油菜種子發(fā)育過程中基于動態(tài)QTL和時序轉(zhuǎn)錄組的含油量遺傳解析
發(fā)布時間:2021-03-10 01:30
我國食用油供應(yīng)嚴(yán)重不足,油菜作為我國第一大油料作物,提高其含油量是當(dāng)前研究的主要方向之一。然而油菜種子含油量積累的遺傳機(jī)制和優(yōu)良候選基因鑒定的基礎(chǔ)研究相對不足。本研究以KN DH群體348個株系為材料,利用蕓薹屬60K SNP芯片分型,構(gòu)建了一張覆蓋基因組長度3072.7c M(A和C基因組的覆蓋長度分別是1398.6 c M和1674.1c M),包含3207個分子標(biāo)記(3106個SNP-bin和101個非SNP標(biāo)記)的高密度SNP遺傳連鎖圖。基于此遺傳連鎖圖,對12個環(huán)境中成熟種子含油量進(jìn)行數(shù)量性狀位點(diǎn)(Quantitative Trait Loci,QTL)定位,鑒定到67個含油量QTL,其中包括5個新發(fā)現(xiàn)的含油量主效QTL。蛋白質(zhì)和油脂合成存在明顯競爭,為了解析其遺傳基礎(chǔ),基于高密度遺傳連鎖圖對11個環(huán)境中的含油量和蛋白質(zhì)含量進(jìn)行QTL共定位分析。11個具有相反加性效應(yīng)的含油量和蛋白質(zhì)含量共定位QTL以及位于C03和C05上加性效應(yīng)相反的QTL熱點(diǎn)區(qū),揭示了一因多效和緊密連鎖效應(yīng)共同決定了油和蛋白質(zhì)較強(qiáng)的競爭性關(guān)系。目前為止,油菜含油量QTL定位均是基于成熟種子,但種子不同發(fā)育...
【文章來源】:華中科技大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:234 頁
【學(xué)位級別】:博士
【部分圖文】:
甘藍(lán)型油菜基因組復(fù)制模式圖[147]
華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文24有77個;A03連鎖群上最多,多達(dá)324個。該圖譜標(biāo)記間平均密度為0.96cM/Marker,且每條連鎖群上的標(biāo)記密度不等,最高的是A04(0.56cM/Marker),156個標(biāo)記分布在86.8cM的遺傳距離內(nèi)。圖2.1KN高密度遺傳連鎖圖及標(biāo)記在連鎖群上的分布Figure2.1theKNhigh-densitylinkagemapanddistributionofmarkersonlinkagegroups.Bandsonthelinkagegrouprepresentmarkers.
華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文26圖2.2KN高密度遺傳連鎖圖和參考基因組的線性關(guān)系Figure2.2ThecollinearrelationshipoftheKNhigh-densitygeneticmapandthereferencegenome.Theblockswithcolorattheoutermostcirclerepresentthe19linkagegroups,andinnercirclerepresentsthe19chromosomesofB.napus.2.4討論早期PCR擴(kuò)增和限制性酶切類型的分子標(biāo)記,如RFLP、SSR和AFLP等,開發(fā)難度大,構(gòu)建一張遺傳連鎖圖需要花費(fèi)大量的人力物力。由于傳統(tǒng)標(biāo)記的種種限制,構(gòu)建的遺傳連鎖圖標(biāo)記通常比較少,密度較低,其QTL的檢測效率和精確度都相對較低。但隨著第二代測序技術(shù)的發(fā)展,以SNP為代表的第三代分子標(biāo)記因其省時、快捷和高通量等優(yōu)點(diǎn),已經(jīng)在作物遺傳育種和基因組學(xué)研究中得到了廣泛的應(yīng)用。另外,GoldenGate,Infinium和第二代測序技術(shù)平臺的應(yīng)用,使得同時對大量的
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]甘藍(lán)型油菜籽粒含油量、蛋白質(zhì)、纖維素及半纖維素含量QTL分析[J]. 馬珍珍,李加納,Benjamin WITTKOP,Martin FRAUEN,閻星穎,劉列釗,肖陽. 作物學(xué)報. 2013(07)
