小麥?zhǔn)鞘澜缈偖a(chǎn)量僅次于玉米的第二大糧食作物,是世界最重要的三大糧食作物之一。低溫會給植物產(chǎn)量帶來巨大損失,是制約植物地理分布和生長發(fā)育的根本要素之一。麥穗形態(tài)是影響小麥產(chǎn)量的主要農(nóng)藝性狀之一,因此穗型的研究對于提高小麥產(chǎn)量有很重要的意義。目前關(guān)于小麥抗寒的分子生物學(xué)研究相對較熱,但并不全面,仍需進(jìn)一步更全面系統(tǒng)的研究。關(guān)于小麥穗部性狀方面的分子生物學(xué)研究更少。本研究使用Illumina HiSeq高通量測序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,并利用生物信息學(xué)軟件對其進(jìn)行分析。具體結(jié)果如下:1.利用經(jīng)冷處理的淮麥18和京核1號的根莖葉以及未經(jīng)處理的莖葉分別建立cDNA文庫,進(jìn)行RNA-seq測序,十個樣品Clean Data均達(dá)到7.16Gb,經(jīng)檢測Q30均在87.05%及以上。利用TopHat將各樣品的Clean Reads回貼到中國春小麥基因組進(jìn)行序列比對,都在63.13%到72.77%。2.使用Cufflinks軟件優(yōu)化Mapped Reads的基因結(jié)構(gòu)并且探索新基因,共優(yōu)化了14298個基因的結(jié)構(gòu),發(fā)掘新基因12897個,經(jīng)與NR、Swiss-Prot、GO、COG、KOG和KEGG數(shù)據(jù)庫比對后... 

【文章來源】：山西農(nóng)業(yè)大學(xué)山西省

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２轉(zhuǎn)錄組測序的技術(shù)流程圖??Ｆｉｇ．２?Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ??２．２．４．４差異表達(dá)基因注釋??

２．３．１冷舍處理后比對結(jié)果??所選四個品種在經(jīng)過一周的冷害處理后，成活率最高的為京核１號，成活率最差??的為淮麥１８。山農(nóng)１２９和中麥１７５居中。長勢情況如圖３所示，所以選擇淮麥１８和??京核丨號做轉(zhuǎn)錄組測序分析。??＿爾＿，兩合??圖３冷處理后各品種長勢??Ｆｉｇ．３?Ｇｒｏｗｔｈ?ｏｆ?ｅａｃｈ?ｖａｒｉａｔｉｅｓ?ａｆｔｅｒ?ｃｏｌｄ?ｔｒｅａｔｍｅｎｔ??２．３．２轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)??本次試驗一共對１０個樣本進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序，得到８８．４５Ｇｂ?Ｃｌｅａｎ?Ｄａｔａ，每個樣??品Ｃｌｅａｎ?Ｄａｔａ都達(dá)到７．１６Ｇｂ，測序質(zhì)量的控制是通過測序的堿基質(zhì)量值（Ｑｕａｌｉｔｙ?Ｓｃｏｒｅ??或Ｑ－ｓｃｏｒｅ）來反映的，它是堿基識別出錯概率的整數(shù)映射，Ｑ－ｓｃｏｒｅ越高則說明堿基??識別的準(zhǔn)確度越高。本次試驗Ｑ３０（即堿基識別精度達(dá)到９９．９?％，１０００個堿基中有１??個堿基識別出錯）堿基百分比只有一個樣本是８７．０５?％，其余均在９３．４５?％及以上。證明??本次試驗的測序結(jié)果可信度高。整體的數(shù)據(jù)結(jié)果如下：??－１７－??

８１４??將兩兩樣本比較之后，再將每組差異基因進(jìn)行維恩圖繪制，維恩圖可以直觀的顯??示各比較組特有的差異基因個數(shù)和比較組間共有的差異基因個數(shù)。如圖８所示：??ｔｏｉ．ｖ＾Ｔｎ??＼７Ｕ??Ｎ．?Ｎ．?加，Ｊ?ＴｌＳ．ｖｊ．Ｔ０４??圖８差異表達(dá)基因維恩圖??Ｆｉｇ．８?Ｖｅｎｎ?Ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?ｇｅｎｅｓ??－２３－??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]榛子花芽轉(zhuǎn)錄組文庫的Solexa測序及冷調(diào)節(jié)基因的表達(dá)譜分析[D]. 陳新.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2011



本文編號：3129785