水稻作為世界上的主要糧食作物之一,但是隨著全球范圍的人口增長(zhǎng)、氣候環(huán)境的惡化,水稻的產(chǎn)量卻沒(méi)能大幅度的增長(zhǎng),導(dǎo)致了潛在的糧食危機(jī)。據(jù)有關(guān)統(tǒng)計(jì)顯示,在植物進(jìn)化過(guò)程中,多倍化事件頻繁發(fā)生^[1][2][3],特別是栽培作物中更是高達(dá)75%^[4][5],而據(jù)研究表明異源基因組的結(jié)合和多倍化是植物進(jìn)化的總體趨勢(shì)。并且多倍體體內(nèi)的蛋白質(zhì)、氨基酸、碳水化合物、維生素、生物堿等營(yíng)養(yǎng)成分以及次生代謝物質(zhì)的含量都有所增加,這無(wú)疑給目前潛在的糧食危機(jī)帶來(lái)了新的希望,為水稻增產(chǎn)提供了新思路。目前,多倍體水稻的研究已經(jīng)成為相關(guān)水稻研究的熱點(diǎn)。研究人員期望通過(guò)對(duì)多倍體水稻的研究為選育高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、多抗統(tǒng)一的‘超級(jí)水稻’品種提供良好的理論基礎(chǔ)。同源重組是基因組變異的重要手段,也是生物演化過(guò)程中不可或缺的步驟。目前科學(xué)家對(duì)多種生物（老鼠、人、果蠅、酵母、擬南芥等）的同源重組進(jìn)行了報(bào)道,但是這些報(bào)道要么僅局限于基因組的某些特定區(qū)段,要么雖然涉及全基組,但選用的SNP Marker數(shù)量非常有限,對(duì)同源重組事件無(wú)法做出全面有效的判斷。之前的研究表明,同源重組與許多因素如DSB數(shù)量、... 

【文章來(lái)源】：東北師范大學(xué)吉林省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：82 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

四倍體水稻的培育

圖2.3重組位點(diǎn)鑒定流程2.2.3染色質(zhì)免疫沉淀-測(cè)序（ChIP-sequencing）數(shù)據(jù)處理1.利用FastQC對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)，并過(guò)濾掉低質(zhì)量的數(shù)據(jù)。2.利用BWA軟件將過(guò)濾后的測(cè)序數(shù)據(jù)回帖到日本晴參考基因組MSU7.0上，獲得相應(yīng)的bam文件。3.利用Samtools軟件包對(duì)bam文件進(jìn)行排序和刪除PCR冗余生成過(guò)濾后的bam文件。4.利用MACS軟件包以過(guò)濾后的bam文件為輸入文件進(jìn)行peakcalling以獲得H3K4me3和H3K27me3的富集位點(diǎn)。流程如下圖2.4所示：19

圖2.3重組位點(diǎn)鑒定流程2.2.3染色質(zhì)免疫沉淀-測(cè)序（ChIP-sequencing）數(shù)據(jù)處理1.利用FastQC對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)，并過(guò)濾掉低質(zhì)量的數(shù)據(jù)。2.利用BWA軟件將過(guò)濾后的測(cè)序數(shù)據(jù)回帖到日本晴參考基因組MSU7.0上，獲得相應(yīng)的bam文件。3.利用Samtools軟件包對(duì)bam文件進(jìn)行排序和刪除PCR冗余生成過(guò)濾后的bam文件。4.利用MACS軟件包以過(guò)濾后的bam文件為輸入文件進(jìn)行peakcalling以獲得H3K4me3和H3K27me3的富集位點(diǎn)。流程如下圖2.4所示：19

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]二十一世紀(jì)水稻育種新戰(zhàn)略Ⅱ.利用遠(yuǎn)緣雜交和多倍體雙重優(yōu)勢(shì)進(jìn)行超級(jí)稻育種[J]. 蔡得田,袁隆平,盧興桂.  作物學(xué)報(bào). 2001(01)



本文編號(hào)：3050678