[2]高通量測序技術(shù)在動植物研究領(lǐng)域中的應(yīng)用[J]. 岳桂東,高強(qiáng),羅龍海,王軍一,許姣卉,尹燁. 中國科學(xué):生命科學(xué). 2012(02)
[3]野生稻高產(chǎn)QTL導(dǎo)入晚稻恢復(fù)系的增產(chǎn)效果[J]. 楊益善,鄧啟云,陳立云,鄧化冰,莊文,熊躍東. 分子植物育種. 2006(01)
[4]核磁共振(NMR)測量油菜籽含油量的應(yīng)用[J]. 王竹云,楊翠玲. 西部糧油科技. 2000(06)
本文編號:3073817
【文章來源】:華中科技大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:234 頁
【學(xué)位級別】:博士
【部分圖文】:
甘藍(lán)型油菜基因組復(fù)制模式圖[147]
華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文24有77個;A03連鎖群上最多,多達(dá)324個。該圖譜標(biāo)記間平均密度為0.96cM/Marker,且每條連鎖群上的標(biāo)記密度不等,最高的是A04(0.56cM/Marker),156個標(biāo)記分布在86.8cM的遺傳距離內(nèi)。圖2.1KN高密度遺傳連鎖圖及標(biāo)記在連鎖群上的分布Figure2.1theKNhigh-densitylinkagemapanddistributionofmarkersonlinkagegroups.Bandsonthelinkagegrouprepresentmarkers.
華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文26圖2.2KN高密度遺傳連鎖圖和參考基因組的線性關(guān)系Figure2.2ThecollinearrelationshipoftheKNhigh-densitygeneticmapandthereferencegenome.Theblockswithcolorattheoutermostcirclerepresentthe19linkagegroups,andinnercirclerepresentsthe19chromosomesofB.napus.2.4討論早期PCR擴(kuò)增和限制性酶切類型的分子標(biāo)記,如RFLP、SSR和AFLP等,開發(fā)難度大,構(gòu)建一張遺傳連鎖圖需要花費(fèi)大量的人力物力。由于傳統(tǒng)標(biāo)記的種種限制,構(gòu)建的遺傳連鎖圖標(biāo)記通常比較少,密度較低,其QTL的檢測效率和精確度都相對較低。但隨著第二代測序技術(shù)的發(fā)展,以SNP為代表的第三代分子標(biāo)記因其省時、快捷和高通量等優(yōu)點(diǎn),已經(jīng)在作物遺傳育種和基因組學(xué)研究中得到了廣泛的應(yīng)用。另外,GoldenGate,Infinium和第二代測序技術(shù)平臺的應(yīng)用,使得同時對大量的
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]甘藍(lán)型油菜籽粒含油量、蛋白質(zhì)、纖維素及半纖維素含量QTL分析[J]. 馬珍珍,李加納,Benjamin WITTKOP,Martin FRAUEN,閻星穎,劉列釗,肖陽. 作物學(xué)報. 2013(07)
[2]高通量測序技術(shù)在動植物研究領(lǐng)域中的應(yīng)用[J]. 岳桂東,高強(qiáng),羅龍海,王軍一,許姣卉,尹燁. 中國科學(xué):生命科學(xué). 2012(02)
[3]野生稻高產(chǎn)QTL導(dǎo)入晚稻恢復(fù)系的增產(chǎn)效果[J]. 楊益善,鄧啟云,陳立云,鄧化冰,莊文,熊躍東. 分子植物育種. 2006(01)
[4]核磁共振(NMR)測量油菜籽含油量的應(yīng)用[J]. 王竹云,楊翠玲. 西部糧油科技. 2000(06)
本文編號:3073817
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