－１，野生類型尤卡坦棉以及兩個(gè)最近的二倍體祖先供體非洲棉和雷蒙德氏棉的纖??維表型

）兩個(gè)軟件同時(shí)拼接。轉(zhuǎn)??錄本長度大于２００?ｎｔ。轉(zhuǎn)錄本至少需要３個(gè)讀長支持。使用Ｃｕｆｆｌｉｎｋ軟件子程序??ｃｕｆｆｃｏｍｐａｒｅ?（Ｔｒａｐｎｅｌｌ，?ｅｔａｌ．?２０１２）與基因組的注釋文件進(jìn)行比較，鑒定出轉(zhuǎn)錄自基因的??間區(qū)，基因的反向互補(bǔ)鏈或者基因的內(nèi)含子區(qū)的轉(zhuǎn)錄本，這些轉(zhuǎn)錄本分別對應(yīng)??Ｃｕｆｆｃｏｍｐａｒｅ?（Ｔｒａｐｎｅｌｌ，ｅｔａｌ．?２０１２）的分類?ＩＤ?是“ｕ”，“Ｘ”，”ｉ”。轉(zhuǎn)錄本不具備蛋白質(zhì)編??碼活性，ＩｎｃＲＮＡ候選轉(zhuǎn)錄本提交??ｌ??辱??圖２－１?ＬｎｃＲＮＡ預(yù)測流程??Ｆｉｇ．?２－１?Ｔｈｅ?ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｃｈａｒｔ?ｆｏｒ?ｔｈｅ?ｗｏｒｋ?ｆｌｏｗ?ｏｆ?ＩｎｃＲＮＡ?ｃａｎｄｉｄａｔｅ?ａｓｓｅｍｂｌｉｎｇ．??２３??

中最高的唯一比對率為??８１．５５％?（表２－２），表明采用１２５?ｂｐ的雙端讀長可以分辨異源四倍體來自ＡＴ，ＤＴ亞??基因組的同源區(qū)段。??ａ?ｂ??ｉｎｔｒｏｎｉｃ?ＲＮＡ?ＢＮＡＴ?ｌｉｎｃＲＮＡ??Ｇ．?ａｒｂｏｒｅｕｍ?＼?／?Ｇ．?ｒａｉｍｏｎｄｉｉ??（Ｇａ，?ＡＡ）?（Ｇｒ，?ＤＤ）?刪??Ｆ１?ｐ?５０００－??（ＡＤ）?．?呈??、一２５００－??Ｇ．?ｈｉｒｓｕｔｕｍ??（Ｇｈ，?ＡＡＤＤ）?＿?麵?鱷?麵??Ｇａ?Ｇｒ?Ｆ１?Ｇｈ??圖２－２鑒／ｅ棉屬亞洲棉（Ｇａ）、雷象德氏棉（Ｇｒ）、亞洲棉ｘ雷蒙德氏棉雜種Ｆ丨和陸地棉（Ｇｈ）?ＩｎｃＲＮＡ。??（ａ）本研究所用材料：亞洲棉（Ｇ．＾ｒＺ）〇ｍ／ｗ（Ｇａ＾ＡＡ））雷蒙德氏棉（Ｇ．ｍ／ｍ艦／／／（Ｇｒ，?ＤＤ））和雜??交產(chǎn)生Ｆ＾ＡＤ），陸地棉Ｇ．?（Ｇｈ，ＡＡＤＤ）ｏ（ｂ）四個(gè)材料中預(yù)測到的ＩｎｃＲＮＡ位點(diǎn)數(shù)．ＬｎｃＲＮＡ??分成內(nèi)含子ＲＮＡ?（ｉｎｔｒｏｎｉｃ?ＲＮＡ），天然反義轉(zhuǎn)錄本（ＮＡＴ）和基因間ＩｎｃＲＮＡ?（ｌｉｎｃＲＮＡ）。??Ｆｉｇ．?２－２?Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＩｎｃＲＮＡ?ｉｎ?Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ?ｓｐｐ．，?Ｇ．?ａｒｂｏｒｅｕｍ，?Ｇ．?ｒａｉｍｏｎｄｉｉ，?（Ｇ．?ａｒｂｏｒｅｕｍ?ｘ?Ｇ．??ｒａｉｍｏｎｄｉｉ）?Ｆｉ?ａｎｄ?Ｇ．?ｈｉｒｓｕｔｕｍ??（ａ）?ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｐｌａｎｔ?ｍａｔｅｒｉａｌｓ?ｕｓｅｄ?ｉｎ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ．?Ｄｉｐｌｏｉｄ?ｓｐｅｃｉｅｓ，?Ｇ．?ａｒｂｏｒｅｕｍ?（Ｇａ，?ＡＡ）?ａｎｄ??Ｇ．?ｒａｉｍｏｎｄｉｉ?


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