甜菜SSR分子標記的開發(fā)應用及差異代謝產(chǎn)物分析
發(fā)布時間:2021-06-17 00:40
甜菜屬于莧科(Amaranthaceae)甜菜屬(Beta L.),一、二年及多年生草本植物。根據(jù)用途可將生產(chǎn)中的栽培型甜菜分糖甜菜、根甜菜、葉甜菜及飼料甜菜。甜菜具有較高的經(jīng)濟價值,如糖甜菜是工業(yè)制糖的原材料,世界上食糖的30%是由糖甜菜生產(chǎn)出來的。根甜菜和葉甜菜食用價值及觀賞價值高,是非常好的園林結(jié)合生產(chǎn)的資源植物。為了能夠很好的開發(fā)利用甜菜資源,本研究通過利用新開發(fā)的高多態(tài)性SSR標記,對搜集到的甜菜種質(zhì)資源進行了遺傳多樣性分析,同時對甜菜的代謝產(chǎn)物進行研究,旨在為我國甜菜種質(zhì)資源深度開發(fā)利用及育種研究奠定研究基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:(1)利用三種栽培型甜菜的5個甜菜品種,通過全基因重測序開發(fā)甜菜基因組InDel標記。獲得InDel標記的分布特征結(jié)果為:5個甜菜品種中分別發(fā)現(xiàn)了 343138、317057、281435、312444和316595個InDel位點。主要分布在基因間區(qū),約占全部位點的55%,其次是基因區(qū)。在基因區(qū)內(nèi),大部分的InDel位點分布在內(nèi)含子中,蛋白質(zhì)編碼區(qū)中分布的InDel位點最少。InDel位點的數(shù)量隨著InDel長度的增加而減少(基因間區(qū)除外),在基因...
【文章來源】:東北林業(yè)大學黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:139 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
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nDel位點,這些InDel位點幾乎都??會引起編碼蛋白質(zhì)的顯著變化。它們中約有1?500個InDel位點導致了刪除或插入,??這將插入或刪除編碼蛋白質(zhì)的一個或幾個氨基酸。大約有600?800個InDel位點??導致了堿基移位,低于100個InDel位點導致了終止密碼子的產(chǎn)生和失去。導致移??碼突變或終止密碼子的產(chǎn)生和失去的InDel位點將大大改變編碼蛋白質(zhì)的序列。??用InDel位點的長度對不同長度InDel位點占位點總數(shù)的百分比作圖,得到??InDel位點在全基因組中的長度分布(圖2-2),隨著InDel位點長度的增加,InDel??位點的數(shù)量將會減少。在基因編碼區(qū)內(nèi),當InDel片段的長度3?bp時,數(shù)量將遠??遠超過其他長度的InDel位點(圖2-1)。??1800?t??OZT000589??1600?'?■ZT000549??1400?-?S/T000286??1200-?麵細??|?OKWSI23!??|?1000?'??5?800?-fy|??600?'?I??400?-?I??0.1,1.?,MW.?-fll.nBi.?I?m?_?Ml.?‘一滅?.[tfl.??I?2?3?4?5?6?7?8?9?10?11?12?13?14?15?16?17?18?19?20?>20??InDel?length?(bp)??圖2-1基因編碼區(qū)InDel長度分布??Fig.?2-1?InDel?length?distribution?of?Gene?coding?region??-6?-??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]紅甜菜葡萄紅棗復合果蔬汁飲料的研制[J]. 郭慶暉,張琨霖,李王強,張靜,郭慶彬,李貞景. 農(nóng)產(chǎn)品加工. 2020(02)
[2]基于氣相色譜-質(zhì)譜的擬靶向代謝組學方法分析大米中脂肪酸[J]. 王希越,明明,連麗麗,張浩,婁大偉. 色譜. 2020(02)
[3]甜菜綜合利用研究進展[J]. 董宇飛,吳玉梅,劉乃新. 輕工科技. 2019(11)
[4]分子標記在園林植物育種中的應用[J]. 李冰敏. 現(xiàn)代園藝. 2019(15)
