栽培型紅豆草（Onobrychis viciifolia）是一種多年生豆科牧草（2n=4x=28）,為嚴(yán)格異花傳粉植物,常被用作干草和青貯飼料。紅豆草富含蛋白質(zhì)和單寧等次生代謝產(chǎn)物。但是,于該物種缺乏詳細(xì)的基因組和轉(zhuǎn)錄組信息,使得紅豆草的遺傳育種研究相對滯后。鑒于此,在本論文利用Illumina Hiseq2500測序平臺對紅豆草的14個(gè)不同組織分別提取RNA,然后等摩爾數(shù)混合,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。本研究目的是挖掘紅豆草的基因資源,并開發(fā)一批多態(tài)性高的EST-SSR分子標(biāo)記,為揭示豆草的遺傳多樣性提供分子工具。此外,對同一位點(diǎn)紅豆草個(gè)體的EST-SSR擴(kuò)增條帶進(jìn)行測序,進(jìn)一步驗(yàn)證了紅豆草的同源四倍特性。主要研究結(jié)果如下:1.利用Illumina測序技術(shù),根據(jù)紅豆草14個(gè)不同的組織構(gòu)建一個(gè)混合cDNA文庫,過濾后獲得數(shù)據(jù)24,630,711 bp,NCBI數(shù)據(jù)庫登錄號為SRX3763386。經(jīng)組裝獲得了77,764個(gè)unigene,利用技術(shù)發(fā)現(xiàn)了6,752個(gè)EST-SSR。設(shè)計(jì)了2,469對引物對,用5個(gè)野生紅豆草種群對隨機(jī)選取的200對引物進(jìn)行篩選,最終得到61對高多態(tài)性的EST-SSR引... 

【文章來源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

研究使用的不同組織

蘭州大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文 紅豆草 EST-SSR 分子標(biāo)記開發(fā)與遺傳多樣性分析第五個(gè)要介紹的是 Pfam 數(shù)據(jù)庫，這個(gè)數(shù)據(jù)庫預(yù)測蛋白質(zhì)的功能的數(shù)據(jù)庫，預(yù)測的原理是識別蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域序列。第六個(gè)要介紹的是 GO 數(shù)據(jù)庫，這個(gè)數(shù)據(jù)庫是基因功能分類體系的數(shù)據(jù)庫，它可以對生物體中基因進(jìn)行注釋，進(jìn)而對基因產(chǎn)物的功能屬性注釋。數(shù)據(jù)庫由分子功能、細(xì)胞組分和生物學(xué)過程三類組成。第七個(gè)要介紹的是 KEGG 數(shù)據(jù)庫，這個(gè)數(shù)據(jù)庫對基因產(chǎn)物，代謝途徑和基因產(chǎn)物功能進(jìn)行系統(tǒng)分析的數(shù)據(jù)庫。3.1.5 EST-SSR 分子標(biāo)記的識別我們使用 MISA 這個(gè)軟件來鑒定簡單重復(fù)序列。分析 Unigene 序列，找出不同類型的 SSR。

蘭州大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文 紅豆草 EST-SSR 分子標(biāo)記開發(fā)與遺傳多樣性分析bp 高質(zhì)量的測定序列，其中質(zhì)量（Q 評分在 Q30 以上的占 92%左右。這些 cleanreads 總共包含 6,264,706,761 個(gè)核苷酸（nt），GC 含量大約為 45%。clean reads數(shù)據(jù)存儲在美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）中，NCBI 數(shù)據(jù)庫登錄號為SRX3763386。從這些 clean reads 中，共生成了 2,678,687 個(gè)序列，平均長度為72.26 bp，N50 長度為 69 bp。從配對端讀取的 unigenes 總數(shù)為 77,764 個(gè)，其中27,437 個(gè)有不同的集群。共有 50,327 個(gè) unigenes 具有獨(dú)特的序列，這些 unigenes的總長度為 53,035,704 bp。unigene 的平均長度為 682.01 bp，N50 值為 1,209 bp。在這 77,764 個(gè) unigenes 中，長度范圍 200-500 bp 大小 unigenes 數(shù)量為 50,327，長度范圍500-2,000 bp大小unigenes數(shù)量為22,096，長度高于2,000 bp的unigenes數(shù)量為 5,341（圖 3.3），在 77,764 個(gè) unigenes 中，有 36,353 個(gè)的成功進(jìn)行了注釋，根據(jù) NR，Swiss-Prot，KEGG，KOG，COG 和 GO 數(shù)據(jù)庫（表 3.2），有 10,387unigenes 分配給 COG 的類型。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]用于Illumina測序平臺不同試劑盒制備RNA-seq文庫的方法比較[J]. 何雨琦,李桂梅,周鑫,丁昭莉.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(11)

碩士論文
[1]老芒麥EST-SSR分子標(biāo)記開發(fā)與遺傳多樣性分析[D]. 周強(qiáng).蘭州大學(xué) 2016



本文編號：2984991