栽培型紅豆草（Onobrychis viciifolia）是一種多年生豆科牧草（2n=4x=28）,為嚴(yán)格異花傳粉植物,常被用作干草和青貯飼料。紅豆草富含蛋白質(zhì)和單寧等次生代謝產(chǎn)物。但是,于該物種缺乏詳細(xì)的基因組和轉(zhuǎn)錄組信息,使得紅豆草的遺傳育種研究相對滯后。鑒于此,在本論文利用Illumina Hiseq2500測序平臺對紅豆草的14個不同組織分別提取RNA,然后等摩爾數(shù)混合,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。本研究目的是挖掘紅豆草的基因資源,并開發(fā)一批多態(tài)性高的EST-SSR分子標(biāo)記,為揭示豆草的遺傳多樣性提供分子工具。此外,對同一位點(diǎn)紅豆草個體的EST-SSR擴(kuò)增條帶進(jìn)行測序,進(jìn)一步驗(yàn)證了紅豆草的同源四倍特性。主要研究結(jié)果如下:1.利用Illumina測序技術(shù),根據(jù)紅豆草14個不同的組織構(gòu)建一個混合cDNA文庫,過濾后獲得數(shù)據(jù)24,630,711 bp,NCBI數(shù)據(jù)庫登錄號為SRX3763386。經(jīng)組裝獲得了77,764個unigene,利用技術(shù)發(fā)現(xiàn)了6,752個EST-SSR。設(shè)計(jì)了2,469對引物對,用5個野生紅豆草種群對隨機(jī)選取的200對引物進(jìn)行篩選,最終得到61對高多態(tài)性的EST-SSR引... 

【文章來源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

研究使用的不同組織

蘭州大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文 紅豆草 EST-SSR 分子標(biāo)記開發(fā)與遺傳多樣性分析第五個要介紹的是 Pfam 數(shù)據(jù)庫，這個數(shù)據(jù)庫預(yù)測蛋白質(zhì)的功能的數(shù)據(jù)庫，預(yù)測的原理是識別蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域序列。第六個要介紹的是 GO 數(shù)據(jù)庫，這個數(shù)據(jù)庫是基因功能分類體系的數(shù)據(jù)庫，它可以對生物體中基因進(jìn)行注釋，進(jìn)而對基因產(chǎn)物的功能屬性注釋。數(shù)據(jù)庫由分子功能、細(xì)胞組分和生物學(xué)過程三類組成。第七個要介紹的是 KEGG 數(shù)據(jù)庫，這個數(shù)據(jù)庫對基因產(chǎn)物，代謝途徑和基因產(chǎn)物功能進(jìn)行系統(tǒng)分析的數(shù)據(jù)庫。3.1.5 EST-SSR 分子標(biāo)記的識別我們使用 MISA 這個軟件來鑒定簡單重復(fù)序列。分析 Unigene 序列，找出不同類型的 SSR。

蘭州大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文 紅豆草 EST-SSR 分子標(biāo)記開發(fā)與遺傳多樣性分析bp 高質(zhì)量的測定序列，其中質(zhì)量（Q 評分在 Q30 以上的占 92%左右。這些 cleanreads 總共包含 6,264,706,761 個核苷酸（nt），GC 含量大約為 45%。clean reads數(shù)據(jù)存儲在美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）中，NCBI 數(shù)據(jù)庫登錄號為SRX3763386。從這些 clean reads 中，共生成了 2,678,687 個序列，平均長度為72.26 bp，N50 長度為 69 bp。從配對端讀取的 unigenes 總數(shù)為 77,764 個，其中27,437 個有不同的集群。共有 50,327 個 unigenes 具有獨(dú)特的序列，這些 unigenes的總長度為 53,035,704 bp。unigene 的平均長度為 682.01 bp，N50 值為 1,209 bp。在這 77,764 個 unigenes 中，長度范圍 200-500 bp 大小 unigenes 數(shù)量為 50,327，長度范圍500-2,000 bp大小unigenes數(shù)量為22,096，長度高于2,000 bp的unigenes數(shù)量為 5,341（圖 3.3），在 77,764 個 unigenes 中，有 36,353 個的成功進(jìn)行了注釋，根據(jù) NR，Swiss-Prot，KEGG，KOG，COG 和 GO 數(shù)據(jù)庫（表 3.2），有 10,387unigenes 分配給 COG 的類型。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]用于Illumina測序平臺不同試劑盒制備RNA-seq文庫的方法比較[J]. 何雨琦,李桂梅,周鑫,丁昭莉.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(11)

碩士論文
[1]老芒麥EST-SSR分子標(biāo)記開發(fā)與遺傳多樣性分析[D]. 周強(qiáng).蘭州大學(xué) 2016



本文編號：2984991