西紅花（Crocus sativus L.）作為名貴中藥材,其花的干燥柱頭可入藥,具有活血、安神、解毒等諸多功效,市場需求量較大。然而,西紅花種植條件和技術(shù)要求較高,遺傳背景尚不明確,西紅花品種較為單一,不同產(chǎn)地的西紅花品質(zhì)也有一定差異,制約了西紅花產(chǎn)業(yè)的良性發(fā)展。隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展,利用生物信息學(xué)方法分析高通量測序數(shù)據(jù),為解析西紅花遺傳背景提供了有效的工具。本研究利用高通量測序技術(shù)對西紅花花芽進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,通過分析轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)搜索全基因組中各類型SSR位點,設(shè)計并合成相關(guān)SSR引物,利用非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）結(jié)合DNA一代測序技術(shù)檢測驗證我國西紅花主要種質(zhì)資源的SSR位點核苷酸多樣性,進(jìn)而研究我國西紅花主要種質(zhì)資源遺傳多樣性,為我國西紅花品種選育和遺傳改良提供分子依據(jù),從而對我國西紅花產(chǎn)業(yè)發(fā)展亦有所幫助。主要研究成果如下:1.收集了西藏、上海和浙江等西紅花主產(chǎn)區(qū)的種植資源,共18份,建立了不同西紅花種質(zhì)資源的基因組DNA庫。2.建立了用于西紅花種質(zhì)資源鑒定的SSR標(biāo)記檢測體系,該體系基于PCR反應(yīng)程序為:94℃預(yù)變性5分鐘;之后,94℃變性40秒,各引物Tm下復(fù)... 

【文章來源】：杭州師范大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

技術(shù)路線圖

12圖 2-1 番紅 1 號試驗種Figure 2-1 The test variety of Fanhong No.1取新鮮芽 50-100 mg，用無菌的 dd H2O 進(jìn)行清洗，之后在液氮者在裂解液 RZ（50-100 mg 的葉片中加入 1 mL 裂解液 RZ，裂解液體積的 10%）中進(jìn)行快速地研磨，研磨時間不超過 1好的勻漿樣品轉(zhuǎn)入 1.5 mL 離心管，靜置 5 分鐘；在 4℃的條件下離心（10 分鐘，12000 rpm）后，將離心后所入到第二支離心管； 0.1 mL，氯仿 0.2 mL，蓋緊管蓋，渦旋或劇烈震蕩 15 秒，濁溶液后，室溫靜置 3 分鐘；

圖 2-2 西紅花 RNA 電泳圖Figure 2-2 The electropherogram of saffron RNA提取的西紅花 RNA 的 OD260/280值均在 2.0 左右，濃度在 600~為 1%的瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果圖，由電泳圖可知，本研究提取的污染，28S、18S、5S 三條帶完整，無明顯降解現(xiàn)象，濃度和純度測序結(jié)果llumina HiSeq 平臺對西紅花花芽進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組高通量測序，共獲得后組裝得到 148,686 條 Unigene，總長度 142,177,942 bp，平均5 bp，GC 含量為 44.27 %。將 Unigene 進(jìn)行注釋，最終分別有,300 (NT: 32.48%)、50,495 (SwissProt: 33.96%)、59,319 (KOG: 39.87%)、17,031 (GO: 11.45%)以及 59,465 (InterPro: 39.99%)個 Un


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