著絲粒是真核生物染色體重要的結(jié)構(gòu)元件。在細(xì)胞有絲分裂和減數(shù)分裂時(shí)期,著絲粒精確調(diào)控染色體的配對與分離并維持染色體結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定。植物著絲粒DNA序列主要由衛(wèi)星序列和反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子構(gòu)成。著絲粒功能極其保守,但物種間DNA序列的變異性較大,呈現(xiàn)一種快速進(jìn)化的模式。甘蔗是重要的糖料作物,其糖產(chǎn)量約占全球的四分之三。目前,甘蔗野生種割手密（Saccharum spontaneum）的全基因組測序工作已啟動。然而,甘蔗基因組的結(jié)構(gòu)和組成比較復(fù)雜,重復(fù)序列含量較高,尤其是富含重復(fù)序列的著絲粒區(qū)域,嚴(yán)重阻礙了其序列拼接和組裝工作。我們利用基于序列相似性的重復(fù)序列聚類分析方法,獲得了甘蔗割手密SES208的全基因組重復(fù)序列組成信息。這些信息對甘蔗基因組序列的組裝與全面解析具有一定的參考價(jià)值。本研究以甘蔗割手密SES208為對象,利用染色質(zhì)免疫共沉淀并高通量測序技術(shù)和生物信息學(xué)方法發(fā)掘甘蔗著絲粒DNA序列,并借助分子細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)進(jìn)行序列鑒定。我們獲得了割手密SES208著絲粒區(qū)域特異的五條DNA序列,揭示了甘蔗著絲粒區(qū)域的DNA序列組成,并分析了甘蔗不同種中著絲粒特異DNA序列的分布和演化特征。分析證實(shí),甘... 

【文章來源】：福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：88 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－３著絲粒衛(wèi)星序列與反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子起源關(guān)系模型［３５］??Ｆｉｇ．?１－３?Ａ?Ｍｏｄｅｌ?ｏｆ?Ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ?ｉｎ?ｐｏｔａｔｏ??

圖１－４茄屬著絲粒進(jìn)化模型??Ｆｉｇ．?Ｉ?－４?Ｍｏｄｅｌｓ?ｏｆ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ?ｉｎ?ｓｏｌａｎｕｍ?ｓｐｅｃｉｅｓ＾１２３＾??植物４號染色體袓先著絲粒由單拷貝或低拷貝的序列組成，包括低密度的鈴薯４號染色體著絲粒主要維持了這種組成。然而在馬鈴薯野生種（Ｓ＿）中衛(wèi)星序列（黃色）侵入了?４號染色體著絲粒，并且將原始的著絲粒序列區(qū)域。（Ｂ）茄屬植物２號染色體祖先著絲粒僅包含單拷貝或低拷貝序列。這種的后代中侵入了不同的衛(wèi)星重復(fù)序列。??ａｎｃｅｓｔｒａｌ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?ｏｆ?ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ?４?ｏｆ?Ｓｏｌａｎｕｍ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｃｏｎｔａｉｎｅｄ?ｏｎｌｙ?ｓｉｎｇｌｅ－?ａｕｅｎｃｅｓ，?ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ?ｌｏｗ?ｄｅｎｓｉｔｙ?ｏｆ?ｇｅｎｅｓ?（ｒｅｄ?ｖｅｒｔｉｃａｌ?ｂａｒｓ）．?Ｐｏｔａｔｏ?Ｃｅｎ４?ｈａｓｅｄ?ｔｈｉｓ?ＤＮＡ?ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ．?Ｈｏｗｅｖｅｒ，?ａ?ｓａｔｅｌｌｉｔｅ?ｒｅｐｅａｔ?（ｙｅｌｌｏｗ）?ｈａｓ?ｉｎｖａｄｅｄ?ｔｈｅ?Ｃ?ｖｅｒｒｉｉｃｏｓｕｍ，?ｗｈｉｃｈ?ｐｕｓｈｅｄ?ｔｈｅ?ｏｒｉｇｉｎａｌ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｉｃ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?ｉｎｔｏ?ｔｈｅ?ｐｃｒｉｃｃｎｔｒ（Ｂ）?Ｔｈｅ?ａｎｃｅｓｔｒａｌ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?ｏｆ?ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ?２?ｏｆ?Ｓｏｌｃｍｕｍ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｃｏｎｔａｉｎｅｄ?ｏｎｌｙｃｏｐｙ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．?Ｔｈｉｓ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?ｈａｓ?ｂｅｅｎ?ｉｎｖａｄｅｄ?ｂｙ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｓａｔｅｌｌｉｔｅ?ｒｅｐｅａｔｓ?著絲粒和雙著絲粒??

