為了解OFP（Ovate family proteins）基因家族在高粱基因組中的特征,本研究利用生物信息學(xué)方法對高粱OFP基因家族進行了家族成員鑒定,進化關(guān)系分析,基因定位,保守motif分析,基因結(jié)構(gòu)、功能啟動子元件、基因共線性以及鹽脅迫條件下的表達特征進行了分析。結(jié)果表明:高粱中鑒定得到37個OFP基因,編碼139～543個氨基酸,分子量大小在15.379 88～60.055 64 kD之間,等電點為4.49～11.62,均為親水蛋白;通過系統(tǒng)發(fā)育分析發(fā)現(xiàn),該家族基因可分為三大類,分別包含高粱OFP家族13、8、16個基因;該家族成員在高粱10條染色體上呈不均勻分布,其中3號染色體上分布最多,含有10個SbOFP基因;該家族蛋白保守結(jié)構(gòu)域基本由Motif1和Motif2組成,有13個基因同時具有干旱誘導(dǎo)響應(yīng)元件（MBS）、脫落酸響應(yīng)元件（ABRE）和茉莉酸甲酯響應(yīng)元件（CGTCA-motif和TGACG-motif）;高粱內(nèi)部有20對共線性基因,與水稻、谷子和玉米共線性基因個數(shù)分別為27、27、32。脅迫發(fā)現(xiàn)SORBI₃005G042800、SORBI

【文章來源】：河北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2020,43(03)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

高粱、水稻、谷子和玉米OFP基因家族成員的系統(tǒng)發(fā)育樹

根據(jù)基因的染色體定位信息（圖2），發(fā)現(xiàn)高粱的10條染色體上包含了其OFPs家族的所有37個基因，且呈不均勻分布，從單條染色體來看，3號染色體上分布最多，含有10個SbOFPs基因，其次是1號和9號均為7個SbOFPs基因分布，2號、5號、8號均含有2個SbOFPs基因，4號、7號和10號所含SbOFPs基因最少均只有1個。總體來看，大多數(shù)的高粱OFP基因分布在染色體的兩端區(qū)域且表現(xiàn)聚集趨勢。2.4 高粱OFP基因家族保守基序和基因結(jié)構(gòu)分析

對高粱的OFP家族蛋白序列進行保守基序分析（圖3B）。結(jié)果顯示，除SORBI＿3003G262000只有Motif1保守基序以外，其它OFP家族蛋白保守結(jié)構(gòu)域均含有Motif1和Motif2，另外還有其它的Motif類型分別存在于26個基因中。值得注意的是，SORBI＿3009G095800、SORBI＿3009G173400和SORBI＿3003G339100 3個基因不僅具有OFP家族共有的保守結(jié)構(gòu)域，還具有DNA＿binding＿2結(jié)構(gòu)域。另外，對37個高粱OFP基因家族成員的結(jié)構(gòu)分析顯示（圖3C），基因的內(nèi)含子數(shù)和外顯子數(shù)在高粱OFP基因家族中存在很大的差異，SORBI＿3009G247500、SORBI＿3010G247900、SORBI＿3003G262000、SORBI＿3006G096600、SORBI＿3002G417700、SORBI＿3006G073800和SORBI＿3003G365900含有1個內(nèi)含子，其長度相對較短，SORBI＿3008G042100含有2個內(nèi)含子，其余成員則不包含內(nèi)含子。2.5 啟動子順式作用元件預(yù)測分析

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]水稻OsOFP轉(zhuǎn)錄因子家族基因克隆與功能分析[D]. 于慧.吉林大學(xué) 2015

碩士論文
[1]擬南芥轉(zhuǎn)錄因子AtOFP8在干旱脅迫下的功能分析[D]. 唐堯.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018



本文編號：3218695