茶樹(shù)組織培養(yǎng)是珍稀種質(zhì)資源保存和擴(kuò)繁的基本手段之一,也是基因功能研究和轉(zhuǎn)基因的重要工作基礎(chǔ)。迄今,茶樹(shù)再生體系尚不完善,其原因主要與外植體脫分化、再分化調(diào)控機(jī)制不明晰有關(guān)。本論文利用轉(zhuǎn)錄組和sRNA測(cè)序、qPCR和MASP等技術(shù)研究了茶樹(shù)莖段和葉片外植體脫分化、再分化過(guò)程中功能基因和miRNA差異表達(dá)以及基因組DNA甲基化變化規(guī)律,以期明確茶樹(shù)組織脫分化和再分化表觀遺傳調(diào)控機(jī)制。獲得的主要結(jié)果如下:（1）轉(zhuǎn)錄組分析和qPCR驗(yàn)證結(jié)果顯示,“植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)”、“玉米素生物合成”、“DNA復(fù)制”、“谷胱甘肽代謝”、“光合作用”和“次級(jí)代謝相關(guān)途徑”等通路的調(diào)整與茶樹(shù)組織脫分化、再分化關(guān)系密切,其中ARR5、GH3.1、IAA18、IAA29、CYCD3-1 CDKB2-2、MYB15、ARF18和ERFR P2-12等生長(zhǎng)素/細(xì)胞分裂素相關(guān)基因?qū)に匦盘?hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的調(diào)節(jié)作用顯著。特化組織（如莖段、葉片、根和芽）與非特化組織（愈傷初期、愈傷）狀態(tài)差異實(shí)質(zhì)上是眾多基因表達(dá)模式的不同。愈傷形成與葉綠體退化以及乙烯和細(xì)胞分裂素/生長(zhǎng)素代謝誘發(fā)的細(xì)胞增殖密切相關(guān);根的形成與離子轉(zhuǎn)運(yùn)、極性生長(zhǎng)、質(zhì)體重... 

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖２．１?ｍＲＮＡ測(cè)序流程圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２．１?Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｏｖｅｎ?ｉｅｗ?ｏｆ?ＲＮＡ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ??

：?Ｊ??圖２．１?ｍＲＮＡ測(cè)序流程圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２．１?Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｏｖｅｎ?ｉｅｗ?ｏｆ?ＲＮＡ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ??２．２．３．６轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)分析??參照?qǐng)D２．２流程進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)分析。具體為，以測(cè)序接頭和引物序??列對(duì)測(cè)序獲得的原始數(shù)據(jù)（ＲａｗＤａｔａ）中的Ｒｅａｄｓ進(jìn)行過(guò)濾，去除低質(zhì)量值數(shù)據(jù)，??進(jìn)而得到Ｃｌｅａｎ?Ｄａｔａ。以Ｔｒｉｎｉｔｙ組裝軟件進(jìn)行仍？ｖｅｗＡ／ｙ：將測(cè)序Ｒｅａｄｓ按??照指定Ｋ－ｍｅｒ值進(jìn)行打斷，去除可能包含錯(cuò)誤的Ｋ－ｍｅｒ，構(gòu)建Ｋ－ｍｅｒ庫(kù)；選擇頻??率最高的Ｋ－ｍｅｒ作為種子向兩端進(jìn)行延伸，不斷循環(huán)此過(guò)程直至Ｋ－ｍｅｒ庫(kù)變?yōu)??零；將得到的Ｃｏｎｔｉｇ進(jìn)行聚簇，得到Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ；對(duì)每個(gè)Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ中的Ｃｏｎｔｉｇ??構(gòu)建Ｄｅ?Ｂｒｕｉｊｎ圖；對(duì)得到的Ｄｅ?Ｂｒｕｉｊｎ圖進(jìn)行簡(jiǎn)化；以真實(shí)的Ｒｅａｄ來(lái)解開(kāi)Ｄｅ??Ｂｒｕｉｊｎ圖

