基于lncRNA測序分析K型細胞質(zhì)溫敏雄性不育小麥KTM3315A的育性轉(zhuǎn)換分子機理
發(fā)布時間:2021-06-05 18:09
KTM3315A屬于非1B/1R類型的K型小麥雄性不育系,具有粘果山羊草的細胞質(zhì)背景,含有莫迦小麥1BS染色體上的T型育性恢復基因Rf3和K型育性恢復基因rfv1,其育性具有生態(tài)敏感性,屬YM型小麥溫敏細胞質(zhì)雄性不育系,在小麥兩系雜交育種中具有一定的應用潛力,已有學者對其形態(tài)及生理做出相關(guān)研究,但是其育性轉(zhuǎn)換的分子機制仍然尚待研究。本實驗的目的在于通過多方面分析驗證,初步揭示KTM3315A的育性轉(zhuǎn)換分子機理,為更有效地利用和改善KTM3315A提供理論依據(jù),也期望為小麥溫敏雄性不育系的研究有所貢獻。本實驗利用在不同溫度條件下的不育系KTM3315A在育性轉(zhuǎn)換關(guān)鍵時期的花藥進行l(wèi)ncRNA測序分析,旨在通過生物信息學分析差異表達mRNA,對其進行功能富集分析,確定育性轉(zhuǎn)換的候選基因和關(guān)鍵代謝通路;并通過分析lncRNA的測序結(jié)果,對lncRNA的靶基因進行預測,根據(jù)靶基因差異表達情況進行生物信息學分析,推測lncRNA調(diào)控育性轉(zhuǎn)換的作用機制;除此之外還對三個發(fā)育時期的育性轉(zhuǎn)換相關(guān)基因進行了qRT-PCR測定。獲得以下研究結(jié)果:1、完成6個樣品的長鏈非編碼RNA測序,共獲得72.72Gb...
【文章來源】:西北農(nóng)林科技大學陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:73 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
KTM3315A在不同育性條件下(AF:A-C,AS:D-F)植物花藥和雌蕊外部形態(tài)特征的比較
5A 在不同育性條件下(AF:A-C,AS:D-F)植物花藥和雌蕊外部A,D:單核晚期;B,E:二核期;C,F(xiàn):三核期 Bar,0.5mmrison of plant anther and pistil external morphological characteristicsunder the different fertility condition (AF: A-C, AS: D-F) uninucleate stage;B,E: binucleate stage;C,F: trinucleate stage
2-3 不同育性條件下(AF:A-E,AS:F-J)的 KTM3315A 的花粉細胞的 DAPI 染色A,F(xiàn):四分體; B,G:單核早期; C,H:單核晚期; D,I:二核期; E,J:三核期ig. 2-3 Comparison of DAPI-stained of pollen of KTM3315A under the different fertility co-E, AS: F-J). A,F(xiàn):tetrad stage;B,G:early uninucleate stage;C,H: later uninucleaD,I:binucleate stage;E,J:trinucleate stage 測序質(zhì)量的評估估測序質(zhì)量主要根據(jù)以下幾個指標:Total Reads:按單端計算的 Clean Readed Reads:比對到參考基因組上的 Reads 數(shù)目及在 Clean Reads 中占的百分比ed Reads:比對到參考基因組唯一位置的 Reads 數(shù)目及在 Clean Reads 中占C(%):Clean Data GC 含量,是指總堿基中 G 和 C 兩種堿基的百分比;N中未分辨堿基占的百分比;Q30(%):質(zhì)量值大于或等于 Q30 的堿基占比。比對效率指比對上的 Reads 占 Clean Reads 的百分比,是數(shù)據(jù)利用率。經(jīng)過測序質(zhì)量控制,共得到 72.72Gb Clean Data,各樣品 Clean Data Gb,Q30 堿基百分比在 95.52%及以上,GC 含量范圍從 53.89 到 55.06,各 與參考基因組的比對效率從 65.85%到 70.51%不等。每個樣本的數(shù)據(jù)輸出
【參考文獻】:
期刊論文
[1]溶藻弧菌TssJ基因的原核表達及多克隆抗體制備[J]. 范雪亭,許悅,孫云,周永燦,王世鋒,謝珍玉. 海南大學學報(自然科學版). 2016(02)
