茶樹組織培養(yǎng)是珍稀種質(zhì)資源保存和擴繁的基本手段之一,也是基因功能研究和轉(zhuǎn)基因的重要工作基礎(chǔ)。迄今,茶樹再生體系尚不完善,其原因主要與外植體脫分化、再分化調(diào)控機制不明晰有關(guān)。本論文利用轉(zhuǎn)錄組和sRNA測序、qPCR和MASP等技術(shù)研究了茶樹莖段和葉片外植體脫分化、再分化過程中功能基因和miRNA差異表達以及基因組DNA甲基化變化規(guī)律,以期明確茶樹組織脫分化和再分化表觀遺傳調(diào)控機制。獲得的主要結(jié)果如下:（1）轉(zhuǎn)錄組分析和qPCR驗證結(jié)果顯示,“植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)”、“玉米素生物合成”、“DNA復(fù)制”、“谷胱甘肽代謝”、“光合作用”和“次級代謝相關(guān)途徑”等通路的調(diào)整與茶樹組織脫分化、再分化關(guān)系密切,其中ARR5、GH3.1、IAA18、IAA29、CYCD3-1 CDKB2-2、MYB15、ARF18和ERFR P2-12等生長素/細胞分裂素相關(guān)基因?qū)に匦盘栟D(zhuǎn)導(dǎo)途徑的調(diào)節(jié)作用顯著。特化組織（如莖段、葉片、根和芽）與非特化組織（愈傷初期、愈傷）狀態(tài)差異實質(zhì)上是眾多基因表達模式的不同。愈傷形成與葉綠體退化以及乙烯和細胞分裂素/生長素代謝誘發(fā)的細胞增殖密切相關(guān);根的形成與離子轉(zhuǎn)運、極性生長、質(zhì)體重... 

【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２．１?ｍＲＮＡ測序流程圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２．１?Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｏｖｅｎ?ｉｅｗ?ｏｆ?ＲＮＡ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ??

：?Ｊ??圖２．１?ｍＲＮＡ測序流程圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２．１?Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｏｖｅｎ?ｉｅｗ?ｏｆ?ＲＮＡ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ??２．２．３．６轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)分析??參照圖２．２流程進行轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)分析。具體為，以測序接頭和引物序??列對測序獲得的原始數(shù)據(jù)（ＲａｗＤａｔａ）中的Ｒｅａｄｓ進行過濾，去除低質(zhì)量值數(shù)據(jù)，??進而得到Ｃｌｅａｎ?Ｄａｔａ。以Ｔｒｉｎｉｔｙ組裝軟件進行仍？ｖｅｗＡ／ｙ：將測序Ｒｅａｄｓ按??照指定Ｋ－ｍｅｒ值進行打斷，去除可能包含錯誤的Ｋ－ｍｅｒ，構(gòu)建Ｋ－ｍｅｒ庫；選擇頻??率最高的Ｋ－ｍｅｒ作為種子向兩端進行延伸，不斷循環(huán)此過程直至Ｋ－ｍｅｒ庫變?yōu)??零；將得到的Ｃｏｎｔｉｇ進行聚簇，得到Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ；對每個Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ中的Ｃｏｎｔｉｇ??構(gòu)建Ｄｅ?Ｂｒｕｉｊｎ圖；對得到的Ｄｅ?Ｂｒｕｉｊｎ圖進行簡化；以真實的Ｒｅａｄ來解開Ｄｅ??Ｂｒｕｉｊｎ圖

但各愈傷組織仍聚成一個分支，說明這些愈傷的基因表達行為類似；??同樣，來自莖段和葉片的愈傷再分化根及莖愈傷再分化芽樣品也聚在一個大類中，??但再分化芽與根又可細分為兩個小類（圖２．４）。從莖外植體到莖段愈傷初期（３０１４??ＤＥＧｓ）與從葉外植體到葉片愈傷初期（３４９５?ＤＥＧｓ）的相變過程，檢測到３０００??多個ＤＥＧｓ?（圖２．５）；而且在該相變階段，下調(diào)基因數(shù)明顯較上調(diào)基因多，其中??莖段與愈傷初期樣品ＤＥＧｓ中，下調(diào)基因２１３３個、上調(diào)基因８８１個，葉片與愈??傷初期樣品ＤＥＧｓ中，下調(diào)基因２５７４個、上調(diào)基因９２１個。從莖段愈傷組織到??再生根（２６１０?ＤＥＧｓ）及葉片愈傷組織到再生根（２７４４?ＤＥＧｓ）的相變過程中也??發(fā)現(xiàn)了大量的ＤＥＧ；然而，在根再分化過程中，上調(diào)基因數(shù)目多于下調(diào)基因，其??３０??

【參考文獻】：
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本文編號：2962208