但各愈傷組織仍聚成一個(gè)分支，說(shuō)明這些愈傷的基因表達(dá)行為類(lèi)似；??同樣，來(lái)自莖段和葉片的愈傷再分化根及莖愈傷再分化芽樣品也聚在一個(gè)大類(lèi)中，??但再分化芽與根又可細(xì)分為兩個(gè)小類(lèi)（圖２．４）。從莖外植體到莖段愈傷初期（３０１４??ＤＥＧｓ）與從葉外植體到葉片愈傷初期（３４９５?ＤＥＧｓ）的相變過(guò)程，檢測(cè)到３０００??多個(gè)ＤＥＧｓ?（圖２．５）；而且在該相變階段，下調(diào)基因數(shù)明顯較上調(diào)基因多，其中??莖段與愈傷初期樣品ＤＥＧｓ中，下調(diào)基因２１３３個(gè)、上調(diào)基因８８１個(gè)，葉片與愈??傷初期樣品ＤＥＧｓ中，下調(diào)基因２５７４個(gè)、上調(diào)基因９２１個(gè)。從莖段愈傷組織到??再生根（２６１０?ＤＥＧｓ）及葉片愈傷組織到再生根（２７４４?ＤＥＧｓ）的相變過(guò)程中也??發(fā)現(xiàn)了大量的ＤＥＧ；然而，在根再分化過(guò)程中，上調(diào)基因數(shù)目多于下調(diào)基因，其??３０??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的發(fā)展和應(yīng)用[J]. 王楚彪,盧萬(wàn)鴻,林彥,羅建中.  桉樹(shù)科技. 2018(04)
[2]第三代測(cè)序技術(shù)在轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 李玉梅,李書(shū)嫻,李向上,李川昀.  生命科學(xué)儀器. 2018(Z1)
[3]茶樹(shù)組培技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 岳翠男,王治會(huì),江新鳳,楊普香.  蠶桑茶葉通訊. 2018(03)
[4]茶樹(shù)組織培養(yǎng)研究進(jìn)展[J]. 郝姍.  南方農(nóng)業(yè). 2017(33)
[5]植物再生的研究進(jìn)展[J]. 孫貝貝,劉杰,葛亞超,盛李宏,陳呂琴,胡小梅,楊仲南,黃海,徐麟.  科學(xué)通報(bào). 2016(36)
[6]長(zhǎng)筒石蒜組織培養(yǎng)中器官發(fā)生的MSAP分析[J]. 劉合霞,李博,周堅(jiān).  中山大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2016(02)
[7]利用RNA-Seq技術(shù)鑒定擬南芥不定芽再生相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子[J]. 王興春,陳釗,樊娟,何苗苗,韓淵懷,楊致榮.  生物工程學(xué)報(bào). 2015(04)
[8]植物miRNA的研究方法概述[J]. 易小婭,楊瑞瑞,曾幼玲.  植物生理學(xué)報(bào). 2015(04)
[9]降解組測(cè)序技術(shù)在植物miRNA研究中的應(yīng)用[J]. 董淼,黃越,陳文鐸,徐濤,郎秋蕾.  植物學(xué)報(bào). 2013(03)
[10]擬南芥不定芽發(fā)生早期的數(shù)字基因表達(dá)譜分析[J]. 王興春,楊致榮,張樹(shù)偉,李紅英,李生才.  生物工程學(xué)報(bào). 2013(02)

博士論文
[1]棉花（Gossypium hirsutum L.）體細(xì)胞胚胎發(fā)生的生理及分子機(jī)制研究[D]. 程文翰.石河子大學(xué) 2016
[2]低溫脅迫下茶樹(shù)microRNA及其靶基因的識(shí)別、鑒定與差異表達(dá)分析[D]. 張玥.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014

碩士論文
[1]MicroRNA對(duì)鐵觀音茶樹(shù)干旱脅迫響應(yīng)機(jī)制研究[D]. 趙姍姍.福建農(nóng)林大學(xué) 2015
[2]茶樹(shù)體細(xì)胞胚發(fā)生的影響因素及超微結(jié)構(gòu)和幾種內(nèi)含物質(zhì)變化的研究[D]. 李曉東.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[3]水稻胚性愈傷組織誘導(dǎo)和植株再生伴隨DNA胞嘧啶甲基化的減少和恢復(fù)[D]. 苗高健.東北師范大學(xué) 2009



本文編號(hào)：2962208