水稻是世界上重要的糧食作物之一。在過去的六十年里,水稻的育種和生產(chǎn)經(jīng)歷了兩次重大的突破,一是矮桿品種的培育和應用,二是雜交水稻的創(chuàng)制與利用。這兩次突破使水稻的單產(chǎn)水平增加了兩倍以上。目前,雜交稻的培育已經(jīng)十分普遍,然而雜交稻親本選擇卻往往依靠大規(guī)模隨機測配,如何提高配組效率是亟待解決的問題,從已經(jīng)投入使用的雜交稻中找出普遍規(guī)律有望幫助解答該問題。本研究中,我們收集了近年在全國范圍內(nèi)大面積種植的165份雜交稻品種,并對谷殼測序獲得了其親本的基因型。從雜交稻親本的群體結(jié)構(gòu)、受選擇位點、與表型關聯(lián)的位點及其在雜種中的效應等方面入手進行分析,以期為雜交稻選育提供宏觀的基因組學角度的參考信息。本研究獲得的主要結(jié)果如下:1. 利用創(chuàng)新的方式獲得了雜交稻的雙親基因型數(shù)據(jù)。對2011-2015年推廣面積較大的165份雜交稻品種進行測序獲得基因組數(shù)據(jù),從谷殼中提取了高質(zhì)量的基因組DNA進行測序獲得母本基因組數(shù)據(jù)。根據(jù)F₁和母本的對應關系,制定推斷規(guī)則,獲得了父本基因型。用12份人工構(gòu)建的測試雜交種數(shù)據(jù)對提取、補缺、推斷步驟進行評估,獲得推斷正確率約為97%,推斷父本的缺失率均值在5... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.1兩系雜交稻與三系雜交稻制種示意圖

2.1 材料 2.1.1 材料來源 本研究收集了 227 份近些年在全國推廣面積較大的市場雜交稻材料，這些材料的地區(qū)分布如圖 2.1 所示，主要包括湖北、安徽、四川、福建、湖南、浙江等地區(qū)。我們通過 48 對 SSR 標記檢測獲得了種子純度，同時根據(jù) SSR 標記計算兩兩材料間的遺傳距離，判斷種子是否為套牌品種。將純度小于 0.96 的品種及套牌品種去除后，共得到 165 份雜交稻。

近年大面積種植的雜交稻及其親本的群體遺傳分析19圖2.2獲取雙親基因型的流程圖Fig.2.2Flowchartforobtainingparentalgenotypes表2.1父本推斷策略Table2.1StrategyofInferringPaternalLinesF1基因型GenotypeofF1母本基因型Genotypeoffemale推斷父本基因型GenotypeofmaleX1X1X1X1X1X1X2X1X1X2X1X2X1X2X3N為了更好的評估父本推斷的結(jié)果，我們用已知基因型的純系構(gòu)建了12個人工測試F1數(shù)據(jù)集。具體操作是將兩個純系的比對后bam文件進行合并，再提取基因型，和真實雜交稻數(shù)據(jù)經(jīng)歷了同樣的補缺和親本推斷操作后，將獲得的推斷親本與真實提取并補缺的純系基因型進行比較，計算準確率。人工構(gòu)建數(shù)據(jù)集如表2.2所示。數(shù)據(jù)集包括7個秈秈配對、2個秈粳配對、2個粳粳配對和1個秋

【參考文獻】：
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