發(fā)布時間：2021-04-16 11:01

　　長鏈非編碼RNA是指長度大于200nt的非編碼RNA,其分子結(jié)構(gòu)同mRNA較類似,具有5’端帽子和3’端ploy A尾巴。長鏈非編碼RNA的生物學(xué)功能較多,它可以作為信號分子、誘餌分子、引導(dǎo)分子、支架分子來調(diào)節(jié)基因表達。近年來,隨著高通量測序的廣泛運用,植物長鏈非編碼RNA的研究也取得了較大進展。棉花纖維作為最重要的天然纖維,在國計民生中起著舉足輕重的作用;棉花纖維是種皮毛,纖維素含量90%以上,作為最長的單細(xì)胞之一,是研究細(xì)胞分化和伸長,同時也是研究次生壁沉積和纖維素合成的模式細(xì)胞。而目前,關(guān)于長鏈非編碼RNA如何影響棉花纖維發(fā)育的研究為數(shù)不多。2015年王茂軍博士通過分析棉花轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),鑒定出棉花纖維不同發(fā)育時期高量表達的共11個lncRNA,本研究基于王茂軍的研究結(jié)果,以其中5個纖維起始期優(yōu)勢表達的lncRNA作為研究對象,獲得了棉花RNAi轉(zhuǎn)基因系,并對這些lncRNA的功能進行了初步研究。具體結(jié)果如下:1、利用公共數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù),對纖維起始優(yōu)勢表達的5個lncRNA的在陸地棉中表達模式進行分析,發(fā)現(xiàn)3個lncRNA在0DPA的表達量明顯高于其他組織。其中Ghir_A

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

1lncRNA分類(Knolletal2015)

圖 2.7 RNA 測序?qū)嶒灹鞒蘁ig. 2.7 The process of RNA sequencing experiment將測序完成的 Clean data 與棉花陸地棉基因組進行序列比對，獲得不同樣因的表達量數(shù)據(jù)，進一步將轉(zhuǎn)基因株系材料與陰性和野生型材料的基因數(shù)行比較獲得 GFOLD Value，據(jù)此選擇各組差異比較結(jié)果中共有的差異基因差異基因 1396 個，其中上調(diào)表達的 652 個，下調(diào)表達的 744 個，將這些差行 GO(Gene ontology)和 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。根據(jù) GO 結(jié)合 blast2G 軟件來對差異基因序列進行 GO 注釋(http:logy．org/)，GO 注釋結(jié)果分為三部分，分別是生物進程、細(xì)胞組分和分子用 WEGO 軟件對 GO 注釋結(jié)果進行分類。KEGG(http://www.genome.jp/類存儲和基因的代謝功能相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫。先利用 Trans Decoder 軟件將序列翻譯成蛋白序列，然后用 KAAS 軟件對蛋白序列進行代謝通路分析與

本實驗室王茂軍博士通過分析公共數(shù)據(jù)庫中棉花纖維發(fā)育各時期轉(zhuǎn)錄組(Wang et al 2015a)，從海島棉轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中篩選出 11 個與棉花纖維發(fā)育相關(guān)lncRNA，選擇其中 5 個纖維起始相關(guān) lncRNA 作為研究對象(在海島棉中編號分別為Gbar_A06G015800、Gbar_D08G008660、Gbar_D10G024620、Gbar_D07G016940、Gbar_D01G000140)。接著，通過 Cotton FGD 在線工具進行檢索，找到它們在陸地棉中 的同源 基因(同源度最高 的對 應(yīng)基因 編號分別為 Ghir_A06G015820 、Ghir_D08G008390、Ghir_D10G024980、Ghir_A01G011040、Ghir_D01G000190)。然后，從公共數(shù)據(jù)庫中提取這些 lncRNA 在陸地棉中的表達譜并制成熱圖(如圖 3.1.1)，從圖中可以看到 3 個 lncRNA 在 0 DPA 的表達量明顯高于其他組織；其中Ghir_A01G011040 表達量最高，在 0 DPA 和 5 DPA 的 FPKM 值分別為 215.11、36.85；Ghir_D08G008390 表達量最低，在 0 DPA 的 FPKM 值為 0.36。因此推測這些 lncRNA可能在纖維起始期起到一定作用。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Transcriptome analysis reveals long noncoding RNAs involved in fiber development in cotton （Gossypium arboreum）[J]. Changsong Zou,Qiaolian Wang,Cairui Lu,Wencui Yang,Youping Zhang,Hailiang Cheng,Xiaoxu Feng,Mtawa Andrew Prosper,Guoli Song.  Science China（Life Sciences）. 2016(02)
[2]一個棉花類受體蛋白激酶基因的克隆與表達分析[J]. 楊郁文,何冰,張保龍,倪萬潮.  棉花學(xué)報. 2011(01)

博士論文
[1]多組學(xué)數(shù)據(jù)揭示棉花纖維發(fā)育的遺傳學(xué)和表觀遺傳學(xué)基礎(chǔ)[D]. 王茂軍.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]棉花遺傳轉(zhuǎn)化體系的優(yōu)化及突變體的創(chuàng)制[D]. 金雙俠.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006

碩士論文
[1]水稻種子發(fā)育相關(guān)的lncRNAs的鑒定及其功能研究[D]. 羅榮劍.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2018



本文編號：3141302