[5]基于SSR、InDel分子標記的紅甜菜遺傳多樣性分析[J]. 劉蕊,劉乃新,吳玉梅,吳則東,興旺,王秋紅. 中國農(nóng)學通報. 2019(22)
[6]Betatrophin基因多態(tài)性與2型糖尿病的相關(guān)性[J]. 丁藝,李昊翔,徐夢嬌,袁婧,趙麗,王東,楊玲,袁國躍. 江蘇大學學報(醫(yī)學版). 2019(01)
[7]簡化基因組測序技術(shù)研究進展[J]. 胡亞亞,劉蘭服,冀紅柳,韓美坤,焦偉靜,高志遠,馬志民. 江蘇師范大學學報(自然科學版). 2018(04)
[8]木荷基因組SSR位點開發(fā)及初步分析[J]. 林艷,何紫迪,毛積鵬,蔣開彬,王金榜,黃少偉. 熱帶作物學報. 2018(09)
[9]基于全基因組序列的馬鈴薯SSR標記開發(fā)與連鎖圖譜加密[J]. 肖桂林,徐竹清,曹紅菊,李竟才,夏軍輝,宋波濤. 園藝學報. 2018(08)
[10]紅甜菜果醋生產(chǎn)工藝的研究[J]. 張忠平,楊旭. 中國調(diào)味品. 2018(08)
博士論文
[1]玉米—大芻草分離群體代謝組遺傳結(jié)構(gòu)解析[D]. 李坤.華中農(nóng)業(yè)大學 2019
[2]甜菜素植物—紅莧菜中過氧化氫酶—酚氧化酶的鑒定[D]. 滕曉鹿.中國農(nóng)業(yè)大學 2016
[3]小麥BSR-Seq基因定位技術(shù)體系的建立和應用與粗山羊草3DS染色體臂序列分析[D]. 謝菁忠.中國農(nóng)業(yè)大學 2016
[4]基于SSR、SNP和形態(tài)學標記的甘薯種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 楊新筍.中國農(nóng)業(yè)大學 2016
[5]油菜溶血磷脂酰膽堿;D(zhuǎn)移酶基因分離及酶活性分析[D]. 鄭倩.華中農(nóng)業(yè)大學 2011
[6]若干皂苷衍生物的合成和生物活性研究及天然產(chǎn)物Betavulgaroside Ⅲ的全合成[D]. 朱石磊.中國海洋大學 2008
碩士論文
[1]基于UPLC-QTOF/MS方法的小麥發(fā)芽過程的代謝產(chǎn)物分析[D]. 王麗娜.中國農(nóng)業(yè)科學院 2019
[2]三種黃酮類化合物抑制a-葡萄糖苷酶活性和晚期糖基化終末產(chǎn)物生成作用研究[D]. 何勇林.遼寧大學 2019
[3]瓜蔞皮總皂苷的提取及生物學功能的研究[D]. 劉明.阜陽師范學院 2018
[4]菠菜高密度遺傳圖譜構(gòu)建及性別決定基因X/Y的精細定位[D]. 范桂彥.中國農(nóng)業(yè)科學院 2017
[5]茄科植物資源調(diào)查與園林應用評價[D]. 林華.福建農(nóng)林大學 2015
[6]柚類果實檸檬苦素類化合物組分鑒別、分離純化及生物活性研究[D]. 向羽.浙江大學 2014
[7]磁珠富集法開發(fā)菜豆SSR引物[D]. 丁立紅.華中農(nóng)業(yè)大學 2013
[8]菊花栽培品種遺傳多樣性的AFLP分析及SSR分子標記的開發(fā)[D]. 劉路賢.河南大學 2013
[9]散沫花素-HPMA共聚抗癌藥物和支化聚乙烯載體合成[D]. 賈宗.西北師范大學 2013
[10]甜菜單體附加系傳遞和遺傳變異特性分析[D]. 唐國強.黑龍江大學 2007
本文編號:3234106
【文章來源】:東北林業(yè)大學黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:139 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
圖1-2葉甜菜盆栽??Fig?1?-2?Pot?culture?of?leaf?beet??(1-3)
?東北林業(yè)大學博士學位論文???_伽^''?滅k#遽??圖1-3作為地被植物用于園林景觀??Fig?1-3?Used?as?ground?cover?in?landscape??圖丨-4特色葉甜菜與其他植物搭配造景??Fig?1-4?Characteristic?leaf?beet?with?other?plants?to?create?the?scene??m??圖1-5利用地形組合盆栽圍合形成小環(huán)境??Figl-5?The?small?environment?is?formed?by?using?the?terrain?combination?potted?enclosure??-6?-??
