OFP （OVATE family proteins）基因家族是植物特有的一類轉(zhuǎn)錄因子,廣泛存在于植物各個組織中,參與調(diào)控植物的生長發(fā)育、抗逆等。然而在玉米研究中該家族成員未見報道。為解析OFP家族基因在玉米基因組中的特征,使用HMMER軟件對玉米基因組中的OFP家族成員進行篩選,利用Pfam數(shù)據(jù)庫對篩選的結(jié)果進行分析,包括基因定位、motif預測、進化分析、順式作用元件分析及亞細胞定位預測,同時對玉米與擬南芥和水稻基因組中的OFP家族基因進行共線性、選擇壓力分析,最后再分析了干旱處理下穗發(fā)育過程中的家族成員基因表達水平。結(jié)果篩選到玉米OFP家族基因共43個,在10條染色體上均有分布,其中3號染色體上的數(shù)目最多為8個,5號染色體分布最少僅有1個;進化分析發(fā)現(xiàn)玉米OFP家族成員歸為3個亞類;motif分析中共鑒定到8個motif基序,其中motif 1和motif 2為玉米OFP家族基因最保守的兩段基序;在對啟動子順式作用元件分析中發(fā)現(xiàn)與脅迫相關(guān)的OFP基因共10個,其中有5個基因順式作用元件與干旱脅迫相關(guān);與擬南芥4個基因存在共線性,與水稻的17個基因存在共線性,其中玉米Zm00001... 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(20)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：10 頁

【部分圖文】：

玉米OFP家族系統(tǒng)進化樹

在對玉米的OFP家族蛋白序列進行保守基序分析，發(fā)現(xiàn)8個基序，分別命名為motif 1～motif 8 (圖2)。結(jié)果表明，玉米中僅存在2個相對保守的基序。其中motif 1與motif 2最為保守，且分布順序均為motif2在前，motif 1在后。其中11個OFP家族基因僅具有motif 1和motif 2，其余motif類型在剩余的32個基因中被鑒定到。對保守基序的序列分析發(fā)現(xiàn)，在玉米motif 1中較為保守的序列為EWSEAVIRSLG RTSTDRFFFDAGPAPGPAAASNS,motif-2中較為保守的序列為PGDEMYKTVNSVY FDAADSRRFFFF DDDDDGGDDDAADDLLD (圖3)。表明OFP家族基因在玉米中具有較高的保守性。圖3 玉米OFP家族氨基酸序列保守基序

玉米OFP家族氨基酸序列保守基序

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]玉米-大芻草漸滲系群體（Mo17/X26）苗期抗旱性指標的QTL定位及抗旱性基因的篩選[D]. 韓笑.沈陽農(nóng)業(yè)大學 2018



本文編號：3414197