[2]基于改進型魚群算法的番茄光環(huán)境調(diào)控目標值模型[J]. 胡瑾,閆柯,何東健,張海輝,辛萍萍,陶彥蓉. 農(nóng)業(yè)機械學報. 2016(01)
[3]LncRNA與miRNA的交互作用及調(diào)控機制對腫瘤發(fā)生與發(fā)展過程的影響[J]. 芮強,何震宇. 醫(yī)學綜述. 2015(09)
[4]茉莉素調(diào)控植物生長發(fā)育的研究進展[J]. 馮孟杰,徐恒,張華,朱英. 植物生理學報. 2015(04)
[5]小麥經(jīng)濟價值及栽培特性分析[J]. 孫小龍. 北京農(nóng)業(yè). 2015(02)
[6]atp1基因在小麥BNS雄性不育系和自身轉(zhuǎn)換系中的差異表達[J]. 趙大華,孫慧慧,于同英,李友勇. 生命科學研究. 2014(06)
[7]2013年中國植物科學若干領(lǐng)域重要研究進展[J]. 袁明,瞿禮嘉,王小菁,錢前,楊維才,王臺,孔宏智,蔣高明,種康. 植物學報. 2014(04)
[8]植物的環(huán)境信號分子茉莉酸及其生物學功能[J]. 李夢莎,閻秀峰. 生態(tài)學報. 2014(23)
[9]花粉壁發(fā)育相關(guān)基因的研究進展[J]. 馬伯軍,劉程捷,陳析豐,程祝寬. 浙江師范大學學報(自然科學版). 2013(04)
[10]Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu[J]. Science Foundation in China. 2013(02)
博士論文
[1]電針深刺“腰突五穴”有效治療腰椎間盤突出癥的數(shù)字基因表達譜及分子網(wǎng)絡(luò)研究[D]. 王奕力.北京中醫(yī)藥大學 2016
[2]GSN抑制肝癌細胞凋亡并促進肝癌細胞浸潤轉(zhuǎn)移的研究[D]. 周怡.廣西醫(yī)科大學 2014
碩士論文
[1]基于二代測序的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析方法的比較研究[D]. 石浩然.四川農(nóng)業(yè)大學 2016
[2]芥菜抗蕪菁花葉病毒種質(zhì)鑒定與抗性基因定位研究[D]. 馬偉偉.浙江大學 2015
[3]小麥BNS溫敏雄性不育相關(guān)蛋白及基因的差異表達分析[D]. 蘇晴.河南科技學院 2012
[4]基于RNA-Seq技術(shù)的人轉(zhuǎn)錄組分析研究[D]. 陳超.中南大學 2011
[5]棉花細胞質(zhì)雄性不育系線粒體基因組細菌人工染色體文庫的構(gòu)建及其鑒定[D]. 代培紅.新疆農(nóng)業(yè)大學 2007
[6]激素及其相關(guān)酶與棉花細胞質(zhì)雄性不育的關(guān)系[D]. 解海巖.浙江大學 2006
[7]大豆雄性不育恢復育性相關(guān)基因AFLP差異片段的篩選、克隆和SCAR轉(zhuǎn)換[D]. 王青山.華南熱帶農(nóng)業(yè)大學 2006
本文編號:3212651
【文章來源】:西北農(nóng)林科技大學陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:73 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
KTM3315A在不同育性條件下(AF:A-C,AS:D-F)植物花藥和雌蕊外部形態(tài)特征的比較
5A 在不同育性條件下(AF:A-C,AS:D-F)植物花藥和雌蕊外部A,D:單核晚期;B,E:二核期;C,F(xiàn):三核期 Bar,0.5mmrison of plant anther and pistil external morphological characteristicsunder the different fertility condition (AF: A-C, AS: D-F) uninucleate stage;B,E: binucleate stage;C,F: trinucleate stage