nDel位點,這些InDel位點幾乎都??會引起編碼蛋白質(zhì)的顯著變化。它們中約有1?500個InDel位點導致了刪除或插入,??這將插入或刪除編碼蛋白質(zhì)的一個或幾個氨基酸。大約有600?800個InDel位點??導致了堿基移位,低于100個InDel位點導致了終止密碼子的產(chǎn)生和失去。導致移??碼突變或終止密碼子的產(chǎn)生和失去的InDel位點將大大改變編碼蛋白質(zhì)的序列。??用InDel位點的長度對不同長度InDel位點占位點總數(shù)的百分比作圖,得到??InDel位點在全基因組中的長度分布(圖2-2),隨著InDel位點長度的增加,InDel??位點的數(shù)量將會減少。在基因編碼區(qū)內(nèi),當InDel片段的長度3?bp時,數(shù)量將遠??遠超過其他長度的InDel位點(圖2-1)。??1800?t??OZT000589??1600?'?■ZT000549??1400?-?S/T000286??1200-?麵細??|?OKWSI23!??|?1000?'??5?800?-fy|??600?'?I??400?-?I??0.1,1.?,MW.?-fll.nBi.?I?m?_?Ml.?‘一滅?.[tfl.??I?2?3?4?5?6?7?8?9?10?11?12?13?14?15?16?17?18?19?20?>20??InDel?length?(bp)??圖2-1基因編碼區(qū)InDel長度分布??Fig.?2-1?InDel?length?distribution?of?Gene?coding?region??-6?-??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]紅甜菜葡萄紅棗復合果蔬汁飲料的研制[J]. 郭慶暉,張琨霖,李王強,張靜,郭慶彬,李貞景. 農(nóng)產(chǎn)品加工. 2020(02)
[2]基于氣相色譜-質(zhì)譜的擬靶向代謝組學方法分析大米中脂肪酸[J]. 王希越,明明,連麗麗,張浩,婁大偉. 色譜. 2020(02)
[3]甜菜綜合利用研究進展[J]. 董宇飛,吳玉梅,劉乃新. 輕工科技. 2019(11)
[4]分子標記在園林植物育種中的應用[J]. 李冰敏. 現(xiàn)代園藝. 2019(15)
[5]基于SSR、InDel分子標記的紅甜菜遺傳多樣性分析[J]. 劉蕊,劉乃新,吳玉梅,吳則東,興旺,王秋紅. 中國農(nóng)學通報. 2019(22)
[6]Betatrophin基因多態(tài)性與2型糖尿病的相關(guān)性[J]. 丁藝,李昊翔,徐夢嬌,袁婧,趙麗,王東,楊玲,袁國躍. 江蘇大學學報(醫(yī)學版). 2019(01)
[7]簡化基因組測序技術(shù)研究進展[J]. 胡亞亞,劉蘭服,冀紅柳,韓美坤,焦偉靜,高志遠,馬志民. 江蘇師范大學學報(自然科學版). 2018(04)
[8]木荷基因組SSR位點開發(fā)及初步分析[J]. 林艷,何紫迪,毛積鵬,蔣開彬,王金榜,黃少偉. 熱帶作物學報. 2018(09)
[9]基于全基因組序列的馬鈴薯SSR標記開發(fā)與連鎖圖譜加密[J]. 肖桂林,徐竹清,曹紅菊,李竟才,夏軍輝,宋波濤. 園藝學報. 2018(08)
[10]紅甜菜果醋生產(chǎn)工藝的研究[J]. 張忠平,楊旭. 中國調(diào)味品. 2018(08)
博士論文
[1]玉米—大芻草分離群體代謝組遺傳結(jié)構(gòu)解析[D]. 李坤.華中農(nóng)業(yè)大學 2019
[2]甜菜素植物—紅莧菜中過氧化氫酶—酚氧化酶的鑒定[D]. 滕曉鹿.中國農(nóng)業(yè)大學 2016
[3]小麥BSR-Seq基因定位技術(shù)體系的建立和應用與粗山羊草3DS染色體臂序列分析[D]. 謝菁忠.中國農(nóng)業(yè)大學 2016
[4]基于SSR、SNP和形態(tài)學標記的甘薯種質(zhì)資源遺傳多樣性研究[D]. 楊新筍.中國農(nóng)業(yè)大學 2016
[5]油菜溶血磷脂酰膽堿;D(zhuǎn)移酶基因分離及酶活性分析[D]. 鄭倩.華中農(nóng)業(yè)大學 2011
[6]若干皂苷衍生物的合成和生物活性研究及天然產(chǎn)物Betavulgaroside Ⅲ的全合成[D]. 朱石磊.中國海洋大學 2008
碩士論文
[1]基于UPLC-QTOF/MS方法的小麥發(fā)芽過程的代謝產(chǎn)物分析[D]. 王麗娜.中國農(nóng)業(yè)科學院 2019
[2]三種黃酮類化合物抑制a-葡萄糖苷酶活性和晚期糖基化終末產(chǎn)物生成作用研究[D]. 何勇林.遼寧大學 2019
[3]瓜蔞皮總皂苷的提取及生物學功能的研究[D]. 劉明.阜陽師范學院 2018
[4]菠菜高密度遺傳圖譜構(gòu)建及性別決定基因X/Y的精細定位[D]. 范桂彥.中國農(nóng)業(yè)科學院 2017
[5]茄科植物資源調(diào)查與園林應用評價[D]. 林華.福建農(nóng)林大學 2015
[6]柚類果實檸檬苦素類化合物組分鑒別、分離純化及生物活性研究[D]. 向羽.浙江大學 2014
[7]磁珠富集法開發(fā)菜豆SSR引物[D]. 丁立紅.華中農(nóng)業(yè)大學 2013
[8]菊花栽培品種遺傳多樣性的AFLP分析及SSR分子標記的開發(fā)[D]. 劉路賢.河南大學 2013
[9]散沫花素-HPMA共聚抗癌藥物和支化聚乙烯載體合成[D]. 賈宗.西北師范大學 2013
[10]甜菜單體附加系傳遞和遺傳變異特性分析[D]. 唐國強.黑龍江大學 2007
本文編號:3234106
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