鹽堿脅迫限制著作物生長(zhǎng)和產(chǎn)量,植物根際促生菌（PGPR）通過(guò)多種方式促進(jìn)植物生長(zhǎng)發(fā)育并抵御鹽堿脅迫對(duì)植物的影響。Serratia marcescens LJL-11能夠在鹽堿脅迫下促進(jìn)紫花苜蓿的生長(zhǎng)。本研究利用Illumina Hiseq?4000測(cè)序平臺(tái)對(duì)接種或未接種S.marcescens LJL-11的紫花苜蓿（鹽堿脅迫下）根組織進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,鑒定在此條件下起重要促生和抗逆作用的關(guān)鍵基因和代謝途徑,旨在揭示S.marcescens LJL-11誘導(dǎo)紫花苜蓿鹽堿耐受性的分子機(jī)制。主要研究結(jié)果如下:1.對(duì)紫花苜蓿進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,共12個(gè)樣品:3個(gè)時(shí)間點(diǎn)（0小時(shí)、6小時(shí)和24小時(shí)）、對(duì)照與接菌處理。每個(gè)樣品質(zhì)量Q30達(dá)90%以上,GC含量約41%,測(cè)序共獲得320.93M reads,經(jīng)過(guò)質(zhì)檢后拼接獲得77,788條Unigenes,序列均長(zhǎng)為949nt,N50值為1325 nt,與擬南芥和其他豆科物種的同源比對(duì),共55,701（71.6%）條Unigenes獲得注釋。2.對(duì)Unigenes進(jìn)行GO注釋,共注釋到42,607個(gè)GO條目,對(duì)Unigenes的結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,預(yù)測(cè)出43,... 

【文章來(lái)源】：哈爾濱師范大學(xué)黑龍江省

【文章頁(yè)數(shù)】：103 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

紫花苜蓿的培養(yǎng)與處理Fig.2-1Schematicpresentationofplantcultivationandtreatment

哈爾濱師范大學(xué)碩士學(xué)位論文-18-控后的序列進(jìn)行無(wú)參轉(zhuǎn)錄組組裝。最終共獲得了77,788個(gè)Unigenes，平均讀長(zhǎng)為949nt，N50值為1325nt，對(duì)Unigenes序列長(zhǎng)度進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，序列長(zhǎng)度≤300nt占14.7%（11,463），300nt＜序列長(zhǎng)度≤2000nt占75.8%（58,998），序列長(zhǎng)度＞2000nt占9.4%（7,327），組裝完整性良好，用于后續(xù)的數(shù)據(jù)分析。統(tǒng)計(jì)信息參見(jiàn)表2-3和圖2-2。表2-3紫花苜蓿Unigenes的長(zhǎng)度描述TABLE2-3SummaryofMedicagosativaUnigeneslengthdescription圖2-2紫花苜蓿Unigenes的長(zhǎng)度分布（藍(lán)色虛線表示平均讀長(zhǎng)，粉色虛線表示N50值）Fig.2-2DistributionoftranscriptlengthsintheMedicagosativaUnigenes(Averagelength:949nt(bluedottedline)andN50length:1325nt(pinkdottedline))2.4.3Unigenes功能注釋將Unigenes與O’Rourke公布的苜蓿Contigs進(jìn)行BLASTn序列比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)它們的序列具有高度的相似性，表明序列組裝的結(jié)果具有準(zhǔn)確性和可靠性，如圖2-4所示。此外，將組裝的Unigenes進(jìn)行注釋，通過(guò)與模式植物擬南芥以及7種不同豆科植物的結(jié)合蛋白序列進(jìn)行BLASTn序列比對(duì)，結(jié)果共有55,701個(gè)Unigene獲得注釋，占Unigenes總數(shù)的71.6％。另外，與擬南芥以及7種不同豆科植物分?jǐn)?shù)據(jù)類型Datatype值ValueNumberofUnigenes77,788Numberofsequencesin≤300nt11,463(14.7%)Numberofsequencesin300~2000nt58,998(75.8%)Numberofsequencesin≥2000nt7,327(9.4%)N50value1325ntAveragelengthofUnigenes949nt

第二章紫花苜蓿轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與分析-19-別進(jìn)行BLASTn序列比對(duì)中發(fā)現(xiàn)，結(jié)果表明與紫花苜蓿近緣種蒺藜苜蓿匹配最高（69.6％，54,105/77,788）；與擬南芥序列匹配最低（2.7％，2,133/77,788），其他豆科植物分別為：紅三葉草（49.7％，38,660/77,788）、鷹嘴豆（41.1％，31,976/77,788）、大豆（30.2％，23,472/77,788）、木豆（26.1％，20,310/77,788）、菜豆（23.9％，18,599/77,788）和百脈根（23.2％，18,046/77,788），結(jié)果參見(jiàn)圖2-3。圖2-3紫花苜蓿Unigenes與擬南芥和七種豆科植物的序列相似性比較Fig.2-3SequenceidentitydistributionofMedicagosativaUnigenestoArabidopsisthalianaandsevenleguminousplants

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]土壤鹽堿化的危害及改良方法[J]. 張蓉蓉.  現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2019(21)
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[6]東北草地野大麥對(duì)混合鹽堿脅迫的生理響應(yīng)及轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 宋士偉,焦德志,楊允菲.  草業(yè)科學(xué). 2019(05)
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博士論文
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碩士論文
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[2]蒺藜苜蓿與鷹嘴豆AAAP基因家族的全基因組分析[D]. 曲越.哈爾濱師范大學(xué) 2019
[3]NaHCO3模擬鹽堿混合脅迫下野生大豆轉(zhuǎn)錄組研究[D]. 王洋.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[4]GH3.9基因過(guò)表達(dá)對(duì)擬南芥生長(zhǎng)發(fā)育的影響研究[D]. 周蘋.湖南大學(xué) 2013
[5]不同鹽堿脅迫條件下玉米根部基因的差異表達(dá)譜分析[D]. 曲昕寧.吉林大學(xué) 2012
[6]鹽堿脅迫下羊草轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析[D]. 孫業(yè)鵬.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[7]對(duì)水稻GH3基因突變體fly和大葉傾角突變體lla的初步研究[D]. 曹佳.河北師范大學(xué) 2008



本文編號(hào)：3367187