為加強(qiáng)玉米品種管理和知識(shí)產(chǎn)權(quán)保護(hù),評(píng)估確定了一套兼容多技術(shù)平臺(tái),適于玉米分子鑒定的SNP位點(diǎn)組合,該組合包含384個(gè)位點(diǎn);構(gòu)建了335個(gè)玉米雜交種SNP-DNA指紋,幵針對(duì)位點(diǎn)和樣品從各個(gè)角度迚行分析。384個(gè)位點(diǎn)全部分布在基因內(nèi)區(qū)域,顯示了較好的多態(tài)性; MAF、PIC、DP平均值分別為0.39、0.36、0.60, 384個(gè)位點(diǎn)中88%的位點(diǎn)MAF值高于0.30, 98%的位點(diǎn)PIC值高于0.30, 98%的位點(diǎn)DP值高于0.50。對(duì)335個(gè)玉米雜交種迚行遺傳相似系數(shù)兩兩比較, GD （1-Nei遺傳距離）的變異范圍為0.60～0.99, GD≥0.98、0.95、0.90者分別占比0.10%、0.38%、1.40%;GS（相同等位基因比）的變異范圍為0.50～0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分別占比0.03%、0.11%、0.35%。從384個(gè)位點(diǎn)中抽取最優(yōu)位點(diǎn)組合, 12個(gè)位點(diǎn)組合時(shí)品種識(shí)別率為0.99, 20個(gè)位點(diǎn)組合能夠識(shí)別335個(gè)品種。綜上所述,本研究報(bào)道的384個(gè)核心SNP位點(diǎn)具有兼容多平臺(tái)、高穩(wěn)定性、高重復(fù)性、高品種區(qū)分能力,利用核心位點(diǎn)構(gòu)建了335個(gè)玉... 

【文章來源】：作物學(xué)報(bào). 2020,46(07)北大核心

【文章頁數(shù)】：19 頁

【部分圖文】：

335個(gè)玉米雜交種SNP-DNA指紋總體展示圖Fig.4TheoveralldisplayofSNP-DNAfingerprintsof335maizehybrids

1012作物學(xué)報(bào)第46卷圖6基于最優(yōu)位點(diǎn)組合的品種識(shí)別率變化曲線圖Fig.6Varietyidentityprobabilitycurvebasedontheoptimallocicombination布在10條染色體上,每條染色體上均抽取到了位點(diǎn),根據(jù)染色體的長度不同包含的位點(diǎn)數(shù)目亦不同。3討論3.1適于玉米品種分子鑒定的SNP標(biāo)記特征,SNP-DNA指紋數(shù)據(jù)表現(xiàn)形式篩選一套適宜的核心標(biāo)記位點(diǎn),確定指紋數(shù)據(jù)表現(xiàn)形式對(duì)于農(nóng)作物品種標(biāo)準(zhǔn)DNA指紋構(gòu)建至關(guān)重要。農(nóng)作物品種鑒定內(nèi)容和目的不同,篩選標(biāo)記位點(diǎn)的標(biāo)準(zhǔn)亦不同。適于玉米品種分子鑒定的SNP標(biāo)記組合需在品種間多態(tài)性高;試驗(yàn)評(píng)估效果好,表現(xiàn)為數(shù)據(jù)信號(hào)值高,基因型數(shù)據(jù)能夠自動(dòng)化統(tǒng)計(jì);具有較好的重復(fù)性和穩(wěn)定性;兼容多平臺(tái);在基因組上物理位置已知;相對(duì)均勻分布,引物位點(diǎn)間沒有緊密連鎖。SNP標(biāo)記雖然以二等位基因變異為主,其基因型數(shù)據(jù)只出現(xiàn)A/T/C/G四種堿基,但是存在相同位點(diǎn)在不同平臺(tái)其等位基因的定義不同,DNA雙鏈中定義哪條鏈的不同,2個(gè)等位基因存在定義成A或B的不同。因此如果不加以規(guī)范標(biāo)準(zhǔn)化,不同平臺(tái)之間,相同平臺(tái)不同的探針設(shè)計(jì)均會(huì)存在數(shù)據(jù)整合的問題。綜上所述,玉米品種SNP-DNA指紋數(shù)據(jù)栺式建議使用A/T/C/G堿基,不推薦采用其他編碼轉(zhuǎn)換的方式。為了不同平臺(tái)、不同實(shí)驗(yàn)室、不同批次之間的數(shù)據(jù)整合,必須提供至少2個(gè)參照樣品的指紋信息,要求參照樣品在每個(gè)位點(diǎn)上均為純合基因型且無數(shù)據(jù)缺失,參照樣品之間具有較大的遺傳差異。在玉米中,建議選取不同雜優(yōu)群的DH系作為參照樣品。3.2基于SNP標(biāo)記方法,玉米品種鑒定最適位點(diǎn)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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