2-3 不同育性條件下(AF:A-E,AS:F-J)的 KTM3315A 的花粉細胞的 DAPI 染色A,F(xiàn):四分體; B,G:單核早期; C,H:單核晚期; D,I:二核期; E,J:三核期ig. 2-3 Comparison of DAPI-stained of pollen of KTM3315A under the different fertility co-E, AS: F-J). A,F(xiàn):tetrad stage;B,G:early uninucleate stage;C,H: later uninucleaD,I:binucleate stage;E,J:trinucleate stage 測序質(zhì)量的評估估測序質(zhì)量主要根據(jù)以下幾個指標:Total Reads:按單端計算的 Clean Readed Reads:比對到參考基因組上的 Reads 數(shù)目及在 Clean Reads 中占的百分比ed Reads:比對到參考基因組唯一位置的 Reads 數(shù)目及在 Clean Reads 中占C(%):Clean Data GC 含量,是指總堿基中 G 和 C 兩種堿基的百分比;N中未分辨堿基占的百分比;Q30(%):質(zhì)量值大于或等于 Q30 的堿基占比。比對效率指比對上的 Reads 占 Clean Reads 的百分比,是數(shù)據(jù)利用率。經(jīng)過測序質(zhì)量控制,共得到 72.72Gb Clean Data,各樣品 Clean Data Gb,Q30 堿基百分比在 95.52%及以上,GC 含量范圍從 53.89 到 55.06,各 與參考基因組的比對效率從 65.85%到 70.51%不等。每個樣本的數(shù)據(jù)輸出
【參考文獻】:
期刊論文
[1]溶藻弧菌TssJ基因的原核表達及多克隆抗體制備[J]. 范雪亭,許悅,孫云,周永燦,王世鋒,謝珍玉. 海南大學學報(自然科學版). 2016(02)
[2]基于改進型魚群算法的番茄光環(huán)境調(diào)控目標值模型[J]. 胡瑾,閆柯,何東健,張海輝,辛萍萍,陶彥蓉. 農(nóng)業(yè)機械學報. 2016(01)
[3]LncRNA與miRNA的交互作用及調(diào)控機制對腫瘤發(fā)生與發(fā)展過程的影響[J]. 芮強,何震宇. 醫(yī)學綜述. 2015(09)
[4]茉莉素調(diào)控植物生長發(fā)育的研究進展[J]. 馮孟杰,徐恒,張華,朱英. 植物生理學報. 2015(04)
[5]小麥經(jīng)濟價值及栽培特性分析[J]. 孫小龍. 北京農(nóng)業(yè). 2015(02)
[6]atp1基因在小麥BNS雄性不育系和自身轉(zhuǎn)換系中的差異表達[J]. 趙大華,孫慧慧,于同英,李友勇. 生命科學研究. 2014(06)
[7]2013年中國植物科學若干領(lǐng)域重要研究進展[J]. 袁明,瞿禮嘉,王小菁,錢前,楊維才,王臺,孔宏智,蔣高明,種康. 植物學報. 2014(04)
[8]植物的環(huán)境信號分子茉莉酸及其生物學功能[J]. 李夢莎,閻秀峰. 生態(tài)學報. 2014(23)
[9]花粉壁發(fā)育相關(guān)基因的研究進展[J]. 馬伯軍,劉程捷,陳析豐,程祝寬. 浙江師范大學學報(自然科學版). 2013(04)
[10]Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu[J]. Science Foundation in China. 2013(02)
博士論文
[1]電針深刺“腰突五穴”有效治療腰椎間盤突出癥的數(shù)字基因表達譜及分子網(wǎng)絡(luò)研究[D]. 王奕力.北京中醫(yī)藥大學 2016
[2]GSN抑制肝癌細胞凋亡并促進肝癌細胞浸潤轉(zhuǎn)移的研究[D]. 周怡.廣西醫(yī)科大學 2014
碩士論文
[1]基于二代測序的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析方法的比較研究[D]. 石浩然.四川農(nóng)業(yè)大學 2016
[2]芥菜抗蕪菁花葉病毒種質(zhì)鑒定與抗性基因定位研究[D]. 馬偉偉.浙江大學 2015
[3]小麥BNS溫敏雄性不育相關(guān)蛋白及基因的差異表達分析[D]. 蘇晴.河南科技學院 2012
[4]基于RNA-Seq技術(shù)的人轉(zhuǎn)錄組分析研究[D]. 陳超.中南大學 2011
[5]棉花細胞質(zhì)雄性不育系線粒體基因組細菌人工染色體文庫的構(gòu)建及其鑒定[D]. 代培紅.新疆農(nóng)業(yè)大學 2007
[6]激素及其相關(guān)酶與棉花細胞質(zhì)雄性不育的關(guān)系[D]. 解海巖.浙江大學 2006
[7]大豆雄性不育恢復育性相關(guān)基因AFLP差異片段的篩選、克隆和SCAR轉(zhuǎn)換[D]. 王青山.華南熱帶農(nóng)業(yè)大學 2006
本文編號:3212651
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