大量的研究已經(jīng)證實了環(huán)狀RNA分子（circular RNA,circRNA）在動物和植物中普遍存在。已有研究表明這種環(huán)狀RNA分子具有miRNA海綿體的功能,能夠調控其母基因的表達,最近的研究表明環(huán)狀RNA能夠編碼蛋白。目前,已經(jīng)有大量針對環(huán)狀RNA預測的生物信息學方法,同時在不同物種中預測了大量的環(huán)狀RNA。但是實驗驗證的環(huán)狀RNA仍然有限,特別是植物環(huán)狀RNA驗證率低下。本研究選擇模式植物水稻,結合我們之前通過生物信息學方法預測的水稻環(huán)狀RNA結果,探索針對水稻環(huán)狀RNA實驗鑒定的優(yōu)化方法,并獲得實驗驗證的水稻環(huán)狀RNA。這些結果為后續(xù)植物環(huán)狀RNA形成機制、功能分析打下基礎,具體結果如下:（1）通過優(yōu)化線性轉錄本消化酶RNaseR的消化過程,將RNaseR消化與現(xiàn)有的RNA提取試劑盒結合使用,與傳統(tǒng)方式相比,進一步提高了環(huán)狀RNA富集的濃度;將Touch down PCR程序應用于環(huán)狀RNA的驗證,與傳統(tǒng)PCR程序相比,提高了環(huán)狀RNA擴增過程中的特異性。（2）利用上述方法,共鑒定到128個水稻環(huán)狀RNA。其中,我們獲得了70個水稻環(huán)狀RNA的全長,獲得了 5組存在大量可變環(huán)化... 

【文章來源】：浙江大學浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：59 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖.比翻自.

經(jīng)典的剪切復合體以另夕Ｉ、一種方式行使功能。??Ｃｈｅｎ等［２９】則在Ｊｅｃｋ提出的兩祌假說的基礎上，提出第三種假說“再次剪切??驅動環(huán)化”（見圖１．３），由于順式剪切和反式剪切因子的存在，可能導致再次剪??切

可能在細胞轉錄后調控等方面發(fā)揮著重要的作用。??近幾年，研究者發(fā)現(xiàn)，一部分環(huán)狀ＲＮＡ具有“誘捕”作用，使ｍｉＲＮＡ失效??（例如，作為ｍｉＲＮＡ海綿，見圖１．４）。在環(huán)狀ＲＮＡ作為ｍｉＲＮＡ海綿的例子中，??最具有代表性的就是Ｍｅｍｃｚａｋ等［４］２０１３年發(fā)表在《自然》的文章中提到的??研究者發(fā)現(xiàn)該環(huán)狀ＲＮＡ與ｍｉＲＮＡ復合物能夠發(fā)生緊密地綁定，且該??環(huán)狀ＲＮＡ擁有６３個保守的已知ｍｉＲＮＡ?（ｍｉＲ－７）綁定位點。進一步研究發(fā)現(xiàn)，??在神經(jīng)元細胞中，ＣＤ／Ｗｏｓ展現(xiàn)出綁定ｍｉＲ－７的能力，為了深入研究該環(huán)狀的功??能，研究者在中腦發(fā)育受損的斑馬魚中表達人類環(huán)狀ＲＮＡ?出現(xiàn)與??敲除ｍｉＲ－７類似的表型，該結果暗示，似屬于一種ｍｉＲＮＡ的拮抗物，與??已知的其他轉錄本相比，該環(huán)狀ＲＮＡ與ｍｉＲＮＡ綁定能力超過前者的１０倍，該??研究為環(huán)狀ＲＮＡ作為一類轉錄后調控因子提供了直接的證據(jù)。??７??


本文編號：3071381