水平基因轉(zhuǎn)移（Horizontal Gene Transfer,HGT）又稱側(cè)向基因轉(zhuǎn)移（lateral gene transfer,LGT）,是指在具有生殖隔離的物種之間,或細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞器之間遺傳物質(zhì)的交流。水平基因轉(zhuǎn)移事件在原核生物中比較常見,是原核生物進(jìn)化的主要機(jī)制,對(duì)于原核生物抗藥性的傳播和致病性的產(chǎn)生有重要影響。在真核生物中,水平轉(zhuǎn)移基因的研究較少。這是由于真核生物存在細(xì)胞核,有生殖細(xì)胞和體細(xì)胞的分化,減少了真核基因組中發(fā)生水平基因轉(zhuǎn)移的機(jī)會(huì)。對(duì)真核生物水平基因轉(zhuǎn)移的研究,有利于了解外源遺傳物質(zhì)在受體物種中的生物學(xué)功能,對(duì)真核生物的進(jìn)化具有重要意義。豆科植物作為主要糧食和油料作物,具有重要的經(jīng)濟(jì)意義。對(duì)于豆科植物水平基因轉(zhuǎn)移的研究,可以加深對(duì)水平基因轉(zhuǎn)移作為遺傳變異來源的理解,同時(shí)能夠發(fā)現(xiàn)豆科植物通過水平基因轉(zhuǎn)移獲得的基因在豆科植物中的生物學(xué)功能。然而,這方面的研究十分有限。因此,本文以已測序的大豆和苜蓿全基因組的蛋白序列和非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫為材料,采用相似性比對(duì)方法,篩選候選基因,通過系統(tǒng)發(fā)生分析方法進(jìn)一步鑒定這些候選基因,獲得大豆和苜蓿水平轉(zhuǎn)移基因。通過對(duì)這些基因的供體來源、... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：103 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１植物與其他物種水平基因轉(zhuǎn)移的途徑（Ｇａｏｅｔａｌ．２０１３）??Ｆｉｇ?１．１?Ｐａｔｈｗａｙｓ?ｏｆ?ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ?ｇｅｎｅ?ｔｒａｎｓｆｅｒ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｐｌａｎｔｓ?ａｎｄ?ｏｔｈｅｒ?ｏｒｇａｎｉｓｍｓ?（Ｇａｏ?ｅｔ?ａｌ．?２０１３）??

ｅｔａｌ．２０１５）。因此，任何?ＨＧＴ?預(yù)測方法都會(huì)容易出??現(xiàn)假陽性。雖然存在上述的一個(gè)假陽性的問題，但是進(jìn)化樹分析卻是檢測ＨＧＴ事件??最有效的一個(gè)方法。???ａ???Ｇａ??????ｂ???Ｇｈ?????ｃ???Ｇｃ???ｄ?＼?水１＇：轉(zhuǎn)移??Ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ?ｔｒａｎｓｆｅｒｒｅｄ??ｃ?＼／?＇?Ｇｅ???ｆ??——Ｇｆ?????ｇ??〇ｇ???＼?Ｇｄ?—????ｌｉ???ｆｉｌｌ?—??圖１．２進(jìn)化樹分析法判定水平轉(zhuǎn)移基因模式圖（李志江等２００８）??左邊：傳統(tǒng)生物學(xué)分類構(gòu)建的進(jìn)化樹右邊：發(fā)生水平轉(zhuǎn)移基因構(gòu)建的進(jìn)化樹??Ｆｉｇ?１．２?Ｔｈｅ?ｍｏｄｅｌ?ｏｆ?ＨＴＧｓ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ｆｒｏｍ?ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ?ｔｒｅｅ?ｃｏｍｐｒｉｓｏｎ?（Ｌｉ?ｅｔ?ａｌ．?２００８）??１３??

碼子偏倚指數(shù)。通過比較水平轉(zhuǎn)移基因的ＧＣ含量與供體基因組平均值、受體基??因ＧＣ含量差異，了解水平轉(zhuǎn)移過程發(fā)生后，該基因在經(jīng)歷了進(jìn)化過程后ＧＣ含量、??密碼子偏倚性的變化是否會(huì)被受體影響，是否符合水平轉(zhuǎn)移基因趨同進(jìn)化的特征。??大豆／Ｓ蓿蛋白序列－？????Ｂｌａｓｔｌ????豆科植物特有的序列￣｜?｜非豆科植物中相似性序列??ｒ??Ｂｌａｓｔ２??ｉ??真菌、細(xì)菌、動(dòng)物中相似性序列?＿?Ｂｌａｓｔ３?一＾?ｎｒ蛋白數(shù)據(jù)庫??系統(tǒng)發(fā)生分折??獲取水平移基因??圖２．１篩選水平轉(zhuǎn)移基因的基本流程??Ｆｉｇ?２．１?Ｂａｓｉｃ?ｆｌｏｗ?ｏｆ?ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ?ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌｌｙ?ｔｒａｎｓｆｅｒｒｅｄ?ｇｅｎｅｓ??２．４水平轉(zhuǎn)移基因的特征分析??２．４．１水平轉(zhuǎn)移基因的供體分析??鑒定出水平轉(zhuǎn)移基因，下一步就需要對(duì)基因的來源進(jìn)行探究。為了具體研究水平??基因的來源，主要通過構(gòu)建的進(jìn)化樹的方法來觀察。??在一般情況下，在發(fā)生樹上與受體物種距離關(guān)系最近的物種可被認(rèn)為是該基因的??供體物種。對(duì)于供體的研究，有利于了解該基因在供體中的作用，從而進(jìn)一步分析該??基因在受體中的作用。??２．４．２水平轉(zhuǎn)移基因進(jìn)入的時(shí)間分析??在本文中，主要利用豆科植物進(jìn)行分析，而在豆科中水平轉(zhuǎn)移基因會(huì)存在同源基??２１??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]一個(gè)大豆品種資源線粒體基因組的研究[D]. 王衍坤.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012



本文編號(hào)：3323700