序列比對的工具ＣｌｕｓｔａｌＸ以及圖像編輯工具Ａｄｏｂｅ?Ｐｈｏｔｏｓｈｏｐ。??２．４．３分析流程??本實(shí)驗(yàn)對于甘蔗ＳＥＳ２０８著絲粒ＤＮＡ序列的基本分析流程如圖２－２所示。??首先對甘蔗ＳＥＳ２０８著絲粒ＣｈＩＰ和Ｉｎｐｕｔ?ＤＮＡ進(jìn)行建庫測序獲得原始數(shù)據(jù)，并??進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)量評價(jià)以及質(zhì)控。然后對甘蔗ＳＥＳ２０８全基因組重復(fù)序列進(jìn)行聚類。??本研宄采用改進(jìn)的兩步法［３５ＨＲ別著絲粒重復(fù)序列。第一步，按照一定比例隨機(jī)選??取?Ｉｎｐｕｔ?ｒｅａｄｓ?利用?ＲｅｐｅａｔＥｘｐｌｏｒｅｒ?（ｈｔｔｐ：／／ｒｅｐｅａｔｅｘｐｌｏｒｅｒ．ｕｍｂｒ．ｃａｓ．ｃｚ／，參數(shù)均為??默認(rèn)值）平臺進(jìn)行重復(fù)序列圖形聚類分析［１％剛�；谛蛄邢嗨菩詫⒅丿Bｒｅａｄｓ組??裝成為Ｃｏｎｔｉｇｓ，然后將這些Ｃｏｎｔｉｇｓ聚類成為Ｃｌｕｓｔｅｒｓ，以進(jìn)行后續(xù)分析。第二??２２??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]端粒與著絲�！旧w上的高度重復(fù)序列區(qū)域[J]. 樊起傅,付鈺.  科學(xué)通報(bào). 2017(27)
[2]高等生物著絲粒序列更新與進(jìn)化的研究進(jìn)展[J]. 夏薇,楊耀東,肖勇,周麗霞,李靜,馬子龍.  江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2014(07)
[3]甘蔗屬起源及其與近緣屬進(jìn)化關(guān)系研究進(jìn)展[J]. 方靜平,闕友雄,陳如凱.  熱帶作物學(xué)報(bào). 2014(04)
[4]高等植物著絲粒序列的結(jié)構(gòu)與特征研究[J]. 夏薇,李靜,周麗霞,楊耀東,肖勇,馬子龍.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(10)
[5]著絲粒及其在減數(shù)分裂中的作用研究進(jìn)展[J]. 張峰,林娟,趙軍.  生物技術(shù)進(jìn)展. 2013(04)
[6]植物著絲粒區(qū)串聯(lián)重復(fù)序列的研究進(jìn)展[J]. 郝薇薇,周巖.  中國農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報(bào). 2013(02)

博士論文
[1]蓮藕（Nelumbo nucifera Gaertn.）著絲粒蛋白NnCenH3和著絲粒DNA序列研究[D]. 朱之軒.武漢大學(xué) 2015
[2]偃麥草屬著絲粒序列組成分析及小麥—十倍體長穗偃麥草廣譜抗銹易位系的鑒定[D]. 郝薇薇.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2012

碩士論文
[1]水稻第8染色體著絲粒區(qū)域基因-DCL的功能分析[D]. 郭瑞.揚(yáng)州大學(xué) 2017
[2]川桑著絲粒與端粒重復(fù)序列及染色體定位[D]. 王圣.西南大學(xué) 2016
[3]小麥及偃麥草屬植物著絲粒區(qū)功能序列分析[D]. 湯才國.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014



本文編號：3479099